| 摘要 | 第3-4页 |
| abstract | 第4-5页 |
| 主要英文缩略词对照表 | 第10-11页 |
| 第1章 引言 | 第11-29页 |
| 1.1 软骨界面肥大化的研究进展 | 第11-16页 |
| 1.1.1 软骨界面肥大化的概述 | 第11页 |
| 1.1.2 软骨界面肥大化的正常发育过程 | 第11-12页 |
| 1.1.3 软骨界面肥大化研究对软骨-骨界面损伤修复的意义 | 第12-14页 |
| 1.1.4 软骨界面肥大化的分子机制研究进展 | 第14-16页 |
| 1.2 软骨-骨界面损伤修复方法的研究进展 | 第16-20页 |
| 1.2.1 软骨-骨界面损伤的修复方法概述 | 第16-18页 |
| 1.2.2 软骨-骨界面损伤修复所用生物材料支架的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.2.3 软骨-骨界面损伤修复所用种子细胞的合成生物学研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3 单细胞基因组学技术在组织发育与再生修复中的研究进展 | 第20-26页 |
| 1.3.1 单细胞基因组学技术的概述 | 第20-22页 |
| 1.3.2 单细胞基因组学技术在组织发育与再生修复中的研究进展 | 第22-23页 |
| 1.3.3 单细胞基因组学的生物信息学分析方法研究进展 | 第23-26页 |
| 1.4 本论文研究的目的与意义 | 第26-29页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第29-43页 |
| 2.1 实验材料 | 第29-32页 |
| 2.1.1 生化试剂与药品 | 第29-30页 |
| 2.1.2 细胞材料 | 第30-31页 |
| 2.1.3 引物序列 | 第31-32页 |
| 2.2 仪器与设备 | 第32-33页 |
| 2.3 实验方法 | 第33-43页 |
| 2.3.1 原代细胞的分离与培养方法（大鼠、兔原代软骨细胞） | 第33-34页 |
| 2.3.2 细胞体外肥大化诱导 | 第34页 |
| 2.3.3 真核细胞转染与慢病毒转染方法 | 第34-35页 |
| 2.3.4 RNA分离提取 | 第35页 |
| 2.3.5 反转录及荧光定量PCR检测 | 第35-36页 |
| 2.3.6 免疫荧光染色 | 第36页 |
| 2.3.7 H&E染色和阿丽新蓝染色 | 第36页 |
| 2.3.8 小鼠软骨生长板的分离与兔软骨修复组织的分离 | 第36-37页 |
| 2.3.9 软骨组织的单细胞悬液消化 | 第37页 |
| 2.3.10 单细胞悬液的表面荧光标记与流式分选 | 第37页 |
| 2.3.11 基于C1平台的单细胞捕获与cDNA生成 | 第37-39页 |
| 2.3.12 单细胞cDNA文库的构建 | 第39-40页 |
| 2.3.13 单细胞转录组生物信息分析 | 第40-42页 |
| 2.3.14 统计学分析 | 第42页 |
| 2.3.15 新西兰大白兔软骨-骨共缺损手术 | 第42-43页 |
| 第3章 软骨界面肥大化的单细胞基因组学研究 | 第43-82页 |
| 3.1 软骨肥大化的体外诱导模型 | 第44-50页 |
| 3.1.1 体外诱导模型的设计路线图 | 第44页 |
| 3.1.2 体外诱导模型的建立与评估 | 第44-50页 |
| 3.1.3 小结 | 第50页 |
| 3.2 软骨肥大化的体内发育模型 | 第50-55页 |
| 3.2.1 生长板是软骨肥大化的体内发育模型 | 第50-51页 |
| 3.2.2 利用生长板单细胞表达谱分析研究软骨肥大化的方案 | 第51-52页 |
| 3.2.3 生长板的取样与纯度鉴定 | 第52-54页 |
| 3.2.4 小结 | 第54-55页 |
| 3.3 软骨界面肥大化细胞群体的识别与鉴定 | 第55-58页 |
| 3.3.1 软骨生长板单细胞基因组学数据的获取和质量分析 | 第55-56页 |
| 3.3.2 软骨生长板肥大化细胞群的聚类分析 | 第56-58页 |
| 3.3.3 小结 | 第58页 |
| 3.4 软骨界面肥大化发育过程的时间、空间维度重构 | 第58-63页 |
| 3.4.1 软骨界面肥大化发育过程的时序性重构 | 第58-60页 |
| 3.4.2 软骨界面肥大化发育过程的基因时序性特征分类 | 第60-61页 |
| 3.4.3 软骨界面肥大化发育过程的空间性重构 | 第61-62页 |
| 3.4.4 小结 | 第62-63页 |
| 3.5 软骨界面肥大化发育过程中时空特异性基因的分析和挖掘 | 第63-72页 |
| 3.5.1 软骨肥大化相关基质分泌蛋白基因的时空特异性 | 第63-64页 |
| 3.5.2 软骨肥大化关键调控信号通路的时空特异性 | 第64-65页 |
| 3.5.3 软骨肥大化细胞亚群分子标记的时空特异性及组织学鉴定 | 第65-66页 |
| 3.5.4 软骨肥大化相关转录因子的时空特异性与重要性分析 | 第66-71页 |
| 3.5.5 小结 | 第71-72页 |
| 3.6 软骨界面肥大化细胞亚群的表面分子标记 | 第72-74页 |
| 3.6.1 CD9/CD200作为软骨肥大化细胞亚群分选标记的可行性 | 第72页 |
| 3.6.2 CD9/CD200分选软骨肥大化细胞亚群的准确性 | 第72页 |
| 3.6.3 小结 | 第72-74页 |
| 3.7 软骨界面肥大化相关重要转录因子的体外筛选和功能验证 | 第74-78页 |
| 3.7.1 体外验证模型的构建 | 第74-75页 |
| 3.7.2 重要转录因子的体外筛选 | 第75-77页 |
| 3.7.3 重要转录因子的功能验证 | 第77页 |
| 3.7.4 小结 | 第77-78页 |
| 3.8 本章总结 | 第78-82页 |
| 3.8.1 软骨肥大化过程的单细胞水平精细研究策略 | 第78页 |
| 3.8.2 软骨肥大化过程的单细胞生物信息学分析创新性 | 第78-81页 |
| 3.8.3 预测的软骨肥大化相关重要转录因子的体外筛选与功能验证 | 第81-82页 |
| 第4章 DNA水凝胶材料在软骨-骨交界面修复中的应用 | 第82-94页 |
| 4.1 基于DNA水凝胶的软骨-骨交界面损伤修复体系 | 第82-86页 |
| 4.1.1 软骨-骨交界面损伤的动物模型 | 第82-83页 |
| 4.1.2 软骨-骨交界面损伤修复的组织工程种子细胞 | 第83页 |
| 4.1.3 软骨-骨交界面损伤修复的组织工程DNA水凝胶支架 | 第83-85页 |
| 4.1.4 软骨-骨交界面损伤修复的组织工程一型胶原支架（对照） | 第85-86页 |
| 4.2 DNA水凝胶应用于软骨-骨交界面损伤修复的传统生物学评估 | 第86-92页 |
| 4.3 本章总结 | 第92-94页 |
| 第5章 可控缓释基因表达系统在软骨-骨界面修复中的应用 | 第94-101页 |
| 5.1 软骨-骨交界面损伤修复的合成生物学研究思路 | 第94页 |
| 5.2 基于合成生物学思路的可控缓释基因表达系统的构建 | 第94-96页 |
| 5.3 可控缓释基因表达系统的体外效果验证 | 第96-98页 |
| 5.3.1 短程释放模块对种子细胞性能的影响 | 第96-97页 |
| 5.3.2 长程释放模块对种子细胞性能的影响 | 第97-98页 |
| 5.3.3 小结 | 第98页 |
| 5.4 可控缓释基因表达系统在动物模型中的验证 | 第98-100页 |
| 5.5 本章总结 | 第100-101页 |
| 第6章 总结与展望 | 第101-109页 |
| 6.1 论文总结 | 第101-103页 |
| 6.2 论文展望 | 第103-109页 |
| 6.2.1 组织工程再生修复需要建立在对正常发育和病理修复充分理解的基础上 | 第103-104页 |
| 6.2.2 软骨界面肥大化发育调控系统的复杂性 | 第104-105页 |
| 6.2.3 单细胞技术在深入理解组织再生修复过程中的潜力 | 第105-107页 |
| 6.2.4 再生修复中对种子细胞进行合成生物学理性设计的挑战 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第118页 |
