| 符号说明 | 第5-9页 |
| 中文摘要 | 第9-11页 |
| 英文摘要 | 第11-13页 |
| 1 引言 | 第14-28页 |
| 1.1 绵羊消化系统与产肉能力的关系 | 第14-19页 |
| 1.1.1 营养水平与绵羊产肉能力和肉质的关系 | 第14-15页 |
| 1.1.2 绵羊品种间消化能力差异研究 | 第15-16页 |
| 1.1.3 绵羊产肉性状相关分子遗传研究 | 第16-19页 |
| 1.2 转录组测序在绵羊的应用研究 | 第19-25页 |
| 1.2.1 转录组测序技术概述 | 第19-20页 |
| 1.2.2 绵羊相关转录组研究概述 | 第20-21页 |
| 1.2.3 绵羊消化系统相关转录组研究 | 第21页 |
| 1.2.4 绵羊产肉相关转录组研究 | 第21-22页 |
| 1.2.5 绵羊miRNA与lncRNA研究 | 第22-25页 |
| 1.3 动物mRNA-miRNA-lncRNA联合分析研究进展 | 第25-27页 |
| 1.4 本研究的目的意义 | 第27-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-40页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 试验动物与样品采集 | 第28页 |
| 2.1.2 试验仪器与设备 | 第28-29页 |
| 2.1.3 试验试剂 | 第29页 |
| 2.2 肠道转录组测序与分析 | 第29-34页 |
| 2.2.1 RNA提取与检测 | 第29页 |
| 2.2.2 肠道转录组文库构建与测序 | 第29-30页 |
| 2.2.3 肠道转录组数据比对与差异表达分析 | 第30-31页 |
| 2.2.4 差异表达基因功能分析 | 第31页 |
| 2.2.5 网络调控分析 | 第31-32页 |
| 2.2.6 差异表达基因的qRT-PCR验证 | 第32-34页 |
| 2.3 肠道联合分析方法 | 第34-36页 |
| 2.3.1 新miRNA重注释 | 第34页 |
| 2.3.2 靶基因预测 | 第34-35页 |
| 2.3.3 肠道差异lncRNA分析 | 第35-36页 |
| 2.3.4 联合网络分析方法 | 第36页 |
| 2.4 骨骼肌转录组分析方法 | 第36-40页 |
| 2.4.0 骨骼肌测序数据收集 | 第36-37页 |
| 2.4.1 骨骼肌转录组数据比对与差异表达分析 | 第37-38页 |
| 2.4.2 骨骼肌转录组差异基因功能分析 | 第38页 |
| 2.4.3 骨骼肌转录组差异lncRNA功能分析 | 第38-40页 |
| 3 结果与分析 | 第40-122页 |
| 3.1 肠段间转录组分析 | 第40-60页 |
| 3.1.1 测序数据过滤 | 第40页 |
| 3.1.2 测序数据比对 | 第40-44页 |
| 3.1.3 差异表达分析 | 第44-47页 |
| 3.1.4 功能富集分析 | 第47-60页 |
| 3.2 肠段间转录组差异分析 | 第60-76页 |
| 3.2.1 差异表达分析 | 第60-62页 |
| 3.2.2 差异基因功能分析 | 第62-70页 |
| 3.2.3 差异基因互作网络分析 | 第70-75页 |
| 3.2.4 差异表达基因试验验证 | 第75-76页 |
| 3.3 绵羊肠道组织mRNA-lncRNA-miRNA联合分析 | 第76-101页 |
| 3.3.1 肠道miRNA数据重注释 | 第76-78页 |
| 3.3.2 肠道lncRNA识别与分析 | 第78-87页 |
| 3.3.3 mRNA-lncRNA-miRNA联合网络分析 | 第87-101页 |
| 3.4 绵羊骨骼肌组织转录组分析 | 第101-122页 |
| 3.4.1 骨骼肌转录组数据过滤 | 第101-102页 |
| 3.4.2 骨骼肌转录组数据比对 | 第102-103页 |
| 3.4.3 骨骼肌转录组差异分析 | 第103-106页 |
| 3.4.4 骨骼肌转录组差异基因功能分析 | 第106-109页 |
| 3.4.5 骨骼肌转录组差异lncRNA功能分析 | 第109-115页 |
| 3.4.6 肠道与骨骼肌转录组比较 | 第115-122页 |
| 4 讨论 | 第122-130页 |
| 4.1 肠道转录组关键调控基因 | 第122-124页 |
| 4.2 联合分析表明非编码RNA广泛参与肠道转录后调控 | 第124-126页 |
| 4.3 肌肉转录组中影响肌肉生长和产肉性状的lncRNA | 第126-128页 |
| 4.4 肠道与骨骼肌转录组关系有待进一步研究 | 第128-130页 |
| 5 结论 | 第130-131页 |
| 6 创新点 | 第131-132页 |
| 7 参考文献 | 第132-161页 |
| 8 致谢 | 第161-162页 |
| 9 攻读学位期间发表论文情况 | 第162-163页 |
