| 缩略语表 | 第1-11页 |
| 摘要 | 第11-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 1.文献综述 | 第14-38页 |
| ·生物信息学简介 | 第14-21页 |
| ·生物信息学的定义 | 第15-17页 |
| ·生物信息学的发展简史 | 第17-19页 |
| ·生物信息学的应用及展望 | 第19-21页 |
| ·蛋白质翻译后修饰 | 第21-33页 |
| ·蛋白质磷酸化 | 第22-25页 |
| ·蛋白质SUMO化修饰 | 第25-29页 |
| ·蛋白质甲基化 | 第29-31页 |
| ·蛋白质棕榈酰化 | 第31-33页 |
| ·蛋白质家族:驱动蛋白 | 第33-35页 |
| ·蛋白质复合物:动点复合物、中心体及中体 | 第35-38页 |
| 2.蛋白质翻译后修饰的生物信息学 | 第38-90页 |
| ·蛋白质磷酸化 | 第38-58页 |
| ·摘要 | 第38-39页 |
| ·实验材料和方法 | 第39-46页 |
| ·数据收集和整理 | 第39-40页 |
| ·基于分组打分策略的磷酸化预测(GPS)算法 | 第40-43页 |
| ·贝叶斯判别理论的算法(BDT) | 第43-46页 |
| ·结果和讨论 | 第46-58页 |
| ·预测性能的评估参数 | 第46-47页 |
| ·GPS算法:预测性能的评估与比较 | 第47-49页 |
| ·对于激酶Aurora-B的预测性能 | 第49-50页 |
| ·PPSP的预测性能 | 第50-54页 |
| ·PPSP、ScanSite、NetPhos、KinasePhos以及GPS的性能比较 | 第54-57页 |
| ·PPSP对新激酶的磷酸化位点的预测 | 第57-58页 |
| ·SUMO化 | 第58-70页 |
| ·摘要 | 第58-59页 |
| ·实验材料和方法 | 第59-61页 |
| ·已知SUMO化位点的收集和整理 | 第59页 |
| ·SUMO化位点预测的算法设计 | 第59-60页 |
| ·鉴定人与小鼠中的SUMO化底物及保守的位点 | 第60页 |
| ·SUMO化底物的统计性显著的分析 | 第60-61页 |
| ·结果 | 第61-69页 |
| ·SUMOsp的预测性能 | 第61-64页 |
| ·SUMOsp在线服务器的构建 | 第64页 |
| ·SSP 1.0的准确性 | 第64-65页 |
| ·SUMO化底物的功能分布 | 第65-68页 |
| ·SUMO化底物中显著出现的蛋白质结构域 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-70页 |
| ·蛋白质甲基化 | 第70-84页 |
| ·摘要 | 第70页 |
| ·实验材料和方法 | 第70-75页 |
| ·数据收集和整理 | 第70-72页 |
| ·序列编码(Sequence coding) | 第72页 |
| ·算法设计与在线服务器的构建 | 第72-74页 |
| ·性能评测:7-fold交叉验证 | 第74-75页 |
| ·结果分析 | 第75-83页 |
| ·预测性能评测及比较 | 第75-76页 |
| ·序列标识(Sequence logo) | 第76-79页 |
| ·甲基化修饰的蛋白质的功能分析 | 第79-81页 |
| ·MeMo的应用 | 第81-83页 |
| ·讨论 | 第83-84页 |
| ·棕榈酰化 | 第84-90页 |
| ·摘要 | 第84页 |
| ·实验材料和方法 | 第84-87页 |
| ·数据收集和整理 | 第84-85页 |
| ·打分策略 | 第85-86页 |
| ·聚类策略 | 第86-87页 |
| ·算法设计和实现 | 第87页 |
| ·结果与讨论 | 第87-90页 |
| ·CSS-Palm的预测性能 | 第87-88页 |
| ·CSS-Palm的应用 | 第88-90页 |
| 3.驱动蛋白超家族的生物信息学分析 | 第90-107页 |
| ·摘要 | 第90页 |
| ·材料和方法 | 第90-93页 |
| ·冗余序列的去除 | 第90-91页 |
| ·使用FKPP进行全长驱动蛋白的预测 | 第91-92页 |
| ·FKPP准确性的实验验证 | 第92-93页 |
| ·结果 | 第93-105页 |
| ·FKPP预测全长驱动蛋白 | 第93-98页 |
| ·哺乳动物及其他真核基因组中驱动蛋白的系统发育分析 | 第98-103页 |
| ·FKPP的实验验证 | 第103-105页 |
| ·讨论 | 第105-107页 |
| 4.动点复合物、中心体及中体 | 第107-111页 |
| ·摘要 | 第107页 |
| ·数据库的构建与内容 | 第107-109页 |
| ·使用方法与讨论 | 第109-110页 |
| ·结论 | 第110-111页 |
| 5.展望 | 第111-114页 |
| 6.参考文献 | 第114-133页 |
| 附录Ⅰ:蛋白质翻译后修饰的生物信息学工具 | 第133-135页 |
| 附录Ⅱ:攻读博士期间所发表论文 | 第135-136页 |
| 附录Ⅲ:攻读博士期间所参加的学术会议 | 第136-137页 |
| 致谢 | 第137-138页 |