| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-19页 |
| 1.1 含铜核酸酶 | 第11-18页 |
| 1.1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.1.2 含铜核酸酶的分类 | 第12-14页 |
| 1.1.3 含铜核酸酶结合能力的影响因素 | 第14-15页 |
| 1.1.4 含铜核酸酶与DNA的相互作用 | 第15-18页 |
| 1.2 课题的研究背景及意义 | 第18-19页 |
| 第二章 计算方法与原理 | 第19-30页 |
| 2.1 量子化学计算方法 | 第19-21页 |
| 2.2 分子对接方法 | 第21-23页 |
| 2.2.1 分子对接的基本原理 | 第21-22页 |
| 2.2.2 分子对接的分类 | 第22页 |
| 2.2.3 常用的几种分子对接软件 | 第22-23页 |
| 2.3 分子动力学模拟方法 | 第23-30页 |
| 2.3.1 分子动力学发展史简介 | 第23-24页 |
| 2.3.2 分子动力学模拟的基本原理 | 第24-25页 |
| 2.3.3 牛顿运动方程式的数值解法 | 第25-26页 |
| 2.3.4 积分步长的选取 | 第26页 |
| 2.3.5 周期性边界条件 | 第26-27页 |
| 2.3.6 系综 | 第27-28页 |
| 2.3.7 力场参数 | 第28-29页 |
| 2.3.8 分子动力学模拟过程 | 第29-30页 |
| 第三章 配体分子对含铜核酸酶与DNA结合能力的影响 | 第30-57页 |
| 3.1 研究背景 | 第30-32页 |
| 3.2 计算方法 | 第32-40页 |
| 3.2.1 结构优化 | 第32-33页 |
| 3.2.2 RESP原子电荷 | 第33-38页 |
| 3.2.3 力场参数 | 第38页 |
| 3.2.4 分子对接 | 第38-39页 |
| 3.2.5 分子动力学模拟 | 第39-40页 |
| 3.2.6 MM_PBSA能量分析 | 第40页 |
| 3.3 结果讨论 | 第40-56页 |
| 3.3.1 系列加合物的分子动力学模拟 | 第40-47页 |
| 3.3.2 五个系列含铜核酸酶与DNA作用的分析 | 第47-56页 |
| 3.3.2.1 中心配位N原子上取代基的影响 | 第48-52页 |
| 3.3.2.2 杂环类型的影响 | 第52-54页 |
| 3.3.2.3 中心配位N原子与杂环链接碳链长度的影响 | 第54-56页 |
| 3.4 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 含铜核酸酶与DNA相互作用的理论研究 | 第57-76页 |
| 4.1 研究背景 | 第57-58页 |
| 4.2 模型与计算方法 | 第58-61页 |
| 4.2.1 初始结构 | 第58-59页 |
| 4.2.2 力场参数 | 第59-60页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第60页 |
| 4.2.4 自由结合能 | 第60-61页 |
| 4.2.5 DNA碱基对及碱基对递增参数 | 第61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-74页 |
| 4.3.1 六种含铜核酸酶加合物的分子动力学模拟 | 第61-62页 |
| 4.3.2 氢键分析 | 第62-65页 |
| 4.3.3 六种含铜核酸酶切割DNA活性分析 | 第65-67页 |
| 4.3.4 构象动力学的主成分分析 | 第67-69页 |
| 4.3.5 DNA构象碱基对和碱基对递增参数 | 第69-73页 |
| 4.3.6 含铜核酸酶与DNA加合物的沟槽参数 | 第73-74页 |
| 4.4 本章小结 | 第74-76页 |
| 第五章 全文总结 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-85页 |
| 人简历及研究生期间发表的论文 | 第85-86页 |
| 致谢 | 第86页 |