| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 引言 | 第9-10页 |
| 1 理论方法 | 第10-21页 |
| ·ABEEM 浮动电荷分子力场 | 第10页 |
| ·能量的优化 | 第10-11页 |
| ·分子动力学模拟 | 第11-21页 |
| ·动力学模拟的基本原理 | 第11-13页 |
| ·周期性边界条件 | 第13-16页 |
| ·积分步长的选取 | 第16-17页 |
| ·分子动力学计算流程 | 第17-18页 |
| ·分子动力学的平衡状态和系综的选择 | 第18-21页 |
| 2 用 ABEEM 浮动电荷分子力场对氨基酸四肽结构进行动力学模拟 | 第21-29页 |
| ·肽结构的介绍 | 第21-23页 |
| ·溶剂化自由能 | 第23-29页 |
| ·泊松-玻耳兹曼（Poisson-Boltzmann, PB）方法 | 第24-25页 |
| ·极化的连续介质模型（PCM） | 第25-26页 |
| ·SMx 系列溶剂化模型 | 第26页 |
| ·ABEEM /GB/SA 模型 | 第26-29页 |
| 3 计算结果与讨论 | 第29-48页 |
| ·研究对象的选择 | 第29页 |
| ·动力学过程的模拟细节 | 第29页 |
| ·同种氨基酸四肽的αR、αL、β、βa以及 PPII 构象的探究 | 第29-38页 |
| ·四肽分子的构象能 | 第29-32页 |
| ·Ala 四肽的溶剂化自由能 | 第32-37页 |
| ·小结 | 第37-38页 |
| ·Gly,Leu,Val,Asn 和 Asp 四肽 L构象的动力学模拟 | 第38-45页 |
| ·四肽分子单体的计算 | 第38页 |
| ·结构的稳定性 | 第38-40页 |
| ·溶剂化自由能的计算 | 第40-45页 |
| ·小结 | 第45页 |
| ·应用不同参数对甘氨酸四肽溶剂可及表面积的探究 | 第45-46页 |
| ·本章总结 | 第46-48页 |
| 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文 | 第53-54页 |
| 致谢 | 第54页 |
