| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-16页 |
| ·研究背景 | 第11-13页 |
| ·RNA二级结构预测的研究现状 | 第13-14页 |
| ·论文的主要研究内容 | 第14-15页 |
| ·论文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 RNA二级结构的预测算法 | 第16-32页 |
| ·RNA二级结构的基本概念及定义 | 第16-21页 |
| ·不含伪结的RNA二级结构 | 第16-20页 |
| ·RNA伪结结构 | 第20-21页 |
| ·不含伪结RNA二级结构的预测算法 | 第21-27页 |
| ·热力学最小自由能方法 | 第21-25页 |
| ·比较序列分析方法 | 第25-27页 |
| ·含伪结RNA二级结构的预测算法 | 第27-30页 |
| ·动态规划算法 | 第27-28页 |
| ·启发式算法 | 第28-30页 |
| ·小结 | 第30-32页 |
| 第三章 基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结RNA二级结构的迭代算法 | 第32-45页 |
| ·堆积协变信息计算模型 | 第32-34页 |
| ·基于堆积协变信息和最小自由能的动态规划算法 | 第34-35页 |
| ·堆积协变信息和最小自由能的组合模型 | 第34页 |
| ·动态规划算法 | 第34-35页 |
| ·CSfold算法流程 | 第35-37页 |
| ·数值实验 | 第37-44页 |
| ·测试数据 | 第37页 |
| ·预测结构与真实结构的对比分析 | 第37-41页 |
| ·与参考算法的预测精度对比分析 | 第41-43页 |
| ·算法复杂度分析 | 第43页 |
| ·权重因子对预测性能的影响 | 第43-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第四章 同源RNA次优公共结构的种子集合扩展预测算法 | 第45-59页 |
| ·基本假设和概念 | 第45-47页 |
| ·初始种子的生成 | 第47-51页 |
| ·打分函数 | 第47-48页 |
| ·Smith-Waterman算法 | 第48-50页 |
| ·初始种子的选取标准 | 第50-51页 |
| ·由种子集合扩展成RNA二级结构 | 第51-52页 |
| ·算法流程 | 第52-54页 |
| ·数值实验 | 第54-58页 |
| ·多个次优结构和真实结构的对比分析 | 第54-56页 |
| ·与参考算法的预测精度比对分析 | 第56-57页 |
| ·算法复杂度分析 | 第57-58页 |
| ·小结 | 第58-59页 |
| 第五章 总结与展望 | 第59-62页 |
| ·总结 | 第59-60页 |
| ·存在的问题和今后的工作 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-68页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第68页 |