| 目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第12-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-26页 |
| ·微生物基因组学的研究背景 | 第13-14页 |
| ·微生物比较基因组学的研究进展 | 第14-18页 |
| ·基因组学研究方法的发展 | 第14-15页 |
| ·微生物比较基因组学 | 第15-18页 |
| ·基因组学在细菌学中的应用 | 第18-21页 |
| ·细菌病原的分子检测和鉴定 | 第18页 |
| ·细菌的基因分型 | 第18-19页 |
| ·杀菌剂抗性基因的检出 | 第19-20页 |
| ·宿主与病原相互关系的探索 | 第20页 |
| ·单克隆抗体的研制 | 第20页 |
| ·疫苗的设计 | 第20-21页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌(APP)的生物学特性 | 第21-23页 |
| ·APP的分类地位和代谢特性 | 第21页 |
| ·APP毒力因子的研究 | 第21-23页 |
| ·猪瘟病毒(CSFV)的研究进展 | 第23-26页 |
| ·CSFV基因组的非编码区 | 第23-25页 |
| ·CSFV基因组的编码区 | 第25页 |
| ·CSFV的分子流行病学及遗传多样性 | 第25-26页 |
| 第2章 胸膜肺炎放线杆菌JL03株全基因组测序与注释及比较基因组学分析 | 第26-63页 |
| ·研究目的和意义 | 第26-27页 |
| ·材料与方法 | 第27-35页 |
| ·菌株 | 第27页 |
| ·质粒载体 | 第27-28页 |
| ·培养基 | 第28页 |
| ·主要生化试剂和溶液的配制 | 第28页 |
| ·细菌基因组的提取 | 第28页 |
| ·基因组DNA随机文库的构建 | 第28-30页 |
| ·基因组文库的大规模测序 | 第30页 |
| ·基因组数据的处理和拼接 | 第30-31页 |
| ·基因组的注释 | 第31-35页 |
| ·比较基因组学分析 | 第35页 |
| ·结果与分析 | 第35-59页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌JL03株的基因组测序 | 第35-36页 |
| ·胸膜肺炎放线杆菌JL03基因组的注释与比较分析 | 第36-45页 |
| ·APP基因组的进化分析 | 第45-46页 |
| ·基因组序列结构的比较 | 第46-49页 |
| ·基因组的代谢和调控分析 | 第49-54页 |
| ·毒力因子的分析 | 第54-59页 |
| ·讨论 | 第59-63页 |
| ·基因组测序的策略问题 | 第59-60页 |
| ·APP的铁吸收系统 | 第60-63页 |
| 第3章 猪瘟病毒强毒株SWH/CA/2004株全基因组测序和分析 | 第63-76页 |
| ·研究目的和意义 | 第63页 |
| ·材料与方法 | 第63-66页 |
| ·病毒、细胞、质粒及细菌 | 第63页 |
| ·生化试剂及试剂盒 | 第63-64页 |
| ·培养基与抗生素 | 第64页 |
| ·引物设计与合成 | 第64页 |
| ·CSFV RNA的提取 | 第64-65页 |
| ·RT-PCR扩增与检测 | 第65-66页 |
| ·CSFV强毒株全基因序列测定与分析 | 第66页 |
| ·结果与分析 | 第66-74页 |
| ·CSFV SWH/CA/2004株全基因组的克隆及测序 | 第66页 |
| ·SWH/CA/2004株基因组的基本结构 | 第66-67页 |
| ·CSFV株的分子进化关系分析 | 第67-69页 |
| ·CSFV基因组各基因的相似性分析 | 第69页 |
| ·CSFV基因型的划分 | 第69-71页 |
| ·CSFV 5'-NTR,E~(rn5),E2和3'-NTR的突变 | 第71-74页 |
| ·SWH/CA/2004聚蛋白二级结构的预测 | 第74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| 第4章 siRNA对黄病毒科RNA聚合酶表达抑制的研究 | 第76-89页 |
| ·研究目的和意义 | 第76-77页 |
| ·材料与方法 | 第77-84页 |
| ·细胞、菌株和质粒 | 第77页 |
| ·酶与试剂 | 第77页 |
| ·抽提质粒相关溶液 | 第77页 |
| ·SDS-PAGE和Western blot相关溶液 | 第77-78页 |
| ·引物设计与合成 | 第78页 |
| ·siRNA的设计与合成 | 第78-79页 |
| ·感受态细胞的制备、质粒的转化、质粒制备与纯化 | 第79-82页 |
| ·siRNA表达载体的构建 | 第82页 |
| ·RNA聚合酶基因与报告基因(EGFP)融合表达载体的构建 | 第82页 |
| ·siRNA表达载体与各融合报告质粒共转染 | 第82-83页 |
| ·转染后的荧光检测 | 第83页 |
| ·流式细胞检测 | 第83页 |
| ·Western blot检测 | 第83页 |
| ·实时定量RT-PCR检测 | 第83-84页 |
| ·结果 | 第84-87页 |
| ·siRNA表达载体的构建 | 第84页 |
| ·RdRp基因与报告基因(EGFP)的融合表达 | 第84页 |
| ·siRNA表达载体与目的基因重组质粒共转染后的荧光检测 | 第84-85页 |
| ·流式细胞检测 | 第85-86页 |
| ·Western blot检测 | 第86页 |
| ·siRNA在mRNA水平抑制的检测 | 第86-87页 |
| ·讨论 | 第87-89页 |
| 第5章 结论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 附表1.JL03菌株基因组的预测基因功能分类列表 | 第102-149页 |
| 附表2.个人简介 | 第149-150页 |
