| 摘要 | 第8-9页 |
| ABSTRACT | 第9页 |
| 第一章 绪论 | 第10-17页 |
| 1.1 课题来源 | 第10页 |
| 1.2 课题背景和研究意义 | 第10-13页 |
| 1.3 利用NGS进行微生物检测面临的挑战 | 第13-15页 |
| 1.3.1 生物大数据的挑战 | 第13-14页 |
| 1.3.2 移动测序的挑战 | 第14-15页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第15-17页 |
| 第二章 快速微生物检测计算分析 | 第17-25页 |
| 2.1 基于NGS的微生物检测计算数据处理策略 | 第17-20页 |
| 2.2 现有微生物检测计算方法 | 第20-23页 |
| 2.2.1 基于软件拼接的检测方法 | 第20-22页 |
| 2.2.2 基于k-mer加速的检测方法 | 第22页 |
| 2.2.3 基于体系结构优化的检测方法 | 第22-23页 |
| 2.3 本章小结 | 第23-25页 |
| 第三章 CAMIbenchmark:基于NGS的微生物检测计算评测自动化方法 | 第25-30页 |
| 3.1 微生物检测计算评测的意义 | 第25页 |
| 3.2 面向微生物检测的计算评测方法 | 第25-26页 |
| 3.3 利用CAMIbenchmark做性能分析 | 第26-29页 |
| 3.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 第四章 ADMA:基于输入预值的微生物检测算法及优化 | 第30-37页 |
| 4.1 微生物检测算法优化 | 第30-32页 |
| 4.2 可调式微生物检测算法ADMA | 第32-35页 |
| 4.3 ADMA算法精度与速度分析 | 第35-36页 |
| 4.4 本章小结 | 第36-37页 |
| 第五章 MDPMS:基于移动测序的微生物检测平台 | 第37-47页 |
| 5.1 检测平台总体设计 | 第37-39页 |
| 5.2 基于FPGA的生物信息学分析模块设计及实现 | 第39-41页 |
| 5.3 基于高性能计算平台的生物信息学分析模块设计及实现 | 第41-46页 |
| 5.3.1 高性能计算平台 | 第41-43页 |
| 5.3.2 数据库和软件平台 | 第43-44页 |
| 5.3.3 MDPMS在SMP4和天河二号上的测试 | 第44-46页 |
| 5.4 本章小结 | 第46-47页 |
| 第六章 结束语 | 第47-50页 |
| 6.1 工作总结 | 第47-48页 |
| 6.2 研究展望 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-55页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第55页 |
