| 中文摘要 | 第3-4页 |
| 英文摘要 | 第4-5页 |
| 英文缩写词 | 第6-10页 |
| 引言 | 第10-17页 |
| 1 稻属分类和稻属种间杂交的研究进展 | 第10-13页 |
| 1.1 稻属分类 | 第11页 |
| 1.2 种间杂交过程“转录组冲击”（Transcriptomic Shock）研究进展 | 第11-12页 |
| 1.3 水稻基因的时空特异性表达 | 第12-13页 |
| 2 杂交优势与杂交劣势研究进展 | 第13页 |
| 3 稻属种间杂交种相应低氮环境的机制研究进展 | 第13-14页 |
| 3.1 低氮环境对植物生长的不利影响 | 第13-14页 |
| 3.2 氮代谢途径关键基因的基本特征 | 第14页 |
| 4 新一代测序技术的发展及在植物转录组中的应用 | 第14-17页 |
| 4.1 全基因组重测序简介 | 第14-15页 |
| 4.2 转录组测序的基本原理及应用简介 | 第15-17页 |
| 材料与方法 | 第17-25页 |
| 1 实验材料 | 第17-18页 |
| 2 实验方法 | 第18-25页 |
| 2.1 植物培养条件和低氮处理条件 | 第18页 |
| 2.2 植物基因组DNA的提取与纯化 | 第18-19页 |
| 2.3 植物总RNA的提取 | 第19页 |
| 2.4 基因组原位杂交和光合速率测量 | 第19页 |
| 2.5 野生稻O. punctata基因组重测序及Hybrid 1 双亲间部分同源基因的SNPs和InDels的鉴定 | 第19-20页 |
| 2.6 Hybrid 1 及其亲本植株转录组测序分析 | 第20-21页 |
| 2.7 Hybrid 1 F1基因表达水平分析及部分同源基因表达特异性分析 | 第21页 |
| 2.8 顺式作用元件和反式调控因子间分歧检测 | 第21-22页 |
| 2.9 Hybrid 2 关键基因的筛选 | 第22页 |
| 2.10 实时荧光定量PCR与位点特异的cDNA焦磷酸测序分析 | 第22页 |
| 2.11 位点特异性的cDNA焦磷酸测序分析 | 第22-23页 |
| 2.12 光合作用指标评价 | 第23页 |
| 2.13 Hybrid 2 生物量测量和无机离子含量测量 | 第23-24页 |
| 2.14 Hybrid 2 生理学和形态学性状分析 | 第24-25页 |
| 结果与分析 | 第25-54页 |
| 第一部分 利用转录组测序技术揭示稻属Oryza种间三倍体杂交种Hybrid F1代中转录组冲击现象 | 第25-42页 |
| 1 Hybrid 1 F1代与亲本表型差异分析 | 第25-27页 |
| 1.1 Hybrid 1 F1代植株的获得及细胞学鉴定 | 第25-26页 |
| 1.2 Hybrid 1 F1代与其亲本表型观察 | 第26-27页 |
| 2 Hybrid 1 F1代两亲本间基因表达水平差异分析 | 第27-31页 |
| 2.1 Hybrid 1 F1代转录组测序分析 | 第27-28页 |
| 2.2 Hybrid 1 F1代与其亲本基因表达水平的成对比较分析 | 第28-29页 |
| 2.3 Hybrid 1 F1代中非加性表达基因表达模式分析 | 第29-31页 |
| 2.4 Hybrid 1 F1代中非加性基因富集分析 | 第31页 |
| 3 Hybrid 1 F1代中部分同源基因表达水平的偏好性分析 | 第31-40页 |
| 3.1 Hybrid 1 F1代部分同源基因表达水平存在显著差异的基因表达变异 | 第31-33页 |
| 3.2 Hybrid 1 F1代DNA焦磷酸测序分析 | 第33页 |
| 3.3 杂交过程对Hybrid 1 F1代亲本直系同源基因表达水平的影响 | 第33-34页 |
| 3.4 杂交过程对Hybrid 1 F1代亲本直系同源基因表达模式的影响 | 第34-38页 |
| 3.5 Hybrid 1 F1代亲本部分同源基因表达水平贡献性差异分析 | 第38-40页 |
| 4 亲本间顺式作用元件和反式作用因子的遗传变异分析 | 第40-41页 |
| 5 转录组测序结果的验证 | 第41-42页 |
| 第二部分 稻属种间杂交种Hybrid 2 F1代存在氮依赖性的杂交劣势现象，并伴随着转录水平和部分同源基因表达水平的变异 | 第42-54页 |
| 6 Hybrid 2 F1代与其亲本的表型差异分析 | 第42-46页 |
| 6.1 Hybrid 2 F1代植株的构建及细胞学鉴定 | 第42-44页 |
| 6.2 Hybrid 2 F1代与其亲本表型差异分析 | 第44页 |
| 6.3 Hybrid 2 F1代与其亲本光合色素含量差异分析 | 第44-46页 |
| 7 Hybrid 2 F1代部分关键基因的表达水平分析 | 第46-49页 |
| 7.1 Hybrid 2 F1代中21个基因表达水平分析 | 第46页 |
| 7.2 Hybrid 2 F1代中21个基因表达模式变异分析 | 第46-49页 |
| 8 Hybrid 2 F1代cDNA焦磷酸测序分析 | 第49-50页 |
| 9 Hybrid 2 F1代与亲本生理学性状的相似性分析 | 第50-54页 |
| 9.1 Hybrid 2 F1代生理学和形态学特征分析 | 第50-53页 |
| 9.2 Hybrid 2 F1代与其亲本在生理学和形态学特征上相似性分析 | 第53-54页 |
| 讨论 | 第54-58页 |
| 结论 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 附录 | 第68-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 在校期间公开发表论文及著作情况 | 第84页 |
