| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 文献综述 | 第11-21页 |
| 第一章 群体遗传学常用分子标记 | 第11-15页 |
| ·群体遗传学及遗传多样性 | 第11页 |
| ·群体遗传学中常用的分子标记技术 | 第11-15页 |
| ·同工酶 | 第12页 |
| ·RFLP | 第12页 |
| ·RAPD | 第12-13页 |
| ·SSR | 第13页 |
| ·AFLP | 第13页 |
| ·rRNA | 第13-14页 |
| ·mtDNA | 第14-15页 |
| 第二章 线粒体基因组概述 | 第15-21页 |
| ·线粒体的生物学特性 | 第15页 |
| ·线粒体基因组 DNA 特征及科学利用价值 | 第15-17页 |
| ·线粒体基因组 DNA 特征 | 第15-16页 |
| ·线粒体基因组在动物进化学研究中的应用 | 第16-17页 |
| ·系统进化研究 | 第16页 |
| ·母系演化研究 | 第16页 |
| ·检测杂交渐渗现象 | 第16-17页 |
| ·追踪特异物种的生活史 | 第17页 |
| ·脊椎动物线粒体基因组组成和特点 | 第17-18页 |
| ·脊椎动物线粒体基因组 | 第17页 |
| ·哺乳动物线粒体基因组特点及在进化生物学中的应用 | 第17-18页 |
| ·线粒体 COI 基因和核糖体 ITS-1 序列在海洋动物群体遗传研究中的应用 | 第18-21页 |
| ·线粒体 COI 基因在海洋动物群体遗传学研究中的应用 | 第18-19页 |
| ·核糖体 ITS-1 序列在海洋无脊椎动物群体遗传学研究中的应用 | 第19-21页 |
| 论文正文 | 第21-54页 |
| 第三章 黑帽悬猴（Cebus apella）线粒体基因组全序列分析 | 第21-36页 |
| 第一节 引言 | 第21-22页 |
| 第二节 材料和方法 | 第22-26页 |
| ·样品来源 | 第22页 |
| ·基因组总 DNA 的提取 | 第22-23页 |
| ·引物设计和 PCR 扩增 | 第23-24页 |
| ·PCR 产物测序、序列拼接及分析 | 第24-26页 |
| ·系统进化树的构建 | 第26页 |
| 第三节 结果 | 第26-30页 |
| ·黑帽悬猴线粒体基因组概述 | 第26页 |
| ·蛋白编码基因及密码子使用 | 第26-27页 |
| ·碱基组成 | 第27-29页 |
| ·tRNA 基因 | 第29页 |
| ·非编码区 | 第29-30页 |
| ·线粒体 DNA 突变 | 第30页 |
| ·阔鼻下目系统发育关系 | 第30页 |
| 第四节 讨论 | 第30-34页 |
| ·黑帽悬猴基因组结构 | 第30-33页 |
| ·tRNA 二级结构 | 第33页 |
| ·非编码区 | 第33页 |
| ·线粒体 DNA 突变 | 第33-34页 |
| ·阔鼻下目物种系统发育关系 | 第34页 |
| 第五节 结论 | 第34-36页 |
| 第四章 菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）群体遗传学研究 | 第36-54页 |
| 第一节 引言 | 第36-37页 |
| 第二节 材料和方法 | 第37-40页 |
| ·样品来源 | 第37-38页 |
| ·基因组总 DNA 的提取 | 第38页 |
| ·PCR 扩增及测序 | 第38-39页 |
| ·数据分析 | 第39-40页 |
| 第三节 结果 | 第40-51页 |
| ·基因片段序列特征 | 第40页 |
| ·COI 基因片段序列特征 | 第40页 |
| ·ITS-1 序列片段特征 | 第40页 |
| ·遗传多样性 | 第40-48页 |
| ·COI 基因片段的遗传多样性 | 第40-44页 |
| ·ITS-1 序列的遗传多样性 | 第44-48页 |
| ·地理种群的遗传分化 | 第48-51页 |
| ·COI 基因的地理种群遗传分化 | 第48页 |
| ·ITS-1 序列的地理种群遗传分化 | 第48-51页 |
| 第四节 讨论 | 第51-53页 |
| ·遗传多样性 | 第51-52页 |
| ·遗传分化 | 第52页 |
| ·资源保护 | 第52-53页 |
| 第五节 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 附录一 | 第65页 |
| 附录二 | 第65-66页 |
| 附件 | 第66-74页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第74页 |
