| 摘要 | 第4-7页 |
| abstract | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 蛋白质概述 | 第15页 |
| 1.2 超氧化物歧化酶概述 | 第15-18页 |
| 1.3 荧光蛋白概述 | 第18-19页 |
| 1.4 本论文的内容和意义 | 第19-22页 |
| 参考文献 | 第22-27页 |
| 第2章 基本理论知识 | 第27-65页 |
| 2.1 分子动力学模拟初步 | 第27-36页 |
| 2.1.1 力场 | 第28-31页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟基本原理 | 第31-32页 |
| 2.1.3 牛顿运动方程的数值解法 | 第32-33页 |
| 2.1.4 周期性边界和最小镜像 | 第33-34页 |
| 2.1.5 长程静电作用力计算 | 第34-35页 |
| 2.1.6 溶剂化模型 | 第35-36页 |
| 2.2 Poisson-Boltzmann方程 | 第36-41页 |
| 2.2.1 Poisson-Boltzmann方程的推导 | 第36-38页 |
| 2.2.2 Poisson-Bolzman方程的求解 | 第38-41页 |
| 2.3 量子化学计算方法 | 第41-55页 |
| 2.3.1 Bohn-Oppenheimer近似和Hartree-Fock方程 | 第41-44页 |
| 2.3.2 密度泛函理论的基础 | 第44-47页 |
| 2.3.2.1 Thomas-Fermi-Dirac近似 | 第44-45页 |
| 2.3.2.2 Hohenberg-Kohn理论 | 第45页 |
| 2.3.2.3 Kohn-Sham方程 | 第45-47页 |
| 2.3.3 交换关联泛函 | 第47-48页 |
| 2.3.3.1 局域密度近似泛函 | 第47-48页 |
| 2.3.3.2 广义梯度近似泛函 | 第48页 |
| 2.3.3.3 杂化泛函 | 第48页 |
| 2.3.4 含时密度泛函理论基础 | 第48-51页 |
| 2.3.5 线性响应理论 | 第51-52页 |
| 2.3.6 激发态能量和振子强度 | 第52-53页 |
| 2.3.7 量子力学/分子力学方法简介 | 第53-55页 |
| 2.4 电子光谱学 | 第55-59页 |
| 参考文献 | 第59-65页 |
| 第3章 赖氨酸乙酰化调制锰超氧化物歧化酶活性的理论研究 | 第65-77页 |
| 3.1 研究背景 | 第65-66页 |
| 3.2 理论模拟方法和细节 | 第66-68页 |
| 3.3 模拟结果与讨论 | 第68-72页 |
| 3.3.1 赖氨酸乙酰化突变对结构的影响 | 第68-70页 |
| 3.3.2 赖氨酸乙酰化突变对静电势的影响 | 第70-72页 |
| 3.4 本章小结 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 第4章 荧光蛋白发光微观机理理论研究 | 第77-101页 |
| 4.1 研究背景 | 第77-78页 |
| 4.2 理论模拟方法和细节 | 第78-81页 |
| 4.3 模拟结果和讨论 | 第81-94页 |
| 4.3.1 不同DFT方法的基准测试 | 第81-83页 |
| 4.3.2 发色基团结构对发射光谱的影响 | 第83-89页 |
| 4.3.2.1 共轭程度 | 第83-85页 |
| 4.3.2.2 取代基团 | 第85-88页 |
| 4.3.2.3 取代基位置和数量的影响 | 第88-89页 |
| 4.3.3 设计的发色基团及其在蛋白质体系中结构稳定性的测量· | 第89-94页 |
| 4.4 本章小结 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-101页 |
| 第5章 绿色荧光蛋白光致电子转移的动力学研究初步 | 第101-119页 |
| 5.1 研究背景 | 第101-102页 |
| 5.2 理论模拟方法和细节 | 第102-106页 |
| 5.3 模拟结果和讨论 | 第106-114页 |
| 5.4 本章小结 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-119页 |
| 第6章 结论和展望 | 第119-123页 |
| 6.1 本文工作总结 | 第119-120页 |
| 6.2 下阶段工作展望 | 第120-123页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125页 |
