| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-21页 |
| ·选题目的和意义 | 第11-12页 |
| ·国内外研究进展 | 第12-19页 |
| ·植物抗冷性研究进展 | 第12-13页 |
| ·转录组分析原理和应用 | 第13-16页 |
| ·生物信息学数据库简介 | 第16-17页 |
| ·基因编码区预测 | 第17-18页 |
| ·UNIGENE表达量计算 | 第18-19页 |
| ·差异表达分析 | 第19页 |
| ·研究内容及技术路线 | 第19-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-24页 |
| ·供试材料 | 第21页 |
| ·植物材料 | 第21页 |
| ·酶及生化试剂 | 第21页 |
| ·试验方法 | 第21-24页 |
| ·试验步骤 | 第21-22页 |
| ·RNA样品检测 | 第22页 |
| ·RNA文库构建 | 第22-23页 |
| ·文库质控 | 第23页 |
| ·上机测序 | 第23页 |
| ·RNA提取及CDNA的合成 | 第23-24页 |
| 3 结果与分析 | 第24-42页 |
| ·RNA样品检测 | 第24-28页 |
| ·测序碱基质量值 | 第25-26页 |
| ·CLEAN DATA统计 | 第26页 |
| ·组装结果统计 | 第26-28页 |
| ·测序数据与组装结果的比对统计 | 第28-32页 |
| ·MRNA片段化随机性检验 | 第28-29页 |
| ·转录组测序数据饱和度检验 | 第29页 |
| ·简单重复序列分析 | 第29-31页 |
| ·简单重复序列引物设计 | 第31-32页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第32页 |
| ·差异表达基因聚类分析 | 第32-42页 |
| ·差异表达基因GO功能富集 | 第33-34页 |
| ·差异表达基因topGO富集有向无环图（分子功能） | 第34-35页 |
| ·差异表达基因COG分类 | 第35-36页 |
| ·差异表达基因KEGG通路富集分析 | 第36-42页 |
| 4 讨论 | 第42-44页 |
| ·文冠果幼苗对低温的响应 | 第42页 |
| ·次生代谢产物在文冠果幼苗低温胁迫中的作用 | 第42-43页 |
| ·SSR标记在育种中的应用 | 第43-44页 |
| 5 结论 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-50页 |
| 致谢 | 第50页 |