| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词（Abbreviation） | 第10-11页 |
| 引言 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1.1 等位基因特异性表达 | 第13-14页 |
| 1.1.1 概述 | 第13页 |
| 1.1.2 测序技术的发展和应用 | 第13-14页 |
| 1.1.3 ASE分析的统计学方法 | 第14页 |
| 1.2 基因组印记 | 第14-17页 |
| 1.2.1 基因组印记的相关研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 基因组印记在鸟类研究中的争议 | 第15-17页 |
| 1.3 剂量补偿效应 | 第17-19页 |
| 1.3.1 剂量补偿在不同物种中的研究 | 第17-18页 |
| 1.3.2 不完全的剂量补偿机制 | 第18-19页 |
| 1.4 基因转录水平表达调控 | 第19-23页 |
| 1.4.1 顺式调控和反式调控 | 第19-20页 |
| 1.4.2 顺式调控和反式调控的识别 | 第20-21页 |
| 1.4.3 eQTL在表达调控识别中的应用 | 第21页 |
| 1.4.4 二代测序技术在表达调控识别中的应用 | 第21-23页 |
| 第二章 鸡基因组印记现象的鉴定 | 第23-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-29页 |
| 2.1.1 正反交实验 | 第23页 |
| 2.1.2 主要试剂和溶液配制 | 第23-24页 |
| 2.1.3 主要试验仪器 | 第24-25页 |
| 2.1.4 数据采集和分析 | 第25-26页 |
| 2.1.5 验证实验 | 第26-29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-36页 |
| 2.2.1 高通量测序数据分析挖掘出少量候选印记基因 | 第29-32页 |
| 2.2.2 所有候选印记基因被验证实验排除 | 第32-36页 |
| 2.3 讨论 | 第36页 |
| 2.4 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 鸡性染色体剂量补偿机制研究 | 第37-47页 |
| 3.1 材料和方法 | 第37-38页 |
| 3.1.1 正反交实验和采样 | 第37页 |
| 3.1.2 构建亲本模拟基因组 | 第37-38页 |
| 3.1.3 RNA-Seq数据分析 | 第38页 |
| 3.2 结果 | 第38-44页 |
| 3.2.1 鸡的性染色体剂量补偿是不完全的 | 第38-40页 |
| 3.2.2 雄性两条Z染色体能够平等地进行表达 | 第40-42页 |
| 3.2.3 鸡的性染色体不存在局部失活的现象 | 第42-44页 |
| 3.3 讨论 | 第44-45页 |
| 3.4 小结 | 第45-47页 |
| 第四章 鸡基因组顺式和反式调控研究 | 第47-65页 |
| 4.1 材料和方法 | 第47-49页 |
| 4.1.1 DNA和RNA测序和数据比对 | 第47-48页 |
| 4.1.2 不同调控类别的分类 | 第48-49页 |
| 4.1.3 序列保守分析 | 第49页 |
| 4.2 结果 | 第49-63页 |
| 4.2.1 使用等位基因特异性表达分析检测不同调控类型的可行性 | 第49-52页 |
| 4.2.2 组织、性别和品种均能影响基因组上的基因表达 | 第52-54页 |
| 4.2.3 鸡基因表达调控方式分类情况 | 第54-60页 |
| 4.2.4 受反式调控的基因序列更为保守 | 第60-63页 |
| 4.3 讨论 | 第63-64页 |
| 4.4 小结 | 第64-65页 |
| 第五章 结论 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-77页 |
| 致谢 | 第77-79页 |
| 附录 | 第79-91页 |
| 个人简历 | 第91-92页 |
