| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 本论文的缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-24页 |
| 1.1 引言 | 第12页 |
| 1.2 环境中的硫化物 | 第12-14页 |
| 1.3 微生物中的硫氧化途径 | 第14-15页 |
| 1.3.1 硫氧化(Sox)酶系统 | 第14页 |
| 1.3.2 硫醌氧化还原酶-过硫化物双加氧酶系统 | 第14-15页 |
| 1.4 微生物中硫化物代谢的调控因子 | 第15-17页 |
| 1.4.1 生物膜生长抑制子(biofilm growth-associated repressor,BigR) | 第15-16页 |
| 1.4.2 类铜敏感操纵子阻遏蛋白的硫转移酶抑制子(The CsoR-likesulfuransferase repressor,CstR) | 第16-17页 |
| 1.5 σ~(54)因子依赖转录的Fis家族调控子 | 第17-21页 |
| 1.5.1 σ~(54)因子依赖的转录与σ~(70)家族的区别 | 第18-19页 |
| 1.5.2 细菌增强子结合蛋白(a bacterial enhancer binding protein,bEBP) | 第19-21页 |
| 1.6 本论文的目的和意义 | 第21-24页 |
| 第二章 fisR基因对菌株表型的影响 | 第24-37页 |
| 2.1 实验材料 | 第24-28页 |
| 2.1.1 本章所用的菌株和质粒 | 第24页 |
| 2.1.2 本章所用的引物 | 第24-25页 |
| 2.1.3 分子生物学工具酶及分子量标准物 | 第25页 |
| 2.1.4 本章主要试剂(盒) | 第25-26页 |
| 2.1.5 培养基的配制 | 第26页 |
| 2.1.6 本论文使用的仪器设备 | 第26-28页 |
| 2.2 实验方法 | 第28-32页 |
| 2.2.1 菌种保存 | 第28页 |
| 2.2.2 E.coli化学感受态制备 | 第28-29页 |
| 2.2.3 R.eutropha电转感受态制备 | 第29页 |
| 2.2.4 质粒构建 | 第29-30页 |
| 2.2.5 fisR基因敲除菌株的构建 | 第30-31页 |
| 2.2.6 fisR基因回补菌株的构建 | 第31页 |
| 2.2.7 硫化氢积累的检测 | 第31-32页 |
| 2.2.8 硫化氢压力下的生长检测 | 第32页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第32-36页 |
| 2.3.1 fisR基因的无痕敲除 | 第32-33页 |
| 2.3.2 硫化氢积累的检测 | 第33-34页 |
| 2.3.3 硫化物压力下的生长曲线 | 第34-36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 硫化物氧化相关基因的转录分析 | 第37-49页 |
| 3.1 实验材料 | 第37-38页 |
| 3.1.1 本章所用的菌株 | 第37页 |
| 3.1.2 本章所用的引物 | 第37-38页 |
| 3.1.3 本章主要试剂(盒) | 第38页 |
| 3.2 实验方法 | 第38-42页 |
| 3.2.1 实验菌株RNA的提取 | 第38-39页 |
| 3.2.2 cDNA的合成 | 第39-40页 |
| 3.2.3 反转录PCR | 第40页 |
| 3.2.4 荧光定量PCR | 第40页 |
| 3.2.5 基因转录起始位点的检测 | 第40-42页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第42-48页 |
| 3.3.1 RNA提取结果检测 | 第42-43页 |
| 3.3.2 pdo和sqr基因共转录分析 | 第43页 |
| 3.3.3 fisR基因缺失对pdo和sqr基因转录的影响 | 第43-44页 |
| 3.3.4 硫化物对pdo和sqr基因转录的影响 | 第44-45页 |
| 3.3.5 pdo和sqr基因转录起始位点的确定 | 第45-48页 |
| 3.4 本章小结 | 第48-49页 |
| 第四章 调控蛋白FisR结合位点的研究 | 第49-61页 |
| 4.1 实验材料 | 第49-50页 |
| 4.1.1 本章所用的菌株 | 第49页 |
| 4.1.2 本章所用的引物 | 第49-50页 |
| 4.1.3 本章主要试剂(盒) | 第50页 |
| 4.2 实验方法 | 第50-53页 |
| 4.2.1 FisR蛋白异源表达及纯化 | 第50-51页 |
| 4.2.2 未变性蛋白的分子量检测 | 第51页 |
| 4.2.3 凝胶迁移实验(Electrophoretic Mobility Shift Assay,EMSA) | 第51-52页 |
| 4.2.4 DNase I足迹法(footprinting) | 第52-53页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第53-60页 |
| 4.3.1 FisR蛋白的表达纯化 | 第53-54页 |
| 4.3.2 未变性FisR-CD的分子量 | 第54-55页 |
| 4.3.3 FisR-CD蛋白凝胶迁移实验 | 第55-57页 |
| 4.3.4 DNase I足迹法实验结果 | 第57-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-61页 |
| 第五章 启动子报告系统的构建及分析 | 第61-71页 |
| 5.1 实验材料 | 第61-62页 |
| 5.1.1 本章所用的菌株 | 第61-62页 |
| 5.1.2 本章所用的引物 | 第62页 |
| 5.2 实验方法 | 第62-64页 |
| 5.2.1 启动子报告系统的构建 | 第62-63页 |
| 5.2.2 含硫化合物的诱导及荧光检测 | 第63-64页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第64-70页 |
| 5.3.1 启动子报告系统的构建 | 第64-65页 |
| 5.3.2 启动子报告系统在野生型菌株中的检测 | 第65-66页 |
| 5.3.3 不同含硫化合物对pdo启动子的诱导作用 | 第66-67页 |
| 5.3.4 不同硫化物浓度对pdo启动子的诱导作用 | 第67-68页 |
| 5.3.5 关键位点氨基酸对FisR活性的影响 | 第68-70页 |
| 5.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 全文总结与展望 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
