| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 测序技术的发展 | 第12-14页 |
| 1.2.1 第二代测序技术的发展 | 第12-14页 |
| 1.2.2 文库制备和生物信息分析技术的发展 | 第14页 |
| 1.3 单细胞测序技术的发展 | 第14-21页 |
| 1.3.1 单细胞DNA和RNA的扩增技术 | 第14-19页 |
| 1.3.1.1 单细胞DNA扩增技术 | 第15-16页 |
| 1.3.1.2 单细胞RNA扩增技术 | 第16-19页 |
| 1.3.2 单细胞测序技术在癌症研究中的应用 | 第19-21页 |
| 1.4 癌症演化的研究 | 第21-24页 |
| 1.4.1 驱动突变和克隆细胞系 | 第21-22页 |
| 1.4.2 癌症演化的影响因素 | 第22-24页 |
| 1.5 慢性淋巴性白血病的研究 | 第24-26页 |
| 1.6 论文的主要研究内容 | 第26-28页 |
| 第二章 样本的准备及测序 | 第28-40页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 样本临床信息 | 第28-30页 |
| 2.3 淋巴细胞分选 | 第30-32页 |
| 2.3.1 实验试剂与仪器 | 第30页 |
| 2.3.2 流式细胞分选 | 第30-32页 |
| 2.4 样本准备和测序 | 第32-39页 |
| 2.4.1 多细胞样本DNA提取和SNP array分析 | 第32-33页 |
| 2.4.1.1 实验试剂与仪器 | 第33页 |
| 2.4.1.2 SNP array测序 | 第33页 |
| 2.4.2 多细胞样本DNA提取、建库和测序 | 第33-35页 |
| 2.4.2.1 实验试剂与仪器 | 第33-34页 |
| 2.4.2.2 DNA提取、建库和测序 | 第34页 |
| 2.4.2.3 原始测序下机数据处理 | 第34-35页 |
| 2.4.3 单细胞分选、DNA扩增、建库和测序 | 第35-37页 |
| 2.4.3.1 实验试剂与仪器 | 第35-36页 |
| 2.4.3.2 单细胞分选、DNA扩增、建库和测序 | 第36页 |
| 2.4.3.3 原始测序下机数据处理 | 第36-37页 |
| 2.4.4 单细胞分选、RNA扩增、建库和测序 | 第37-39页 |
| 2.4.4.1 实验试剂与仪器 | 第37页 |
| 2.4.4.2 单细胞分选、RNA扩增、建库和测序 | 第37-38页 |
| 2.4.4.3 原始测序下机数据处理 | 第38-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 多细胞样本数据的生物信息分析 | 第40-56页 |
| 3.1 引言 | 第40页 |
| 3.2 SNP array数据分析 | 第40-43页 |
| 3.2.1 CNV检测 | 第40-42页 |
| 3.2.2 CNV结果分析 | 第42-43页 |
| 3.3 多细胞WGS数据分析 | 第43-55页 |
| 3.3.1 CNV分析 | 第43-48页 |
| 3.3.1.1 参考序列及比对文件准备 | 第44页 |
| 3.3.1.2 基因组切割 | 第44-45页 |
| 3.3.1.3 CNV检测 | 第45页 |
| 3.3.1.4 CNV结果分析 | 第45-47页 |
| 3.3.1.5 CNV的起止时间 | 第47-48页 |
| 3.3.2 SNP分析 | 第48-55页 |
| 3.3.2.1 数据比对 | 第48-50页 |
| 3.3.2.2 SNP和Indel检测 | 第50-51页 |
| 3.3.2.3 重要CLL基因突变 | 第51-52页 |
| 3.3.2.4 生殖系SNP过滤 | 第52-53页 |
| 3.3.2.5 MAF分析 | 第53-55页 |
| 3.4 本章小结 | 第55-56页 |
| 第四章 单细胞数据的生物信息分析 | 第56-71页 |
| 4.1 引言 | 第56页 |
| 4.2 单细胞WGS分析 | 第56-60页 |
| 4.2.1 CNV检测 | 第56-57页 |
| 4.2.2 样本过滤 | 第57页 |
| 4.2.3 CNV分析 | 第57-60页 |
| 4.2.3.1 CNV聚类分析 | 第57-59页 |
| 4.2.3.2 chr12 CNV分析 | 第59-60页 |
| 4.2.3.3 13q- CNV分析 | 第60页 |
| 4.3 单细胞RNA-seq分析 | 第60-70页 |
| 4.3.1 测序数据处理 | 第61-62页 |
| 4.3.2 单细胞样本和基因过滤 | 第62-63页 |
| 4.3.3 层次聚类分析 | 第63-66页 |
| 4.3.3.1 层次聚类 | 第63-65页 |
| 4.3.3.2 基因功能分析 | 第65-66页 |
| 4.3.4 伪时间演化分析 | 第66-70页 |
| 4.3.4.1 伪时间演化历程构建 | 第67-68页 |
| 4.3.4.2 基因表达模式分析 | 第68-70页 |
| 4.3.5 可变剪切和融合基因分析 | 第70页 |
| 4.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 总结与展望 | 第71-75页 |
| 5.1 论文的主要研究内容和研究成果 | 第71-73页 |
| 5.2 下一步工作展望 | 第73-75页 |
| 参考文献 | 第75-86页 |
| 致谢 | 第86-87页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文清单 | 第87页 |
