| 中文摘要 | 第1-7页 |
| 英文摘要 | 第7-9页 |
| 第一章 引言 | 第9-18页 |
| §1 处于前沿的生物信息学 | 第9-14页 |
| 一、 生物信息学的形成与发展 | 第9-11页 |
| 二、 生物信息学研究的主要内容 | 第11-13页 |
| 三、 生物信息学在生物（医药）科研方面的应用 | 第13-14页 |
| §2 分子进化的研究 | 第14-16页 |
| 一、 在基因组水平研究生物进化 | 第14-15页 |
| 二、 分子与基因进化的研究 | 第15-16页 |
| §3 本研究的目的、意义与方法 | 第16-18页 |
| 一、 主要的目的和意义 | 第16-17页 |
| 二、 研究方法 | 第17-18页 |
| 第二章 核苷酸替代的时齐性马尔柯夫链模型 | 第18-22页 |
| 第三章 简单统计量的提出与原理 | 第22-29页 |
| §1 方法的提出 | 第22-23页 |
| §2 原理 | 第23-29页 |
| 第四章 基于蒙特卡罗方法的同质性假设检测 | 第29-36页 |
| §1 Chi-square检测犯Ⅰ-型错误的概率 | 第29-30页 |
| §2 在简单和复杂的进化替代模型下，卡方检测和Ⅰ_D检测在探测模型差异上的能力 | 第30-36页 |
| 一、 JC69模型下的Chi-square检测和Ⅰ_D检测的效率 | 第30-32页 |
| 二、 HKY85模型下的Chi-square检测和Ⅰ_D检测的效率 | 第32-34页 |
| 三、 K80与HKY85模型下的Chi-square检测和Ⅰ_D检测的效率 | 第34-36页 |
| 第五章 在真实数据中检测分子进化的同质性 | 第36-43页 |
| §1 材料的选择 | 第36页 |
| §2 十一种节肢动物线粒体基因进化模型的同质性检测 | 第36-43页 |
| 一、 分子进化树的构建 | 第37-38页 |
| 二、 基因进化模型的同质性检测 | 第38-43页 |
| 第六章 算法程序 | 第43-49页 |
| §1 几个随机数的产生 | 第43-47页 |
| 一、 一致偏离随机数 | 第43-45页 |
| 二、 正态偏离随机数 | 第45-46页 |
| 三、 Gamma偏离随机数 | 第46-47页 |
| §2 模型同质性检验的程序设计与结构 | 第47-49页 |
| 一、 模拟序列数据的模型同质性检测程序设计与结构 | 第47-48页 |
| 二、 真实序列数据的模型同质性检测程序设计与结构 | 第48-49页 |
| 第七章 结论 | 第49-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 附录 | 第56-59页 |
| 发表的文章与研究课题 | 第59-60页 |
| 鸣谢 | 第60页 |
