| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-28页 |
| ·研究背景 | 第10-12页 |
| ·序列比对问题的相关概念 | 第12-23页 |
| ·序列比对问题的生物学背景 | 第12-13页 |
| ·序列比对的基本概念 | 第13-14页 |
| ·动态规划算法 | 第14-15页 |
| ·全局比对和局部比对 | 第15-18页 |
| ·空位罚分和替换矩阵 | 第18-20页 |
| ·启发式算法 | 第20-23页 |
| ·序列比对研究与发展 | 第23-26页 |
| ·国外研究现状 | 第23-26页 |
| ·国内研究现状 | 第26页 |
| ·论文的主要研究内容和贡献 | 第26页 |
| ·论文的组织 | 第26-28页 |
| 第二章 并行计算基础 | 第28-37页 |
| ·并行算法的概念和复杂性度量 | 第28-30页 |
| ·并行算法概念和分类 | 第28-29页 |
| ·并行算法的性能评价标准 | 第29-30页 |
| ·并行计算模型 | 第30-33页 |
| ·PRAM模型 | 第30-31页 |
| ·分布存储SIMD模型 | 第31页 |
| ·异步APRAM模型 | 第31-32页 |
| ·BSP模型 | 第32页 |
| ·LogP模型 | 第32-33页 |
| ·可重构MESH互联的光计算模型 | 第33页 |
| ·Cell Matrix模型 | 第33页 |
| ·机群系统概述 | 第33-37页 |
| ·机群系统特点 | 第33-34页 |
| ·机群系统分类 | 第34-35页 |
| ·机群技术发展现状 | 第35-36页 |
| ·机群系统的组建 | 第36-37页 |
| 第三章 双序列全局比对并行算法在异构机群上的设计与实现 | 第37-48页 |
| ·引言 | 第37-38页 |
| ·双序列全局比对串行算法 | 第38-39页 |
| ·可分负载理论与异构机群系统上双序列全局比对并行算法 | 第39-44页 |
| ·双序列全局比对并行处理的最优分配策略 | 第39-41页 |
| ·分配给从处理机的子序列长度和并行迭代次数的确定 | 第41-44页 |
| ·实验结果和分析 | 第44-47页 |
| ·本章小结 | 第47-48页 |
| 第四章 异构机群系统上多序列局部比对并行算法 | 第48-57页 |
| ·引言 | 第48-49页 |
| ·多序列局部比对算法的分析 | 第49-50页 |
| ·异构机群系统上BLAST算法的并行处理 | 第50-53页 |
| ·BLAST并行算法的设计与分析 | 第50-52页 |
| ·BLAST并行算法的序列串最优分配策略 | 第52-53页 |
| ·实验结果和分析 | 第53-56页 |
| ·本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 总结 | 第57-59页 |
| ·本文的主要工作和贡献 | 第57页 |
| ·下一步的工作 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 攻读硕士学位期间参加的科研项目 | 第64页 |
| 攻读硕士学位期间发表/录用的学术论文 | 第64页 |