| 附件 | 第3-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 微生物降解尼古丁简介 | 第12-17页 |
| 1.1.1 尼古丁的性质和危害 | 第12-13页 |
| 1.1.2 尼古丁代谢简介 | 第13-15页 |
| 1.1.3 6-羟基-3-琥珀酰吡啶羟化酶（HspB）简介 | 第15-16页 |
| 1.1.4 NicR 简介 | 第16-17页 |
| 1.2 蛋白质结构生物学简介 | 第17-23页 |
| 1.2.1 蛋白质及其组成氨基酸简介 | 第17-20页 |
| 1.2.2 蛋白质结构简介 | 第20-22页 |
| 1.2.3 结构生物学及其研究简介 | 第22页 |
| 1.2.4 上海光源简介 | 第22-23页 |
| 1.3 本实验的研究内容和意义 | 第23-24页 |
| 第二章 材料和方法 | 第24-46页 |
| 2.1 主要仪器 | 第24-25页 |
| 2.2 材料 | 第25-27页 |
| 2.2.1 质粒和菌株 | 第25-26页 |
| 2.2.2 主要酶和试剂 | 第26-27页 |
| 2.3 主要试剂和溶液的配制 | 第27-35页 |
| 2.3.1 培养基配置 | 第27-30页 |
| 2.3.2 试剂储存液 | 第30-33页 |
| 2.3.3 亲和层析缓冲液 | 第33-34页 |
| 2.3.4 抗生素浓度 | 第34-35页 |
| 2.4 主要实验方法及步骤 | 第35-46页 |
| 2.4.1 重组质粒构建 | 第35-40页 |
| 2.4.1.1 引物设计 | 第35-36页 |
| 2.4.1.2 PCR 扩增 | 第36-37页 |
| 2.4.1.3 PCR 扩增产物回收 | 第37页 |
| 2.4.1.4 限制性内切酶酶切目的片度和质粒载体 | 第37-38页 |
| 2.4.1.5 目的片度和质粒载体的连接 | 第38页 |
| 2.4.1.6 重组质粒的扩增、鉴定及测序 | 第38-40页 |
| 2.4.2 蛋白小规模表达测试 | 第40页 |
| 2.4.3 蛋白大规模表达纯化 | 第40-44页 |
| 2.4.3.1 菌液扩大培养 | 第40-41页 |
| 2.4.3.2 Ni 柱亲和层析 | 第41-42页 |
| 2.4.3.3 Superdex200 柱层析 | 第42-44页 |
| 2.4.3.4 样品浓缩和保存 | 第44页 |
| 2.4.4 HspB 酶活测定方法 | 第44页 |
| 2.4.5 结晶初筛 | 第44页 |
| 2.4.6 晶体的优化 | 第44-45页 |
| 2.4.7 硒代甲硫氨酸衍生蛋白表达纯化 | 第45-46页 |
| 第三章 6-羟基-3-琥珀酰吡啶羟化酶 HspB 纯化与结晶条件研究 | 第46-59页 |
| 3.1 前言 | 第46页 |
| 3.2 实验结果 | 第46-57页 |
| 3.2.1 pET28a/hspB 表达载体的构建与鉴定 | 第46-47页 |
| 3.2.2 HspB 全长蛋白的表达与纯化 | 第47-49页 |
| 3.2.3 HspB 酶活测定结果 | 第49-50页 |
| 3.2.4 HspB 全长蛋白结晶初筛 | 第50页 |
| 3.2.5 HspB 全长蛋白结晶优化 | 第50-51页 |
| 3.2.6 HspB 蛋白折叠倾向性预测 | 第51-52页 |
| 3.2.7 hspB 截短工程菌的构建及表达检测 | 第52-57页 |
| 3.3 本章小结 | 第57-59页 |
| 第四章 尼古丁代谢途径中的调控蛋白 NicR 的结构生物学研究 | 第59-85页 |
| 4.1 前沿 | 第59页 |
| 4.2 实验结果 | 第59-84页 |
| 4.2.1 NicR 全长蛋白表达检测和纯化 | 第59-61页 |
| 4.2.2 NicR 全长蛋白晶体初筛实验 | 第61-62页 |
| 4.2.3 NicR 全长蛋白晶体优化实验 | 第62-64页 |
| 4.2.4 NicR 全长蛋白晶体 X 射线衍射结果 | 第64-65页 |
| 4.2.5 FoldIndex 蛋白折叠倾向性预测和保守性比对 | 第65-66页 |
| 4.2.6 NicR 截短工程菌的构建 | 第66-68页 |
| 4.2.7 NicR 截短蛋白表达检测和纯化 | 第68-74页 |
| 4.2.8 NicR 截短蛋白晶体初筛实验 | 第74页 |
| 4.2.9 NicR 截短蛋白晶体优化实验 | 第74-78页 |
| 4.2.10 NicR31 晶体的 X 射线衍射分析 | 第78页 |
| 4.2.11 Se-NicR31 蛋白纯化 | 第78-80页 |
| 4.2.12 NicR 蛋白与 DNA 复合物共同结晶实验 | 第80-83页 |
| 4.2.13 NicR 31 蛋白与效应物 HSP 共同结晶实验 | 第83-84页 |
| 4.3 本章小结 | 第84-85页 |
| 第五章 总结与展望 | 第85-87页 |
| 5.1 总结 | 第85页 |
| 5.2 展望 | 第85-87页 |
| 参考文献 | 第87-92页 |
| 致谢 | 第92-94页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第94页 |
