| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 前言 | 第11-12页 |
| 第一篇 文献综述 | 第12-20页 |
| 第一章 动物肠道菌群多样性研究进展 | 第12-16页 |
| 1.1 肠道菌群功能 | 第12-13页 |
| 1.1.1 肠道菌群与宿主免疫 | 第12-13页 |
| 1.1.2 肠道菌群与宿主代谢 | 第13页 |
| 1.2 肠道菌群与疾病 | 第13-14页 |
| 1.3 肠道菌群多样性研究方法 | 第14-15页 |
| 1.3.1 传统分离培养 | 第14页 |
| 1.3.2 DNA指纹图谱技术 | 第14页 |
| 1.3.3 荧光原位杂交 | 第14-15页 |
| 1.3.4 宏基因组学研究方法 | 第15页 |
| 1.4 肠道菌群多样性研究进展 | 第15-16页 |
| 第二章 抗生素抗性基因流行及解决措施 | 第16-20页 |
| 2.1 抗生素抗性基因的流行 | 第16页 |
| 2.2 抗生素抗性基因在环境中的残留及危害 | 第16-18页 |
| 2.2.1 污水处理后的抗生素残留 | 第16-17页 |
| 2.2.2 畜禽生产中的抗生素残留 | 第17-18页 |
| 2.2.3 土壤中抗生素残留 | 第18页 |
| 2.3 抗生素抗性基因流行的解决措施 | 第18-20页 |
| 第二篇 研究内容 | 第20-46页 |
| 第一章 致肉羊腹泻病原菌的分离鉴定及药物敏感性检测 | 第20-28页 |
| 1.1 材料 | 第20-21页 |
| 1.1.1 病料样本采集 | 第20页 |
| 1.1.2 主要试验试剂与培养基 | 第20页 |
| 1.1.3 主要试验仪器及平台 | 第20-21页 |
| 1.1.4 实验动物 | 第21页 |
| 1.2 方法 | 第21-23页 |
| 1.2.1 病原的分离培养 | 第21页 |
| 1.2.2 小鼠致病性试验 | 第21页 |
| 1.2.3 分离菌基因组DNA提取 | 第21-22页 |
| 1.2.4 分离菌株16SrDNA特异性核酸片段的扩增 | 第22页 |
| 1.2.5 药物敏感性检测 | 第22-23页 |
| 1.3 结果 | 第23-27页 |
| 1.3.1 小鼠接种实验 | 第23页 |
| 1.3.2 致病菌染色镜检结果 | 第23页 |
| 1.3.3 分离菌株16SrDNA特异性核酸片段分析 | 第23-24页 |
| 1.3.4 变形杆菌ITS、tuf序列分析 | 第24-25页 |
| 1.3.5 分离菌株药物敏感性检测结果 | 第25-27页 |
| 1.4 分析与讨论 | 第27页 |
| 1.5 小结 | 第27-28页 |
| 第二章 不同发病率羊群养殖环境微生物多样性分析 | 第28-37页 |
| 2.1 材料 | 第28-29页 |
| 2.1.1 粪便样本 | 第28页 |
| 2.1.2 主要试剂及试剂盒 | 第28页 |
| 2.1.3 主要试验仪器及平台 | 第28-29页 |
| 2.2 方法 | 第29-30页 |
| 2.2.1 粪便样品总DNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.2 样品DNA16SrDNA(V3+V4)扩增 | 第30页 |
| 2.2.3 信息分析 | 第30页 |
| 2.3 结果 | 第30-35页 |
| 2.3.1 样品测序结果OTU分析 | 第30-31页 |
| 2.3.2 样品测序结果Alpha多样性分析 | 第31-32页 |
| 2.3.3 样品测序结果Beta多样性分析 | 第32页 |
| 2.3.4 样品测序结果物种注释及分类学分析 | 第32-35页 |
| 2.4 分析与讨论 | 第35-36页 |
| 2.5 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 不同发病率羊群养殖环境中耐药基因丰度检测 | 第37-46页 |
| 3.1 材料 | 第37-39页 |
| 3.1.1 粪便样本总DNA | 第37页 |
| 3.1.2 待检测耐药基因 | 第37-38页 |
| 3.1.3 主要仪器设备及平台 | 第38-39页 |
| 3.2 方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 耐药基因高通量定量PCR | 第39页 |
| 3.2.2 样品耐药基因qPCR反应结果处理 | 第39-40页 |
| 3.3 结果 | 第40-44页 |
| 3.3.1 样品耐药基因定性PCR结果 | 第40-42页 |
| 3.3.2 样品耐药基因定量PCR结果 | 第42-44页 |
| 3.4 分析与讨论 | 第44-45页 |
| 3.5 小结 | 第45-46页 |
| 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-52页 |
| 作者简介 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53页 |
