| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 1 引言 | 第14-31页 |
| 1.1 甘薯茎基部腐烂病 | 第14-17页 |
| 1.1.1 甘薯根腐病 | 第14-15页 |
| 1.1.2 甘薯蔓割病 | 第15-16页 |
| 1.1.3 甘薯薯瘟病 | 第16页 |
| 1.1.4 其他引起茎腐的病害 | 第16-17页 |
| 1.2 植物病原菌的分离与鉴定 | 第17-20页 |
| 1.2.1 植物病原菌的分离 | 第17-18页 |
| 1.2.2 病原菌的常规鉴定 | 第18-19页 |
| 1.2.3 病原菌的分子鉴定 | 第19-20页 |
| 1.3 达旦提狄克氏菌 | 第20-23页 |
| 1.3.1 达旦提狄克氏菌的分类地位 | 第20-21页 |
| 1.3.2 达旦提狄克氏菌的特征特性 | 第21-22页 |
| 1.3.3 达旦提狄克氏菌的危害 | 第22-23页 |
| 1.3.4 达旦提狄克氏菌的防治 | 第23页 |
| 1.4 病原菌遗传多样性研究进展 | 第23-26页 |
| 1.4.1 病原菌表型的多样性分析 | 第23-24页 |
| 1.4.2 病原菌分子遗传多样性分析 | 第24-26页 |
| 1.5 甘薯抗病机制研究进展 | 第26-29页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第29-30页 |
| 1.7 论文研究内容 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-53页 |
| 2.1 病原菌的分离与鉴定 | 第31-40页 |
| 2.1.1 病害标样来源 | 第31页 |
| 2.1.2 供试菌株 | 第31-32页 |
| 2.1.3 接种材料 | 第32-33页 |
| 2.1.4 主要仪器设备 | 第33页 |
| 2.1.5 主要试剂 | 第33-34页 |
| 2.1.6 分离鉴定培养基 | 第34页 |
| 2.1.7 病原菌的分离、纯化及保存 | 第34-35页 |
| 2.1.8 病菌柯赫氏法则验证 | 第35-36页 |
| 2.1.8.1 细菌菌株致病性鉴定 | 第35页 |
| 2.1.8.2 真菌菌株致病性鉴定 | 第35-36页 |
| 2.1.8.3 病菌的再分离 | 第36页 |
| 2.1.9 病菌的常规鉴定 | 第36-37页 |
| 2.1.9.1 细菌菌株的形态观察与生理生化性状测定 | 第36-37页 |
| 2.1.9.2 真菌菌株的形态观察 | 第37页 |
| 2.1.10 病原菌的分子鉴定 | 第37-39页 |
| 2.1.10.1 基因组DNA的提取 | 第37页 |
| 2.1.10.2 病原菌16S、ITS、EF-1α和β-tubulin序列的PCR扩增、克隆及测序 | 第37-39页 |
| 2.1.11 病原菌致病性初步鉴定 | 第39-40页 |
| 2.2 甘薯茎腐病菌遗传多样性分析 | 第40-44页 |
| 2.2.1 供试菌株 | 第40页 |
| 2.2.2 供试材料 | 第40页 |
| 2.2.3 菌株致病差异分析 | 第40-42页 |
| 2.2.3.1 病原菌准备 | 第40页 |
| 2.2.3.2 薯片接种 | 第40页 |
| 2.2.3.3 统计分析 | 第40-42页 |
| 2.2.4 菌株分子遗传多样性分析 | 第42-44页 |
| 2.2.4.1 细菌基因组DNA的提取 | 第42页 |
| 2.2.4.2 菌株PCR扩增 | 第42-43页 |
| 2.2.4.3 聚类分析 | 第43-44页 |
| 2.3 甘薯抗茎腐病种质资源鉴定 | 第44-45页 |
| 2.3.1 病原菌准备 | 第44页 |
| 2.3.2 鉴定材料准备 | 第44页 |
| 2.3.3 接种方法 | 第44页 |
| 2.3.3.1 茎枝菌液共培养接种 | 第44页 |
| 2.3.3.2 穿刺接种 | 第44页 |
| 2.3.4 抗性评价指标 | 第44-45页 |
| 2.4 甘薯茎腐病抗性表达谱分析 | 第45-53页 |
| 2.4.1 材料 | 第45-46页 |
| 2.4.1.1 植物材料 | 第45页 |
| 2.4.1.2 试剂 | 第45-46页 |
| 2.4.1.3 主要仪器设备 | 第46页 |
| 2.4.2 菌株活化与接种 | 第46-47页 |
| 2.4.3 样品取材 | 第47页 |
| 2.4.4 总RNA提取与检测 | 第47页 |
| 2.4.4.1 CTAB法大量提取RNA | 第47页 |
| 2.4.4.2 RNA检测 | 第47页 |
| 2.4.5 送样测序 | 第47-48页 |
| 2.4.6 文库构建与数字基因表达谱测序 | 第48-49页 |
| 2.4.7 序列处理与基因功能注释 | 第49-50页 |
| 2.4.7.1 原始序列处理 | 第49页 |
| 2.4.7.2 与参考序列比对 | 第49页 |
| 2.4.7.3 基因覆盖度 | 第49页 |
| 2.4.7.4 基因表达量 | 第49页 |
| 2.4.7.5 基因功能注释 | 第49-50页 |
| 2.4.7.6 差异表达分析 | 第50页 |
| 2.4.7.7 差异表达基因GO及KEGG富集分析 | 第50页 |
| 2.4.8 差异表达基因的动态变化规律分析 | 第50-51页 |
| 2.4.8.1 不同甘薯品种不同接种时间点差异基因分析 | 第50-51页 |
| 2.4.8.2 同一甘薯品种不同接种时间点差异基因分析 | 第51页 |
| 2.4.9 荧光定量RT-PCR分析基因的表达水平 | 第51-53页 |
| 3 结果与分析 | 第53-107页 |
| 3.1 病原菌的分离与鉴定 | 第53-61页 |
| 3.1.1 病害的田间症状 | 第53-54页 |
| 3.1.2 病原菌柯赫法则验证 | 第54-56页 |
| 3.1.3 病原菌的形态及培养特征 | 第56-58页 |
| 3.1.3.1 病原细菌形态及培养特征 | 第56-57页 |
| 3.1.3.2 病原真菌的形态及培养特征 | 第57-58页 |
| 3.1.4 病原菌的分子鉴定 | 第58-60页 |
| 3.1.4.1 病原细菌I6S rDNA的扩增与系统发育分析 | 第58-60页 |
| 3.1.4.2 病原真菌的多基因鉴定 | 第60页 |
| 3.1.5 病原细菌致病性分析 | 第60-61页 |
| 3.2 甘薯茎腐病菌遗传多样性分析 | 第61-70页 |
| 3.2.1 REP-PCR扩增结果分析 | 第61-62页 |
| 3.2.2 甘薯茎腐病群体遗传多样性水平 | 第62-63页 |
| 3.2.3 甘薯茎腐病菌群体遗传分化 | 第63-64页 |
| 3.2.4 甘薯茎腐病菌群体遗传距离 | 第64-65页 |
| 3.2.5 甘薯茎腐病菌群体聚类分析 | 第65-67页 |
| 3.2.6 甘薯茎腐病菌群体致病型差异 | 第67-70页 |
| 3.3 甘薯抗茎腐病种质资源鉴定 | 第70-73页 |
| 3.3.1 甘薯抗茎腐病鉴定方法稳定性测定 | 第70-71页 |
| 3.3.2 甘薯抗茎腐病鉴定鉴定结果 | 第71-73页 |
| 3.4 甘薯茎腐病抗性表达谱分析 | 第73-107页 |
| 3.4.1 RNA提取结果 | 第73页 |
| 3.4.2 测序评估 | 第73-81页 |
| 3.4.2.1 测序质量评估 | 第73-76页 |
| 3.4.2.2 测序饱和度分析 | 第76-78页 |
| 3.4.2.3 数据比对统计 | 第78页 |
| 3.4.2.4 测序随机性分析 | 第78-81页 |
| 3.4.3 基因表达定量 | 第81-82页 |
| 3.4.3.1 基因覆盖度统计 | 第81-82页 |
| 3.4.3.2 基因表达情况 | 第82页 |
| 3.4.4 接种茎腐病菌后两组差异基因筛选 | 第82-86页 |
| 3.4.4.1 广紫薯2号接种病菌后差异表达基因筛选 | 第82-84页 |
| 3.4.4.2 广薯87接种病菌后差异表达基因筛选 | 第84-86页 |
| 3.4.5 差异基因功能注释及分类 | 第86-97页 |
| 3.4.5.1 广紫薯12号接种茎腐病菌的差异基因GO功能分类 | 第86-91页 |
| 3.4.5.2 广薯87接种茎腐病菌的差异基因的GO分析 | 第91-97页 |
| 3.4.6 差异基因的代谢通路分析 | 第97-103页 |
| 3.4.7 同一甘薯基因型不同接种时间点差异基因分析 | 第103-104页 |
| 3.4.8 不同甘薯基因型相同接种时间点差异表达基因分析 | 第104-105页 |
| 3.4.9 荧光定量PCR验证差异表达基因 | 第105-107页 |
| 4 讨论 | 第107-116页 |
| 4.1 甘薯茎腐病病原菌鉴定与分类 | 第107-110页 |
| 4.1.1 甘薯茎腐病病原的鉴定与研究 | 第107-108页 |
| 4.1.2 引起甘薯茎基部腐烂病病的其他细菌性病害 | 第108-109页 |
| 4.1.3 甘薯茎基部腐烂病病原真菌的鉴定 | 第109-110页 |
| 4.2 甘薯茎腐病病菌群体具有丰富的遗传多样性 | 第110-112页 |
| 4.2.1 REP-PCR引物的多态性分析 | 第110页 |
| 4.2.2 甘薯茎腐病菌群体遗传多样性水平 | 第110-111页 |
| 4.2.3 甘薯茎腐病菌存在明显的致病力差异 | 第111-112页 |
| 4.3 抗茎腐病的甘薯资源分布 | 第112-113页 |
| 4.4 表达谱揭示了甘薯抗茎腐病相关途径 | 第113-114页 |
| 4.5 表达谱揭示了病原菌-寄主互作关系 | 第114-116页 |
| 5 结论 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-128页 |
| 附录A | 第128-135页 |
| 附录B | 第135-136页 |
| 致谢 | 第136页 |
