| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 缩略语表 | 第7-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 生防菌定殖研究进展 | 第13-16页 |
| 1.1.1 趋化性对定殖的影响 | 第13-14页 |
| 1.1.2 运动性对定殖的影响 | 第14-15页 |
| 1.1.3 生物膜形成对定殖的影响 | 第15页 |
| 1.1.4 自我调节对定殖的影响 | 第15-16页 |
| 1.2 细菌群体感应研究进展 | 第16-24页 |
| 1.2.1 群体感应信号分子分类 | 第16页 |
| 1.2.2 LuxS/AI-2 QS途径 | 第16-18页 |
| 1.2.3 芽胞杆菌中寡肽信号分子参与的QS途径 | 第18-20页 |
| 1.2.4 芽胞杆菌中PlcR-PapR QS调控的生物学功能 | 第20-24页 |
| 1.3 生防B.cereus 905定殖机制研究进展 | 第24-25页 |
| 1.4 研究目的及意义 | 第25页 |
| 1.5 技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 生防蜡样芽胞杆菌B.cereus 905基因组测序及分析 | 第26-37页 |
| 2.1 材料与方法 | 第26-27页 |
| 2.1.1 菌株培养与905菌株基因组DNA的提取 | 第26-27页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第27页 |
| 2.1.3 基因组测序、拼接、注释及分析 | 第27页 |
| 2.2 结果与分析 | 第27-35页 |
| 2.2.1 B.cereus 905基因组测序、拼接以及基因组特征分析 | 第27-28页 |
| 2.2.2 B.cereus 905基因组注释及功能分析 | 第28-29页 |
| 2.2.3 B.cereus 905防病促生相关基因分析 | 第29-35页 |
| 2.3 讨论 | 第35-37页 |
| 第三章 生防蜡样芽胞杆菌B.cereus 905 LuxS/AI-2和PlcR-PapR群体感应途径研究 | 第37-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第37-46页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第37页 |
| 3.1.2 菌株、质粒及引物 | 第37-39页 |
| 3.1.3 培养基及实验溶液配制 | 第39-42页 |
| 3.1.4 实验方法 | 第42-46页 |
| 3.2 结果与分析 | 第46-59页 |
| 3.2.1 生物信息学分析B.cereus 905基因组中的luxS和papR同源基因 | 第46-47页 |
| 3.2.2 群体感应信号合成突变菌株及互补构建 | 第47-50页 |
| 3.2.3 luxS和papR参与的群体感应信号分子合成的鉴定 | 第50-51页 |
| 3.2.4 检测定殖相关基因的表达 | 第51页 |
| 3.2.5 检测野生菌株、突变菌株和互补菌株定殖相关性状 | 第51-59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-62页 |
| 第四章 B.cereus 905 PlcR-PapR群体感应途径RNA-seq研究 | 第62-78页 |
| 4.1 材料与方法 | 第62-67页 |
| 4.1.1 菌株培养 | 第62页 |
| 4.1.2 细菌总RNA的提取及纯化 | 第62-63页 |
| 4.1.3 反转录 | 第63-64页 |
| 4.1.4 qRT-PCR | 第64页 |
| 4.1.5 B.cereus 905野生型及PlcR-papR系统缺失突变体转录组测序 | 第64-66页 |
| 4.1.6 RNA-Seq生物信息分析流程 | 第66-67页 |
| 4.2 结果分析 | 第67-76页 |
| 4.2.1 RNA-seq测序结果分析 | 第67-76页 |
| 4.2.2 RNA-seq定殖相关基因表达水平及qRT-PCR验证 | 第76页 |
| 4.3 讨论 | 第76-78页 |
| 第五章 总结与讨论 | 第78-81页 |
| 5.1 总结 | 第78页 |
| 5.2 讨论 | 第78-80页 |
| 5.3 展望 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 附录 | 第89-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 博士期间发表的学术论文清单 | 第107-108页 |
| 个人简历 | 第108页 |
