| 缩略词表 | 第9-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第14-23页 |
| 1.1 基因定位 | 第14-17页 |
| 1.1.1 基因定位的概念 | 第14页 |
| 1.1.2 定位群体 | 第14-15页 |
| 1.1.3 传统定位方法 | 第15页 |
| 1.1.4 基于DNA分子标记的定位方法 | 第15-16页 |
| 1.1.5 基于高通量测序的定位方法 | 第16-17页 |
| 1.2 高通量测序技术 | 第17-19页 |
| 1.2.1 测序技术的发展 | 第17-18页 |
| 1.2.2 常用的高通量测序技术 | 第18页 |
| 1.2.3 高通量测序技术在基因定位中的优势与缺陷 | 第18-19页 |
| 1.3 BSA-seq | 第19-21页 |
| 1.3.1 BSA-seq方法 | 第19页 |
| 1.3.2 BSA-seq的试验设计 | 第19-21页 |
| 1.4 BSA-seq研究现状与意义 | 第21-23页 |
| 1.4.1 研究现状 | 第21-22页 |
| 1.4.2 本研究的意义 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-32页 |
| 2.1 分析软件 | 第23-24页 |
| 2.1.1 FastQC v0.11.3 | 第23页 |
| 2.1.2 Trimmomatic V0.35 | 第23页 |
| 2.1.3 bwa-0.7.10 | 第23页 |
| 2.1.4 SAMtoolsv1.3 | 第23页 |
| 2.1.5 Freebayesv1.0.1 | 第23-24页 |
| 2.1.6 snpEff4.2 | 第24页 |
| 2.1.7 其他软件 | 第24页 |
| 2.2 基于远交设计的基因定位(案例1) | 第24-28页 |
| 2.2.1 远交设计分析流程 | 第24-25页 |
| 2.2.2 植物材料 | 第25-26页 |
| 2.2.3 DNA池构建与测序 | 第26页 |
| 2.2.4 读段质量控制 | 第26页 |
| 2.2.5 读段定位与变异识别 | 第26-27页 |
| 2.2.6 多态标记筛选 | 第27页 |
| 2.2.7 基因定位 | 第27-28页 |
| 2.2.8 候选突变位点分析 | 第28页 |
| 2.3 基于近交设计的基因定位(案例2) | 第28-32页 |
| 2.3.1 近交设计分析流程 | 第28-29页 |
| 2.3.2 植物材料 | 第29-30页 |
| 2.3.3 DNA池的构建与测序 | 第30页 |
| 2.3.4 测序数据的处理 | 第30页 |
| 2.3.5 基因定位 | 第30-31页 |
| 2.3.6 结构变异检测 | 第31-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-45页 |
| 3.1 远交试验设计案例(案例1) | 第32-39页 |
| 3.1.1 亲本间多态标记集 | 第32-33页 |
| 3.1.2 基因定位 | 第33-36页 |
| 3.1.3 鉴定候选基因 | 第36-39页 |
| 3.1.4 候选基因的验证 | 第39页 |
| 3.2 近交试验设计案例(案例2) | 第39-45页 |
| 3.2.1 测序结果 | 第39页 |
| 3.2.2 基因定位 | 第39-42页 |
| 3.2.3 结构变异检测 | 第42-45页 |
| 4 讨论与总结 | 第45-47页 |
| 4.1 BSA-seq快速定位目标基因 | 第45-46页 |
| 4.2 本方法与其它方法的比较 | 第46-47页 |
| 4.3 BSA-seq的缺点 | 第47页 |
| 4.4 总结 | 第47页 |
| 5 本研究创新点 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-53页 |
| 附录 | 第53-70页 |
| 附表1 moc候选致变位点信息 | 第53页 |
| 附表2 moc突变区域情况及功能注释 | 第53-54页 |
| 附表3 mp2候选致变位点信息 | 第54-55页 |
| 附表4 mp2突变区域情况及功能注释 | 第55-56页 |
| 附表5 mp3候选致变位点信息 | 第56页 |
| 附表6 mp3突变区域情况及功能注释 | 第56-57页 |
| 附表7 psd5候选致变位点信息 | 第57-58页 |
| 附表8 psd5突变区域情况及功能注释 | 第58-59页 |
| 附表9 psd6候选致变位点信息 | 第59页 |
| 附表10 psd6突变区域情况及功能注释 | 第59-60页 |
| 附表11 sp候选致变位点信息 | 第60-61页 |
| 附表12 sp突变区域情况及功能注释 | 第61-62页 |
| 附表13 sg候选致变位点信息 | 第62-63页 |
| 附表14 sp突变区域情况及功能注释 | 第63-64页 |
| 附表15 MutMap中突变体Hit1917-pl1候选致变位点信息 | 第64-65页 |
| 附表16 MutMap中突变体Hit1917-pl1突变区域情况及功能注释 | 第65-66页 |
| 附表17 MutMap中突变体Hit5814-sd候选致变位点信息 | 第66-67页 |
| 附表18 MutMap中突变体Hit5814-sd突变区域情况及功能注释 | 第67-68页 |
| 附表19 Mutmap+中突变体Hit11440突变区域情况及功能注释 | 第68-69页 |
| 附表20 psd5中断点扫描结果 | 第69页 |
| 附图1 psd5结构变异分析 | 第69-70页 |
| 致谢 | 第70页 |
