| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-25页 |
| 1.1 HIV与艾滋病 | 第9-13页 |
| 1.1.1 AIDS的现状 | 第10-11页 |
| 1.1.2 HIV-1 的结构 | 第11页 |
| 1.1.3 HIV-1 的致病过程 | 第11-12页 |
| 1.1.4 HIV-1 的生命周期 | 第12-13页 |
| 1.2 抗HIV-1 药物的研究进展 | 第13-21页 |
| 1.2.1 HIV-1 逆转录酶抑制剂 | 第14-17页 |
| 1.2.2 HIV-1 整合酶抑制剂 | 第17-18页 |
| 1.2.3 HIV-1 蛋白酶抑制剂 | 第18-19页 |
| 1.2.4 HIV-1 融合抑制剂 | 第19-21页 |
| 1.3 分子模拟及药物设计方法 | 第21-25页 |
| 1.3.1 分子对接 | 第21-22页 |
| 1.3.2 分子动力学模拟 | 第22-23页 |
| 1.3.3 结合自由能计算 | 第23-24页 |
| 1.3.4 粗粒化模型 | 第24-25页 |
| 2 HIV-1 蛋白酶与沙奎那韦的分子识别研究 | 第25-32页 |
| 2.1 引言 | 第25-26页 |
| 2.2 研究方法 | 第26页 |
| 2.2.1 MD模拟 | 第26页 |
| 2.2.2 能量分解 | 第26页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第26-30页 |
| 2.3.1 体系整体MD模拟分析 | 第27-28页 |
| 2.3.2 氢键分析 | 第28-29页 |
| 2.3.3 能量分解 | 第29页 |
| 2.3.4 结合模式 | 第29-30页 |
| 2.4 本章小结 | 第30-32页 |
| 3 HIV-1 逆转录酶的分子对接及粗粒化研究 | 第32-41页 |
| 3.1 引言 | 第32-33页 |
| 3.2 实验方法 | 第33-34页 |
| 3.2.1 高斯网络模型 | 第33页 |
| 3.2.2 各向异性网络模型 | 第33页 |
| 3.2.3 分子对接 | 第33-34页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第34-40页 |
| 3.3.1 粗粒化模型的可靠性 | 第34-35页 |
| 3.3.2 运动模式 | 第35-36页 |
| 3.3.3 运动相关性分析 | 第36-37页 |
| 3.3.4 慢运动方向分析 | 第37页 |
| 3.3.5 分子对接 | 第37-40页 |
| 3.4 本章小结 | 第40-41页 |
| 4 基于PFV IN的HIV-1 IN抑制剂筛选平台 | 第41-62页 |
| 4.1 引言 | 第41页 |
| 4.2 实验方法 | 第41-43页 |
| 4.2.1 虚拟筛选 | 第41-42页 |
| 4.2.2 Druggability计算方法 | 第42页 |
| 4.2.3 分子对接 | 第42页 |
| 4.2.4 MD模拟 | 第42-43页 |
| 4.2.5 DNA的构象分析 | 第43页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第43-60页 |
| 4.3.1 PFV IN和HIV-1 IN的生物信息学分析 | 第43-46页 |
| 4.3.2 虚拟筛选 | 第46-47页 |
| 4.3.3 结合口袋分析 | 第47-50页 |
| 4.3.4 分子对接 | 第50-53页 |
| 4.3.5 MD模拟分析 | 第53-55页 |
| 4.3.6 PFV IN-DNA的构象变化 | 第55-56页 |
| 4.3.7 水参与的分子识别 | 第56-59页 |
| 4.3.8 DNA的功能性运动 | 第59-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 5 HIV-1 IN在大肠杆菌中的表达纯化 | 第62-68页 |
| 5.1 引言 | 第62页 |
| 5.2 材料与方法 | 第62-64页 |
| 5.2.1 菌株和质粒 | 第62页 |
| 5.2.2 工具酶和试剂 | 第62页 |
| 5.2.3 培养基和缓冲溶液 | 第62-63页 |
| 5.2.4 仪器和设备 | 第63页 |
| 5.2.5 实验方法 | 第63-64页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第64-67页 |
| 5.3.1 重组质粒的检测 | 第64-65页 |
| 5.3.2 重组质粒转化BL21感受态细胞 | 第65页 |
| 5.3.3 IN的蛋白表达及纯化 | 第65-67页 |
| 5.4 本章小结 | 第67-68页 |
| 结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 附录A | 第76-79页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文及科研成果 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80-89页 |