| 论文提要 | 第1-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-19页 |
| ·蛋白质的组成和构像 | 第9-12页 |
| ·酶的结构与功能 | 第12-14页 |
| ·蛋白质结构测定 | 第14-15页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第15-17页 |
| ·论文内容 | 第17-19页 |
| 第二章 理论计算方法简介 | 第19-54页 |
| ·同源模建 | 第19-30页 |
| ·模板选择 | 第20页 |
| ·序列比对 | 第20-24页 |
| ·构建主链结构 | 第24页 |
| ·构建环区结构 | 第24-27页 |
| ·侧链的建模及优化 | 第27-28页 |
| ·整体结构模型的优化和评估 | 第28-30页 |
| ·分子力学及分子动力学模拟 | 第30-49页 |
| ·分子力场 | 第31-35页 |
| ·Born-Oppenheimer 近似 | 第31-32页 |
| ·力场的组成和定义 | 第32-33页 |
| ·能量表示 | 第33-34页 |
| ·力场参数化 | 第34-35页 |
| ·分子力学 | 第35-39页 |
| ·优化的概念 | 第36-37页 |
| ·优化算法 | 第37-38页 |
| ·优化中注意事项 | 第38-39页 |
| ·分子动力学 | 第39-49页 |
| ·基本步骤 | 第40-41页 |
| ·积分算法 | 第41-44页 |
| ·微正则系综的分子动力学 | 第44-46页 |
| ·正则系综的分子动力学 | 第46-47页 |
| ·等温等压系综的分子动力学 | 第47-49页 |
| ·分子对接 | 第49-54页 |
| ·基本原理 | 第50页 |
| ·分子对接中的重要问题 | 第50-51页 |
| ·对接种类 | 第51-54页 |
| 第三章 几类重要蛋白质的结构及催化特性的理论研究 | 第54-99页 |
| ·Pir76蛋白的结构预测及催化底物基团专一性的研究 | 第54-67页 |
| ·引言 | 第54-55页 |
| ·理论方法和步骤 | 第55-57页 |
| ·模板的选择 | 第55页 |
| ·酯酶Pir76三维结构的同源模建 | 第55-56页 |
| ·酯酶Pir76与底物分子的对接研究 | 第56-57页 |
| ·分子动力学模拟研究酶-底物复合物稳定性 | 第57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-65页 |
| ·蛋白Pir76三维结构模建 | 第57-58页 |
| ·蛋白Pir76最终结构评估 | 第58-59页 |
| ·蛋白Pir76与底物的对接研究 | 第59-65页 |
| ·小结 | 第65-67页 |
| ·环氧化物水解酶sqEH的结构预测和底物专一性研究 | 第67-82页 |
| ·引言 | 第67-68页 |
| ·理论方法和步骤 | 第68-69页 |
| ·模建蛋白sqEH的三维结构 | 第68-69页 |
| ·结合位点分析 | 第69页 |
| ·柔性对接 | 第69页 |
| ·结果与讨论 | 第69-81页 |
| ·预测sqEH的三维结构 | 第69-71页 |
| ·确定sqEH的底物结合口袋 | 第71-73页 |
| ·抑制剂对接研究 | 第73-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| ·引入催化三联体的抗体酶Se-scFv2F3 催化结构域的理论设计及活性研究 | 第82-99页 |
| ·引言 | 第82-83页 |
| ·理论方法和步骤 | 第83-87页 |
| ·抗体酶Se-scFv2F3 催化结构域的同源模建 | 第83-84页 |
| ·鉴定并重新设计底物结合位点 | 第84-85页 |
| ·催化残基解离度变化的计算 | 第85-87页 |
| ·结果与讨论 | 第87-97页 |
| ·同源模建抗体scFv-2F3 的三维结构 | 第87-90页 |
| ·scFv-2F3 模型结构评估 | 第90页 |
| ·催化残基分析 | 第90-91页 |
| ·重新模拟设计催化活性中心结构 | 第91-93页 |
| ·Cys-scFv-2F3-EW与天然GPX的催化活性中心结构比较 | 第93-95页 |
| ·分析Cys-scFv-2F3和其突变体中Cys52的反应性 | 第95-97页 |
| ·小结 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-132页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第132-133页 |
| 中文摘要 | 第133-135页 |
| ABSTRACT | 第135-137页 |
| 致谢 | 第137页 |
