| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第11-26页 |
| 1.1 引言 | 第11-13页 |
| 1.2 高通量测序产生的生物大数据 | 第13-19页 |
| 1.2.1 高通量测序技术及应用概述 | 第13-15页 |
| 1.2.2 生物大数据分析流程及方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 生物大数据分析计算的挑战 | 第16-17页 |
| 1.2.4 松材线虫高通量测序数据现状 | 第17-19页 |
| 1.3 Docker与云计算概述 | 第19-24页 |
| 1.3.1 Docker云计算时代的应用容器引擎 | 第19-21页 |
| 1.3.2 Docker特性及原理 | 第21-22页 |
| 1.3.3 Docker体系架构 | 第22-24页 |
| 1.4 本项目研究的目的意义 | 第24-26页 |
| 2 Docker生物云计算平台的搭建 | 第26-43页 |
| 2.1 材料方法 | 第26-41页 |
| 2.1.1 Docker的安装及基本命令 | 第26-29页 |
| 2.1.2 Docker创建镜像的三种方法 | 第29-32页 |
| 2.1.3 Docker的数据管理及常用命令 | 第32-33页 |
| 2.1.4 Docker生物云计算平台镜像的构建 | 第33-41页 |
| 2.2 本章小结 | 第41-43页 |
| 3 Docker生物云计算平台在基因组研究中的应用 | 第43-50页 |
| 3.1 材料方法 | 第43-46页 |
| 3.1.1 松材线虫全基因组泌蛋白基因家族研究 | 第43-44页 |
| 3.1.2 松材线虫全基因组SSR引物开发及可视化研究 | 第44-46页 |
| 3.2 结果与分析 | 第46-48页 |
| 3.2.1 松材线虫全基因组泌蛋白基因家族研究结果与分析 | 第46-47页 |
| 3.2.2 松材线虫全基因组SSR引物开发及可视化结果与分析 | 第47-48页 |
| 3.3 本章小结 | 第48-50页 |
| 4 Docker生物云计算平台在转录组研究中的应用 | 第50-62页 |
| 4.1 材料方法 | 第50-54页 |
| 4.1.1 基于转录组的松材线虫、拟松材线虫同源基因识别及差异表达研究 | 第50-52页 |
| 4.1.2 基于转录组的松材线虫、拟松材线虫分泌蛋白差异表达及进化研究 | 第52-54页 |
| 4.2 结果与分析 | 第54-60页 |
| 4.2.1 松材线虫、拟松材线虫同源基因差异表达结果与分析 | 第54-58页 |
| 4.2.2 松材线虫分泌蛋白差异表达及进化研究结果与分析 | 第58-60页 |
| 4.3 本章小结 | 第60-62页 |
| 5 Docker生物云计算平台在宏基因组研究中的应用 | 第62-67页 |
| 5.1 材料方法 | 第62-64页 |
| 5.1.1 基于宏基因组的松材线虫水平转移基因识别研究 | 第62-64页 |
| 5.2 结果与分析 | 第64-66页 |
| 5.2.1 基于宏基因组的松材线虫水平转移基因识别结果与分析 | 第64-66页 |
| 5.3 本章小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第78-79页 |
| 致谢 | 第79-80页 |
