东亚鲤科鱼类的分子系统发育研究
| 中文摘要 | 第1-5页 |
| 英文摘要 | 第5-8页 |
| 目录 | 第8-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-49页 |
| 一 鲤科研究综述 | 第13-26页 |
| 1 鲤科鱼类 | 第13-15页 |
| ·形态学特征 | 第13-14页 |
| ·分类学位置 | 第14-15页 |
| ·多样性 | 第15页 |
| 2 鲤科鱼类的系统发育 | 第15-21页 |
| 3 鲤科鱼类的化石记录 | 第21-24页 |
| 4 现生鲤科鱼类的地理分布 | 第24-26页 |
| 二 鲤科鱼类与东亚淡水鱼类区系 | 第26-31页 |
| 1 东亚淡水鱼类区系的特点 | 第26-27页 |
| 2 淡水鱼类的分布区划 | 第27-28页 |
| 3 分布格局的演化 | 第28-30页 |
| ·东亚淡水鱼类的演化 | 第28-30页 |
| ·现代东亚鲤科鱼类分布格局的形成 | 第30页 |
| 4 鲤科鱼类在东亚淡水鱼类区系中的意义 | 第30-31页 |
| 三 分子进化与分子系统学 | 第31-47页 |
| 1 分子进化模型与序列分歧度计算 | 第31-36页 |
| ·核苷酸序列进化模型 | 第32-35页 |
| ·Jukes-Cantor 单参数模型 | 第32-33页 |
| ·Kimura 二参数模型 | 第33-35页 |
| ·蛋白质编码序列进化 | 第35-36页 |
| ·核苷酸序列分歧度 | 第36页 |
| 2 分子系统学 | 第36-38页 |
| ·基本原理 | 第36页 |
| ·系统树 | 第36-38页 |
| 3 分子系统树的构建 | 第38-43页 |
| ·距离矩阵法 | 第39页 |
| ·算术平均的不加权对群法 | 第39页 |
| ·邻接法 | 第39页 |
| ·最大简约法 | 第39-41页 |
| ·最大似然法 | 第41-42页 |
| ·不同系统树构建方法的比较 | 第42-43页 |
| 4 系统树的检验 | 第43-47页 |
| ·一致性指数与一致树 | 第43-45页 |
| ·统计检验 | 第45-46页 |
| ·相对速率检验 | 第46-47页 |
| 四 本论文研究目的 | 第47-49页 |
| 第二章 东亚鲤科鱼类的系统发育研究 | 第49-100页 |
| 一 引言 | 第49-54页 |
| 1 东亚鲤科鱼类 | 第49-50页 |
| ·物种多样性 | 第49页 |
| ·区系组成 | 第49-50页 |
| 2 东亚鲤科鱼类的化石记录 | 第50-52页 |
| 3 东亚特有鲤科类群的定义及范围 | 第52页 |
| 4 东亚鲤科鱼类系统发育研究现状及进展 | 第52-54页 |
| 二 材料与方法 | 第54-60页 |
| 1 分析用分类单元的选择和标本的采集 | 第54-55页 |
| 2 外类群的选择 | 第55页 |
| 3 分子数据的采集 | 第55-58页 |
| ·分子标记的选择 | 第55-57页 |
| ·基因组DNA 提取、PCR 扩增和测序 | 第57-58页 |
| 4 数据分析 | 第58-59页 |
| ·序列的比对排列 | 第58页 |
| ·序列的初步分析 | 第58-59页 |
| 5 系统发育分析 | 第59-60页 |
| ·最大简约性分析 | 第59页 |
| ·最大似然性分析 | 第59-60页 |
| 三 结果 | 第60-65页 |
| 1 初步序列分析 | 第60-61页 |
| 2 系统发育分析 | 第61-65页 |
| ·最大简约性分析 | 第61-63页 |
| ·线粒体165 rRNA 基因 | 第61-62页 |
| ·rpS7 基因 | 第62-63页 |
| ·RAG2 基因 | 第63页 |
| ·最大似然性分析 | 第63-65页 |
| ·线粒体165 rRNA 基因 | 第64页 |
| ·rpS7 基因 | 第64-65页 |
| ·RAG2 基因 | 第65页 |
| 四 讨论 | 第65-100页 |
| 1 基因的序列变异及其系统发育意义 | 第65-67页 |
| ·线粒体16S rRNA 基因 | 第66页 |
| ·rpS7 基因 | 第66-67页 |
| ·RAG2 基因 | 第67页 |
| 2 东亚特有鲤科类群的系统发育 | 第67-69页 |
| ·东亚特有鲤科类群是单系类群 | 第68页 |
| ·DNA 序列变异和遗传分歧 | 第68-69页 |
| ·东亚特有鲤科类群间的系统发育关系 | 第69页 |
| 3 东亚特有鲤科类群分布格局的演化 | 第69-72页 |
| ·东亚特有鲤科类群的分支发生事件 | 第69-70页 |
| ·分支发生事件与东亚季风性气候的进化 | 第70-71页 |
| ·东亚特有鲤科类群分布格局的形成与演化 | 第71-72页 |
| ·东亚特有鲤科类群分布格局的形成 | 第71-72页 |
| ·东亚特有鲤科类群在日本和中国分布格局的差异 | 第72页 |
| 4 鲤科鱼类的系统发育 | 第72-75页 |
| ·系统发育 | 第73-74页 |
| ·丁鱥在鲤科中的系统位置 | 第74-75页 |
| 5 分子系统发育研究与形态学研究比较 | 第75-100页 |
| 第三章 鲤科鱼类的系统学 | 第100-105页 |
| 一 鲤科系统学 | 第100-102页 |
| 1 鲤科鱼类的系统发育关系 | 第100-101页 |
| 2 鲤科亚科的划分 | 第101-102页 |
| 二 鲤科鱼类进化的推测 | 第102-105页 |
| 1 地层中的化石鲤科鱼类 | 第102-104页 |
| 2 鲤科鱼类进化的推测 | 第104-105页 |
| 第四章 结论 | 第105-109页 |
| 一 鲤科鱼类的系统发育关系 | 第105页 |
| 二 鲤科鱼类的亚科划分 | 第105-106页 |
| 三 有关鲤科鱼类进化的推测 | 第106-107页 |
| 四 东亚鲤科鱼类分布格局的形成 | 第107页 |
| 五 东亚特有鲤科类群分布格局的演化 | 第107-109页 |
| 1 东亚特有鲤科类群的分支发生事件 | 第107-108页 |
| 2 东亚特有鲤科类群分布格局的形成 | 第108页 |
| 3 东亚特有鲤科类群在日本和中国分布格局的差异 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-129页 |
| 发表论文目录 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
