| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-25页 |
| ·生物信息学概述 | 第12-17页 |
| ·生物信息学的定义 | 第12页 |
| ·生物信息学的意义 | 第12-13页 |
| ·生物信息学的研究内容 | 第13页 |
| ·主要的蛋白质数据库 | 第13-17页 |
| ·蛋白质结构预测的概述 | 第17-18页 |
| ·蛋白质中的脯氨酸研究概述 | 第18-20页 |
| ·分子模拟概述 | 第20-22页 |
| ·统计学习理论与支持向量机算法 | 第22页 |
| ·立题背景与主要研究内容 | 第22-23页 |
| 参考文献 | 第23-25页 |
| 第二章 脯氨酸肽键数据集的构建与基本特征分析 | 第25-39页 |
| ·脯氨酸肽键数据集的构建 | 第25-28页 |
| ·脯氨酸肽键数据集的特征 | 第28-32页 |
| ·脯氨酸肽键N 端残基的分布 | 第28-31页 |
| ·脯氨酸残基在二级结构中的分布 | 第31页 |
| ·顺式肽键在脯氨酸肽键中的比例 | 第31-32页 |
| ·结论 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-34页 |
| 附录 | 第34-39页 |
| 第三章 基于神经网络的由局部氨基酸序列预测脯氨酸肽键构象的方法的研究 | 第39-48页 |
| ·材料与方法 | 第39-41页 |
| ·实验数据 | 第39页 |
| ·神经网络的构造 | 第39-41页 |
| ·神经网络原理 | 第39-40页 |
| ·网络训练与测试 | 第40-41页 |
| ·线性拟合 | 第41页 |
| ·测试结果 | 第41-45页 |
| ·基于局部序列的神经网络测试结果 | 第41-43页 |
| ·基于氨基酸组分的神经网络测试结果 | 第43-44页 |
| ·线性拟合的测试结果 | 第44-45页 |
| ·分析与讨论 | 第45-47页 |
| 参考文献 | 第47-48页 |
| 第四章 基于支持向量机的由局部氨基酸序列预测脯氨酸肽键构象的方法的研究 | 第48-55页 |
| ·支持向量机简介 | 第48页 |
| ·材料与方法 | 第48-49页 |
| ·结果 | 第49-52页 |
| ·讨论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-55页 |
| 第五章 大肠杆菌基因组中脯氨酸同义密码子的研究 | 第55-64页 |
| ·材料与方法 | 第55-57页 |
| ·材料 | 第55页 |
| ·方法 | 第55-57页 |
| ·脯氨酸同义密码子用语与其局部氨基酸残基的关联 | 第55-56页 |
| ·脯氨酸密码子第三个碱基与 C 端最近邻氨基酸密码子第一个碱基之间的上下文关联 | 第56页 |
| ·同义密码子用语与脯氨酸肽键构象之间的关联 | 第56-57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-59页 |
| ·脯氨酸同义密码子用语与其局部氨基酸残基的关联情况 | 第57-58页 |
| ·同义密码子用语与脯氨酸肽键构象之间的关联 | 第58-59页 |
| ·结论 | 第59页 |
| 参考文献 | 第59-61页 |
| 附录 | 第61-64页 |
| 第六章 基于支持向量机的由局部氨基酸序列预测多聚脯氨酸-II型的方法的研究 | 第64-75页 |
| ·材料与方法 | 第64-67页 |
| ·PDB 结构文件 | 第64页 |
| ·多聚脯氨酸II 型结构的定位 | 第64-65页 |
| ·训练集与测试集 | 第65-66页 |
| ·支持向量机的构建 | 第66页 |
| ·预测结果的评测方法 | 第66页 |
| ·Z分值计算 | 第66-67页 |
| ·结果 | 第67-69页 |
| ·支持向量机的预测结果 | 第67-68页 |
| ·Z 分值 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-73页 |
| 附录 | 第73-75页 |
| 第七章 基于隐马尔可夫模型的多聚脯氨酸-II型预测方法的研究 | 第75-86页 |
| ·隐马尔可夫模型简介 | 第75-76页 |
| ·材料与方法 | 第76-77页 |
| ·PDB 结构文件 | 第76页 |
| ·多聚脯氨酸II 型结构的定位 | 第76页 |
| ·多聚脯氨酸II 型结构序列的联配 | 第76页 |
| ·隐马尔可夫模型的建立 | 第76-77页 |
| ·隐马尔可夫模型的测试方法 | 第77页 |
| ·结果与讨论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-79页 |
| 附录 | 第79-86页 |
| 第八章 缓激肽增强肽的分子动力学研究 | 第86-100页 |
| ·缓激肽增强肽简介 | 第86-87页 |
| ·方法 | 第87-89页 |
| ·计算环境 | 第87页 |
| ·材料 | 第87-88页 |
| ·模拟退火的方法 | 第88-89页 |
| ·结果与分析 | 第89-98页 |
| ·Trp~2-Pro~3 与Arg~4-Pro~5 肽键的构象分布 | 第89-90页 |
| ·Ramachandran 分布图 | 第90-94页 |
| ·主链上的原子距离 | 第94-95页 |
| ·能量的分布 | 第95-98页 |
| 参考文献 | 第98-100页 |
| 主要结论 | 第100-103页 |
| 发表的论文 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
