| 缩略词 | 第1-10页 |
| 中文摘要 | 第10-13页 |
| ABSTRACT | 第13-17页 |
| 前言 | 第17-22页 |
| 1. 志贺菌生物学特征 | 第17页 |
| 2. 国内外研究现状 | 第17-20页 |
| ·流行现状研究 | 第17-19页 |
| ·耐药性研究 | 第19页 |
| ·宋内志贺菌进化研究 | 第19-20页 |
| 3. 立题背景 | 第20页 |
| 4. 研究内容及思路 | 第20-22页 |
| ·宋内志贺菌的流行特征分析 | 第20页 |
| ·遗传多态性分析 | 第20-21页 |
| ·宋内志贺菌耐药性和耐药机制分析 | 第21页 |
| ·宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 | 第21页 |
| ·lac operon基因缺失突变株的构建及其相关功能的验证 | 第21-22页 |
| 第一章 志贺菌的鉴定及流行分布分析 | 第22-30页 |
| 1 实验材料 | 第22页 |
| ·菌株 | 第22页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第22页 |
| ·试剂 | 第22页 |
| ·仪器 | 第22页 |
| 2 实验方法 | 第22-24页 |
| ·菌株的复苏与保存 | 第22页 |
| ·菌株血清型鉴定 | 第22-23页 |
| ·宋内志贺菌生化表型的鉴定 | 第23-24页 |
| ·API 20E生化试剂条法 | 第23页 |
| ·沙门氏菌显色培养基鉴定ONPG表型 | 第23-24页 |
| 3 实验结果 | 第24-28页 |
| ·血清学鉴定结果 | 第24-26页 |
| ·宋内与福氏志贺菌的地区分布 | 第24-25页 |
| ·宋内与福氏志贺菌的时间分布 | 第25-26页 |
| ·宋内志贺菌ONPG表型鉴定结果 | 第26-28页 |
| ·不同表型宋内志贺菌的地区分布 | 第26-27页 |
| ·不同表型宋内志贺菌的时间分布 | 第27-28页 |
| 4 讨论 | 第28-29页 |
| 5 小结 | 第29-30页 |
| 第二章 宋内志贺菌遗传多态性分析 | 第30-52页 |
| 1. 实验材料 | 第30页 |
| ·菌株 | 第30页 |
| ·主要试剂以耗材 | 第30页 |
| ·仪器 | 第30页 |
| 2. 实验方法 | 第30-34页 |
| ·各类缓冲液 | 第30-31页 |
| ·PFGE流程 | 第31-34页 |
| ·胶块的制备 | 第31页 |
| ·胶块中细菌的裂解 | 第31页 |
| ·洗胶块 | 第31-32页 |
| ·胶块的酶切 | 第32页 |
| ·加样与制胶 | 第32-33页 |
| ·电泳 | 第33页 |
| ·染色、脱色与拍照 | 第33页 |
| ·结果分析 | 第33-34页 |
| 3. 实验结果 | 第34-49页 |
| ·PFGE图谱 | 第34-35页 |
| ·部分地区 PFGE 聚类分析 | 第35-43页 |
| ·北京地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第35-37页 |
| ·上海地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第37-40页 |
| ·沈阳地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第40页 |
| ·甘肃地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第40-42页 |
| ·河南地区宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第42-43页 |
| ·ONPG阴性宋内志贺菌PFGE聚类分析 | 第43-48页 |
| ·最小生成树分析 | 第48-49页 |
| 4. 讨论 | 第49-51页 |
| 5 小结 | 第51-52页 |
| 第三章 宋内志贺菌耐药性分析 | 第52-68页 |
| 1. 实验材料 | 第52页 |
| ·菌株 | 第52页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第52页 |
| ·试剂 | 第52页 |
| ·仪器 | 第52页 |
| 2. 实验方法 | 第52-54页 |
| ·细菌的复苏与传代培养 | 第52-53页 |
| ·菌株的接种 | 第53页 |
| ·孵育 | 第53页 |
| ·读取测试结果 | 第53-54页 |
| 3 实验结果 | 第54-65页 |
| ·宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药耐药结果 | 第54-55页 |
| ·所有宋内志贺菌的耐药结果 | 第55-56页 |
| ·所有福氏志贺菌志贺菌的耐药结果 | 第56-57页 |
| ·宋内志贺菌与福氏志贺菌耐药性比较 | 第57-58页 |
| ·宋内志贺菌耐药性随时间的变化情况 | 第58-60页 |
| ·宋内志贺菌地区间耐药性比较 | 第60-62页 |
| ·ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性比较 | 第62-63页 |
| ·ONPG阴阳性宋内志贺菌耐药性随年代的变化情况 | 第63-65页 |
| 4 讨论 | 第65-67页 |
| 5 小结 | 第67-68页 |
| 第四章 宋内志贺菌耐药机制分析 | 第68-81页 |
| 1. 实验材料 | 第68页 |
| ·菌株 | 第68页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第68页 |
| ·试剂 | 第68页 |
| 2. 方法 | 第68-72页 |
| ·细菌模板的提取 | 第68页 |
| ·引物设计 | 第68-70页 |
| ·耐药基因的扩增 | 第70-71页 |
| ·产物电泳、测序及比对 | 第71-72页 |
| 3 实验结果 | 第72-78页 |
| ·广谱 β-内酰胺酶（ESBLs）耐药基因结果 | 第72-75页 |
| ·整合子相关耐药基因结果 | 第75-76页 |
| ·喹诺酮类相关耐药基因结果 | 第76-78页 |
| 4 讨论 | 第78-80页 |
| 5 小结 | 第80-81页 |
| 第五章 宋内志贺菌全基因组测序及表型变异的分子机制研究 | 第81-95页 |
| 1. 实验材料 | 第81-82页 |
| ·菌株 | 第81页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第81-82页 |
| ·主要试剂 | 第81页 |
| ·仪器 | 第81页 |
| ·引物序列 | 第81-82页 |
| 2 实验方法 | 第82-85页 |
| ·细菌的复苏培养 | 第82-83页 |
| ·细菌基因组提取 | 第83页 |
| ·细菌全基因组测序及分析 | 第83页 |
| ·全基因组测序 | 第83页 |
| ·比较基因组分析 | 第83页 |
| ·进化树构建 | 第83页 |
| ·缺失基因的PCR验证 | 第83-85页 |
| 3. 实验结果 | 第85-93页 |
| ·宋内志贺菌基因组测序结果及初步分析 | 第85-89页 |
| ·测序菌株的基因组组装结果 | 第85-86页 |
| ·宋内志贺菌基因组初步分析 | 第86-88页 |
| ·乳糖操纵子基因元件序列比对结果 | 第88页 |
| ·ONPG阴性菌lac operon区域全基因组比对结果 | 第88-89页 |
| ·ONPG阴性菌lac operon区域基因缺失结果 | 第89-90页 |
| ·SNP位点检测及相关的初步分析 | 第90-93页 |
| ·SNP位点的检测及分布情况 | 第90-91页 |
| ·系统发育树构建结果 | 第91-93页 |
| 4. 讨论 | 第93-94页 |
| 5. 小结 | 第94-95页 |
| 第六章 lac operon基因敲除株的构建及其相关功能的验证 | 第95-108页 |
| 1. 实验材料 | 第95页 |
| ·菌株及质粒 | 第95页 |
| ·主要试剂及仪器 | 第95页 |
| ·主要试剂 | 第95页 |
| ·仪器 | 第95页 |
| 2. 实验方法 | 第95-100页 |
| ·线性打靶DNA序列的构建 | 第95-98页 |
| ·上下游同源臂的构建 | 第96-97页 |
| ·带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的扩增 | 第97页 |
| ·产物回收 | 第97页 |
| ·上下游同源臂及带有FRT标签的卡那霉素抗性片段的融合 | 第97-98页 |
| ·测序验证 | 第98页 |
| ·宋内志贺菌感受态的制备及 PKD46 质粒的导入 | 第98页 |
| ·宋内志贺菌感受态的制备 | 第98页 |
| ·PKD46质粒的导入 | 第98页 |
| ·线性融合片段的导入与重组菌株的筛选 | 第98-99页 |
| ·线性片段的导入 | 第98页 |
| ·重组菌株的筛选 | 第98-99页 |
| ·卡那霉素抗性基因片段的去除 | 第99页 |
| ·突变株与野生株生化表型验证 | 第99-100页 |
| ·API 20E生化表型鉴定 | 第99页 |
| ·API 50CH生化表型鉴定 | 第99页 |
| ·Biolog GNⅢ生化鉴定结果 | 第99-100页 |
| ·敲除株与野生株生长曲线 | 第100页 |
| ·毒力比较分析 | 第100页 |
| 3. 实验结果 | 第100-106页 |
| ·敲除株构建结果 | 第100-103页 |
| ·线性同源臂融合结果 | 第100-101页 |
| ·突变株测序验证 | 第101-103页 |
| ·敲除株与野生株生化特性比较 | 第103-104页 |
| ·API 20E结果 | 第103页 |
| ·API 50CH结果 | 第103-104页 |
| ·Biolog GNⅢ微生物鉴定板生化鉴定 | 第104页 |
| ·生长曲线结果 | 第104-105页 |
| ·毒力比较结果 | 第105-106页 |
| 4. 讨论 | 第106-107页 |
| 5. 小结 | 第107-108页 |
| 总结 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-116页 |
| 个人简历 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
