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牡蛎疱疹病毒魁蚶株基因组测定与分析

摘要第5-7页
Abstract第7-9页
第一章 前言第12-31页
    1.1 牡蛎疱疹病毒OsHV-1研究概况第12-24页
        1.1.1 牡蛎疱疹病毒的发现过程第13-14页
        1.1.2 牡蛎疱疹病毒其它病毒株的发现过程第14-16页
        1.1.3 牡蛎疱疹病毒的流行病学特点第16页
        1.1.4 组织病理变化第16-17页
        1.1.5 影响死亡率的其它因素第17-18页
        1.1.6 OsHV-1的起源分析第18-19页
        1.1.7 传播途径第19-20页
        1.1.8 影响病原传播的因素第20-21页
        1.1.9 预防疾病爆发可采取的措施第21-23页
        1.1.10 牡蛎疱疹病毒分子水平研究进展第23-24页
    1.2 测序技术发展过程第24-27页
        1.2.1 第一代测序技术第24-25页
        1.2.2 第二代DNA测序技术第25-27页
        1.2.3 第三代测序技术第27页
    1.3 疱疹病毒基因组的研究进展第27-30页
        1.3.1 疱疹病毒的分类第28页
        1.3.2 疱疹病毒基因组结构的特点第28-30页
    1.4 本论文研究的目的与意义第30-31页
第二章 OsHV-1魁蚶株基因组全序列的测定和分析第31-65页
    2.1 材料和方法第32-42页
        2.1.1 样品采集第32页
        2.1.2 主要试剂第32页
        2.1.3 主要仪器设备第32页
        2.1.4 牡蛎疱疹病毒魁蚶株的检测第32-34页
        2.1.5 病毒纯化和DNA提取第34页
        2.1.6 扩增魁蚶疱疹病毒核酸序列第34-38页
        2.1.7 OsHV-1魁蚶株基因组的分段PCR扩增第38-39页
        2.1.8 PCR产物的连接、转化第39页
        2.1.9 阳性克隆的鉴定和扩大培养第39-40页
        2.1.10 末端序列的测定第40-41页
        2.1.11 序列拼接和生物信息学分析第41-42页
    2.2 结果和分析第42-64页
        2.2.1 病毒检测结果的分析第42-47页
        2.2.2 OsHV-1-SB全序列结构分析第47页
        2.2.3 OsHV-1-SB基因组中潜在的ORF分析第47-55页
        2.2.4 OsHV-1-SB与OsHV-1、AVNV比较分析第55-57页
        2.2.5 碱基突变产生的ORF变化第57-60页
        2.2.6 OsHV-1-SB可变数目串联重复序列分析第60-61页
        2.2.7 SNP分析第61页
        2.2.8 进化分析第61-64页
    2.3 小结第64-65页
第三章 中国沿海养殖贝类OsHV-1感染状况调查第65-70页
    3.1 实验材料第65-66页
        3.1.1 样品采集第65页
        3.1.2 实验材料第65页
        3.1.3 样品DNA的提取第65页
        3.1.4 PCR检测第65-66页
    3.2 结果第66-68页
        3.2.1 所有批次样品检测结果第66-67页
        3.2.2 不同品种贝类检测结果第67-68页
    3.3 讨论第68-70页
参考文献第70-75页
致谢第75-76页
个人简历第76页
学术论文第76页

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