| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-21页 |
| 1.1 概述 | 第10-11页 |
| 1.2 药理作用 | 第11-12页 |
| 1.3 秦艽有效成分 | 第12-13页 |
| 1.4 龙胆苦苷合成途径 | 第13-15页 |
| 1.4.1 合成途径 | 第13-14页 |
| 1.4.2 关键酶 | 第14-15页 |
| 1.5 基因资源的开发 | 第15-16页 |
| 1.6 第二代高通量测序技术及在药用植物中的应用 | 第16-19页 |
| 1.6.1 第二代高通量测序技术 | 第16页 |
| 1.6.2 Hisq2000测序原理及实验流程 | 第16-18页 |
| 1.6.3 数字基因表达谱 | 第18页 |
| 1.6.4 药用植物中转录组测序 | 第18-19页 |
| 1.7 本研究的目的及意义 | 第19-21页 |
| 第2章 秦艽转录组高通量测序及分析 | 第21-38页 |
| 2.1 转录组测序材料和方法 | 第21-25页 |
| 2.1.1 材料 | 第21页 |
| 2.1.2 总RNA提取 | 第21-22页 |
| 2.1.3 残余DNA的去除 | 第22页 |
| 2.1.4 转录组RNA测序 | 第22-23页 |
| 2.1.5 数据分析 | 第23-25页 |
| 2.1.6 秦艽微卫星分析 | 第25页 |
| 2.2 结果及讨论 | 第25-38页 |
| 2.2.1 测序产量统计 | 第25-26页 |
| 2.2.2 序列拼接 | 第26-27页 |
| 2.2.3 秦艽unigene的注释及GO分类 | 第27-29页 |
| 2.2.4 编码序列CDS的识别 | 第29-30页 |
| 2.2.5 秦艽unigene中转录因子的识别 | 第30-31页 |
| 2.2.6 秦艽unigene pathway分析 | 第31-33页 |
| 2.2.7 涉及秦艽裂环醚烯萜苷类两大类物质合成的基因识别 | 第33-35页 |
| 2.2.8 SSR位点及引物分析 | 第35-37页 |
| 2.2.9 转录组分析小结 | 第37-38页 |
| 第3章 秦艽不同器官间基因表达差异分析 | 第38-56页 |
| 3.1 实验材料 | 第38页 |
| 3.2 方法 | 第38-41页 |
| 3.2.1 总RNA提取 | 第38页 |
| 3.2.2 表达谱测序 | 第38-41页 |
| 3.3 结果及讨论 | 第41-54页 |
| 3.3.1 测序样品测序统计 | 第41-42页 |
| 3.3.2 测序质量评估 | 第42-44页 |
| 3.3.3 基因的表达注释 | 第44-45页 |
| 3.3.4 各器官Top50基因统计 | 第45-50页 |
| 3.3.5 各个器官特异表达基因筛选 | 第50-51页 |
| 3.3.6 秦艽各器官中裂环醚烯萜苷合成相关基因表达的统计 | 第51-54页 |
| 3.4 基因数字表达谱小结及讨论 | 第54-56页 |
| 第4章 秦艽有效成分诱导分析 | 第56-63页 |
| 4.1 材料与方法 | 第56-58页 |
| 4.1.1 材料及处理 | 第56页 |
| 4.1.2 龙胆苦苷等环烯醚萜苷类含量测定 | 第56-58页 |
| 4.2 结果 | 第58-61页 |
| 4.2.1 样品分离图 | 第58页 |
| 4.2.2 精密度试验 | 第58页 |
| 4.2.3 重复性试验 | 第58页 |
| 4.2.4 稳定性试验 | 第58-59页 |
| 4.2.5 加样回收率试验 | 第59页 |
| 4.2.6 线性关系考察 | 第59-60页 |
| 4.2.7 MeJA对秦艽中龙胆苦苷等环烯醚萜苷类物质的诱导 | 第60-61页 |
| 4.3 讨论与小结 | 第61-63页 |
| 第5章 秦艽主要有效成分合成相关基因的筛选 | 第63-81页 |
| 5.1 实验材料 | 第63页 |
| 5.2 试验方法 | 第63-67页 |
| 5.2.1 总RNA提取 | 第63-64页 |
| 5.2.2 测序送样 | 第64-65页 |
| 5.2.3 测序数据分析 | 第65-67页 |
| 5.3 结果与分析 | 第67-79页 |
| 5.3.1 秦艽数字基因表达谱基因的数据产出统计 | 第67页 |
| 5.3.2 测序质量评估 | 第67-69页 |
| 5.3.3 测序reads比对情况统计 | 第69页 |
| 5.3.4 差异基因统计分析 | 第69-70页 |
| 5.3.5 GO和pathway通路富集分析 | 第70-71页 |
| 5.3.6 MeJA诱导差异基因的分析 | 第71-77页 |
| 5.3.7 龙胆苦苷合成途径的差异基因 | 第77-79页 |
| 5.4 本章小结及讨论 | 第79-81页 |
| 第6章 结论 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 攻读博士期间研究成果 | 第90-91页 |
