| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第1章 引言 | 第9-16页 |
| ·表观遗传学修饰 | 第9-11页 |
| ·表观遗传学的由来 | 第9-10页 |
| ·组蛋白修饰 | 第10页 |
| ·DNA 甲基化 | 第10-11页 |
| ·下一代测序为表观基因组分析带来机遇和挑战 | 第11-13页 |
| ·下一代测序技术用于组蛋白修饰的测定及数据分析 | 第11-12页 |
| ·下一代测序技术用于 DNA 甲基化的测定及数据分析 | 第12页 |
| ·下一代测序技术用于染色质结构的测定及数据分析 | 第12-13页 |
| ·表观遗传修饰的相互关系、功能分析及国内外进展 | 第13-16页 |
| ·表观遗传修饰的相互作用模式的生物学机制 | 第13-14页 |
| ·表观遗传修饰的相互关系及功能分析的研究进展 | 第14-16页 |
| 第2章 材料与方法 | 第16-25页 |
| ·染色质修饰数据和基因组数据 | 第16-17页 |
| ·DNA 甲基化数据 | 第16页 |
| ·组蛋白修饰数据和其它蛋白质定位数据 | 第16-17页 |
| ·基因组特征数据 | 第17页 |
| ·高通量的独立验证数据 | 第17-18页 |
| ·验证广义线性模型的独立数据 | 第17页 |
| ·表达数据和 DNaseI 超敏位点数据 | 第17-18页 |
| ·ChIP-seq 数据处理 | 第18-19页 |
| ·下一代测序得到的表观基因组数据的预处理 | 第18页 |
| ·染色质修饰富集的基因组区域探测 | 第18-19页 |
| ·使用基于生物学机制方法量化组蛋白修饰间相互作用 | 第19-21页 |
| ·基于生物学机制提出的定量化加权度量——临近性测度 | 第19-21页 |
| ·构建临近性测度（CM）谱 | 第21页 |
| ·重构建对甲基化有贡献的染色质临近性测度（SCM）谱 | 第21页 |
| ·SCM 谱的聚类分析 | 第21-22页 |
| ·功能富集分析 | 第22页 |
| ·推断染色质调控关系贝叶斯网络算法 | 第22-23页 |
| ·分化前后的组蛋白修饰模式变化的识别 | 第23-25页 |
| 第3章 结果 | 第25-39页 |
| ·筛选对 DNA 甲基化有影响的染色质修饰 | 第25-26页 |
| ·临近性测度（CM） | 第25页 |
| ·筛选后的临近性测度（SCM）谱 | 第25-26页 |
| ·SCM 谱的模式发现及功能评估 | 第26-29页 |
| ·对 SCM 谱的聚类分析发现新的模式 | 第26-27页 |
| ·对得到的模式进行功能评估 | 第27-29页 |
| ·基于贝叶斯网络识别染色质修饰协同作用 | 第29-33页 |
| ·贝叶斯网络识别基于 SCM 谱的全局的染色质修饰协同作用 | 第29-31页 |
| ·贝叶斯网络识别基于 SCM 谱的一致模式的染色质修饰协同作用及与全局网络的比较 | 第31-33页 |
| ·组蛋白修饰 H3K4me3 和 H3K27me3 的组合模式在分化中的变化模式及功能分析 | 第33-39页 |
| ·H3K4me3 和 H3K27me3 组合模式筛选一致性启动子 | 第33-34页 |
| ·H3K4me3 和 H3K27me3 组合模式在分化中的转移模式 | 第34页 |
| ·H3K4me3 和 H3K27me3 组合模式在分化中的转移模式的功能分析 | 第34-36页 |
| ·基于 H3K4me3 和 H3K27me3 组合模式识别细胞特异基因及验证 | 第36-39页 |
| 第4章 讨论 | 第39-41页 |
| ·组蛋白修饰之间的相互作用 | 第39-40页 |
| ·组蛋白修饰的相互作用与功能有关 | 第39页 |
| ·与 DNA 甲基化有关的染色质修饰 | 第39页 |
| ·组蛋白修饰的相互作用的进一步验证 | 第39-40页 |
| ·组蛋白修饰的相互作用在分化前后的变化与功能相关 | 第40页 |
| ·组蛋白修饰作为基因调控的指示器及潜在的基因分类标准 | 第40-41页 |
| 结论 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-48页 |
| 致谢 | 第48-49页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 | 第49-50页 |
| 攻读硕士学位期间参加课题工作 | 第50-51页 |
| 个人简历 | 第51页 |
