| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-25页 |
| 1.1 药物设计与靶标发现 | 第12-13页 |
| 1.2 药物靶标发现数据库资源 | 第13-16页 |
| 1.2.1 疾病相关的基因数据库 | 第13-14页 |
| 1.2.2 疾病相关的基因芯片数据库 | 第14页 |
| 1.2.3 候选药物靶标数据库 | 第14-15页 |
| 1.2.4 其他相关数据库 | 第15-16页 |
| 1.3 药物靶标识别方法概述 | 第16-23页 |
| 1.3.1 生物化学方法 | 第16-17页 |
| 1.3.2 蛋白可药性评价 | 第17-19页 |
| 1.3.3 药物信息学方法 | 第19-20页 |
| 1.3.4 网络药理学 | 第20-21页 |
| 1.3.5 文本挖掘方法 | 第21-23页 |
| 1.4 论文总体安排 | 第23-25页 |
| 第2章 药物靶标数据库TargetBank的构建 | 第25-39页 |
| 2.1 引言 | 第25-26页 |
| 2.2 TargetBank的构建 | 第26-30页 |
| 2.2.1 靶标数据收集 | 第26-27页 |
| 2.2.2 靶标注释 | 第27-28页 |
| 2.2.3 系统实现 | 第28-30页 |
| 2.3 药物靶标数据库TargetBank功能介绍 | 第30-32页 |
| 2.3.1 TargetBank全局数据统计 | 第30页 |
| 2.3.2 数据浏览及检索 | 第30-32页 |
| 2.4 靶标数据的统计分析 | 第32-37页 |
| 2.4.1 蛋白靶标功能分类统计 | 第32-34页 |
| 2.4.2 酶分类 | 第34-35页 |
| 2.4.3 治疗领域分类统计 | 第35-37页 |
| 2.4.4 蛋白家族分类统计 | 第37页 |
| 2.5 小结 | 第37-39页 |
| 第3章 农药及靶标相互作用数据库PTID | 第39-54页 |
| 3.1 引言 | 第39-40页 |
| 3.2 PTID的构建 | 第40-46页 |
| 3.2.1 农药数据收集与整理 | 第40-41页 |
| 3.2.2 农药靶标蛋白的收集 | 第41-43页 |
| 3.2.3 农药分子结构数据集的构建 | 第43页 |
| 3.2.4 蛋白序列数据集的构建 | 第43-44页 |
| 3.2.5 全文检索索引的构建 | 第44-45页 |
| 3.2.6 系统总体架构 | 第45-46页 |
| 3.3 农药及靶标相互作用数据库PTID功能介绍 | 第46-49页 |
| 3.3.1 PTID全局统计 | 第46页 |
| 3.3.2 数据库检索 | 第46页 |
| 3.3.3 ChemMapper服务毒副作用预测及全新分子设计功能 | 第46-48页 |
| 3.3.4 本地BLAST服务 | 第48页 |
| 3.3.5 靶标—农药关联网络可视化及分析 | 第48-49页 |
| 3.4 PTID数据统计分析 | 第49-53页 |
| 3.4.1 农药及靶标分类统计 | 第49页 |
| 3.4.2 PTID靶标分子功能统计 | 第49-52页 |
| 3.4.3 PTID靶标验证统计 | 第52-53页 |
| 3.5 小结 | 第53-54页 |
| 第4章 药物靶标的结构及结合位点表征 | 第54-72页 |
| 4.1 引言 | 第54-55页 |
| 4.2 基于等值面的分子溶剂可及表面生成算法 | 第55-61页 |
| 4.2.1 标量场等值面的生成 | 第55-56页 |
| 4.2.2 高斯滤波器的递归快速实现方法 | 第56-58页 |
| 4.2.3 Marching Cube三角形生成算法 | 第58-59页 |
| 4.2.4 中心差分法计算法向量 | 第59-61页 |
| 4.2.5 算法流程 | 第61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-71页 |
| 4.3.1 测试数据 | 第61-62页 |
| 4.3.2 计算时间对比 | 第62-64页 |
| 4.3.3 计算效率分析 | 第64-69页 |
| 4.3.4 计算精确度分析 | 第69-71页 |
| 4.4 小结 | 第71-72页 |
| 第5章 基于随机游走的多向药理学方法 | 第72-87页 |
| 5.1 引言 | 第72-73页 |
| 5.2 分子相似性评价及随机游走算法描述 | 第73-77页 |
| 5.2.1 化合物-蛋白相互作用数据集准备 | 第73页 |
| 5.2.2 分子相似性比较 | 第73-76页 |
| 5.2.3 药物-靶标二分网络的构建 | 第76页 |
| 5.2.4 基于药物-靶标网络的随机游走网络推理算法 | 第76-77页 |
| 5.3 结果讨论 | 第77-85页 |
| 5.3.1 随机游走算法收敛性验证 | 第77-78页 |
| 5.3.2 三种靶标预测策略的比较 | 第78-84页 |
| 5.3.3 氯雷他啶(Loratadine)的多向药理学特征 | 第84-85页 |
| 5.3.4 地拉韦啶(Rescriptor)的多向药理学特征 | 第85页 |
| 5.4 小结 | 第85-87页 |
| 第6章 ChemMapper：基于分子相似性方法的多向药理学及靶标发现计算平台 | 第87-101页 |
| 6.1 引言 | 第87-89页 |
| 6.2 ChemMapper计算平台的建立 | 第89-96页 |
| 6.2.1 数据库准备 | 第89-91页 |
| 6.2.2 后台程序的流程与实现 | 第91-94页 |
| 6.2.3 网络平台的建立 | 第94-96页 |
| 6.3 测试案例 | 第96-99页 |
| 6.3.1 阿司咪唑(Astemizole)的毒副作用预测 | 第96-97页 |
| 6.3.2 EGFR先导化合物发现及骨架跃迁 | 第97-99页 |
| 6.4 小结 | 第99-101页 |
| 第7章 结束语 | 第101-103页 |
| 7.1 全文总结 | 第101-102页 |
| 7.2 展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 附录1 攻读学位期间发表的学术论文 | 第117-118页 |
| 附录2 攻读学位期间发表的会议论文 | 第118页 |
