| ABSTRACT | 第6页 |
| 摘要 | 第7-12页 |
| CHAPTER 1: INTRODUCTION | 第12-15页 |
| 1.1 Statement problem | 第12页 |
| 1.2 The power of alignment system | 第12-14页 |
| 1.3 Necessity of Sequence Alignment Adjustments | 第14页 |
| 1.4 The Structure of thesis | 第14-15页 |
| CHAPTER 2: BACKGROUND | 第15-23页 |
| 2.1 Basic of biology | 第15-16页 |
| 2.1.1 DNA | 第15-16页 |
| 2.1.2 RNA | 第16页 |
| 2.1.3 Proteins | 第16页 |
| 2.2 Multiple alignment concept overviews | 第16-21页 |
| 2.2.1 Definition of sequence alignment | 第16页 |
| 2.2.2 Classification | 第16-17页 |
| 2.2.2.1 Evolutionary Mutations | 第17页 |
| 2.2.3 Other concepts | 第17-21页 |
| 2.2.3.1 Scoring Matrix | 第18页 |
| 2.2.3.2 Gap and penalties | 第18-19页 |
| 2.2.3.3 Scoring Method | 第19-21页 |
| 2.3 Sequence alignment and Biology | 第21-23页 |
| 2.3.1 Determine Function from Structure | 第21-22页 |
| 2.3.2 Phylogenetic tree | 第22-23页 |
| CHAPTER 3: SEQUENCES ALIGNMENT | 第23-31页 |
| 3.1 Pairwise Sequence Alignment | 第23-24页 |
| 3.1.1 Scoring Sequence Align | 第23-24页 |
| 3.2 Pairwise Sequence Alignment Method | 第24-27页 |
| 3.2.1 Dot matrix analysis | 第25-26页 |
| 3.2.2 Dynamic programming algorithm | 第26页 |
| 3.2.3 Word or K-tupe methods | 第26-27页 |
| 3.2.4 Compare Pairwise Sequence Alignment Method | 第27页 |
| 3.3 Multiple Sequence Alignment | 第27-31页 |
| 3.3.1 Dynamic Programming | 第28-29页 |
| 3.3.2 Progressive algorithm | 第29页 |
| 3.3.3 Interactive algorithm | 第29页 |
| 3.3.4 Compare Interactive, Progressive algorithm and Dynamic | 第29-31页 |
| CHAPTER 4: ALGORITHM & IMPLEMENTATION | 第31-45页 |
| 4.1 Dynamic programming algorithm | 第31-40页 |
| 4.1.1 Pairwise algorithm and implementation | 第31-37页 |
| 4.1.1.1 Pairwise Algorithm | 第31-33页 |
| 4.1.1.2 Implementation | 第33-37页 |
| 4.1.2 Three sequences alignment | 第37-40页 |
| 4.1.2.1 Algorithm | 第37页 |
| 4.1.2.2 Implementation | 第37-40页 |
| 4.2 Multiple Center Star | 第40-45页 |
| 4.2.1 Implementation | 第40-45页 |
| CHAPTER 5: EXPERIMENT AND RESULTS | 第45-51页 |
| 5.1 Pairwise Alignment result | 第45-47页 |
| 5.2 Three alignment result | 第47-48页 |
| 5.3 Compare Pairwise and Three sequences alignment | 第48-49页 |
| 5.4 Multiple Center Star Alignment | 第49-50页 |
| 5.5 Compare Three - Multiple Center Star Alignment | 第50-51页 |
| CONCLUSION | 第51-53页 |
| REFERENCE | 第53-55页 |
| APPENDIX | 第55-57页 |
| ACKNOWLEDGEMENTS | 第57页 |
