| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-20页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 稻瘟菌基因组研究进展 | 第9-12页 |
| 1.3 转录组分析现状 | 第12-18页 |
| 1.3.1 测序技术 | 第12-13页 |
| 1.3.2 分析方法 | 第13-16页 |
| 1.3.3 RNA-Seq的应用 | 第16-18页 |
| 1.4 稻瘟菌转录组研究进展 | 第18页 |
| 1.5 本研究立项依据和研究意义 | 第18-20页 |
| 第二章 研究稻瘟菌基因表达与调控 | 第20-77页 |
| 2.1 转录组的测序和评估 | 第20-25页 |
| 2.1.1 材料和方法 | 第20-21页 |
| 2.1.2 RNA-Seq测序,建库质量评估 | 第21-22页 |
| 2.1.3 RNA-Seq数据在基因组上的分布特征 | 第22-25页 |
| 2.2 从转录组中挖掘新的信息 | 第25-30页 |
| 2.2.1 材料与方法 | 第25-26页 |
| 2.2.2 混合拼接策略 | 第26-29页 |
| 2.2.3 新的注释信息 | 第29-30页 |
| 2.3 基因注释 | 第30-32页 |
| 2.3.1 材料与方法 | 第30-31页 |
| 2.3.2 注释信息 | 第31-32页 |
| 2.4 菌株特异性基因发现与比较 | 第32-35页 |
| 2.4.1 材料与方法 | 第32-33页 |
| 2.4.2 菌株特异性基因鉴定 | 第33页 |
| 2.4.3 分析菌株特异性基因特征 | 第33-35页 |
| 2.5 基因表达分析 | 第35-47页 |
| 2.5.1 材料与方法 | 第35-36页 |
| 2.5.2 不同样品基因表达信息 | 第36-37页 |
| 2.5.3 分生孢子上调基因分析 | 第37-42页 |
| 2.5.4 营养菌丝上调基因分析 | 第42-43页 |
| 2.5.5 显著差异表达基因特征 | 第43-44页 |
| 2.5.6 与孢子形成有关的芯片数据比较 | 第44-45页 |
| 2.5.7 与孢子的蛋白质组比较 | 第45-46页 |
| 2.5.8 菌株之间营养菌丝基因表达差异 | 第46-47页 |
| 2.6 稻瘟菌的可变剪接 | 第47-58页 |
| 2.6.1 材料与方法 | 第47-48页 |
| 2.6.2 鉴定可变剪接 | 第48-50页 |
| 2.6.3 组织之间的调控 | 第50-53页 |
| 2.6.4 可变剪接可以产生不同蛋白 | 第53页 |
| 2.6.5 可变剪接可以产生含不成熟终止密码子的转录本 | 第53-55页 |
| 2.6.6 可变剪接也可以不改变ORF信息 | 第55页 |
| 2.6.7 比较剪接复合体和NMD途径 | 第55-58页 |
| 2.6.8 可变剪接在菌株之间的调控 | 第58页 |
| 2.7 新注释的基因特征 | 第58-69页 |
| 2.7.1 新的蛋白编码基因 | 第58-61页 |
| 2.7.2 长非编码基因 | 第61-69页 |
| 2.8 比较发生在基因内的SNP和indel | 第69-74页 |
| 2.8.1 材料与方法 | 第69页 |
| 2.8.2 三个菌株之间indel和SNP的比较 | 第69-71页 |
| 2.8.3 检测indel和SNP与蛋白编码基因的关系 | 第71-74页 |
| 2.9 讨论 | 第74-77页 |
| 第三章 受Pcgl调控的内含子特征分析 | 第77-93页 |
| 3.1 受Pcgl影响的内含子特征挖掘 | 第77-90页 |
| 3.1.1 内含子剪切保留程度差异 | 第77-78页 |
| 3.1.2 内含子长度分布 | 第78-79页 |
| 3.1.3 检测特征motif | 第79-80页 |
| 3.1.4 比较计算branch point距离 | 第80-81页 |
| 3.1.5 比较二级结构上的branch point距离 | 第81-82页 |
| 3.1.6 比较U6和U2 snRNA互补 | 第82-86页 |
| 3.1.7 内含子当中A的分布特征 | 第86-88页 |
| 3.1.8 类似BP位点比较 | 第88-89页 |
| 3.1.9 内含子在其它物种中的保守性 | 第89-90页 |
| 3.2 重复试验验证 | 第90-91页 |
| 3.3 讨论 | 第91-93页 |
| 第四章 结论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 附录 | 第107-122页 |
| 作者简历 | 第122页 |
