| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第15-32页 |
| 1.1 系统生物学简介 | 第15-18页 |
| 1.2 网络动力学 | 第18-24页 |
| 1.2.1 从化学反应主方程到化学反应速率方程 | 第18-20页 |
| 1.2.2 延迟方程及延迟随机模拟算法 | 第20-21页 |
| 1.2.3 稳定性分析和分岔理论 | 第21-24页 |
| 1.3 网络基序及其性质 | 第24-28页 |
| 1.3.1 简单调节和调节链 | 第25页 |
| 1.3.2 负反馈环 | 第25-26页 |
| 1.3.3 正反馈环 | 第26-27页 |
| 1.3.4 耦合双反馈环 | 第27-28页 |
| 1.4 论文研究内容 | 第28-32页 |
| 1.4.1 细胞命运抉择与多稳态 | 第28-30页 |
| 1.4.2 生化振荡鲁棒性和延迟反馈 | 第30-32页 |
| 第二章 在基因调控网络中实现多稳态 | 第32-72页 |
| 2.1 介绍 | 第32-33页 |
| 2.2 模型和方法 | 第33-37页 |
| 2.2.1 转录动力学 | 第33-35页 |
| 2.2.2 MicroRNA介导的翻译抑制动力学 | 第35页 |
| 2.2.3 模型的动力学方程 | 第35-37页 |
| 2.3 理论分析 | 第37-42页 |
| 2.3.1 线性稳定性分析 | 第37-39页 |
| 2.3.2 分岔分析 | 第39页 |
| 2.3.3 对数增益 | 第39-42页 |
| 2.4 结果 | 第42-69页 |
| 2.4.1 单独和耦合反馈环的分析 | 第42-43页 |
| 2.4.2 增益表示下的三稳态必要条件 | 第43-45页 |
| 2.4.3 单个正反馈环的双稳特性 | 第45-47页 |
| 2.4.4 单个反馈环激活阈值的差值影响P_ⅡP_Ⅱ系统的三稳态 | 第47-50页 |
| 2.4.5 P_ⅡP_Ⅱ系统产生三稳态的R的阈值估计 | 第50-53页 |
| 2.4.6 单个正反馈环的双稳宽度W_B显著影响耦合系统的分岔图类型 | 第53-54页 |
| 2.4.7 W,R和G_(min)影响P_ⅡN系统的三稳态 | 第54-58页 |
| 2.4.8 负反馈环的时间尺度显著影响P_ⅡN系统的三稳态 | 第58-60页 |
| 2.4.9 简化P_ⅡN系统(G_(1max)>1)产生不同类型分岔图的条件 | 第60-64页 |
| 2.4.10 三稳系统的动力学 | 第64-65页 |
| 2.4.11 对其他两种双环系统的讨论 | 第65-69页 |
| 2.5 小结 | 第69-71页 |
| 2.6 附录 | 第71-72页 |
| 第三章 长延迟正反馈诱导的大振幅鲁棒振荡 | 第72-97页 |
| 3.1 介绍 | 第72-74页 |
| 3.2 模型 | 第74-76页 |
| 3.2.1 人工合成振子的模型 | 第74-75页 |
| 3.2.2 一个三节点双反馈环模型 | 第75页 |
| 3.2.3 简化模型 | 第75-76页 |
| 3.3 理论分析 | 第76-77页 |
| 3.4 结果 | 第77-96页 |
| 3.4.1 时间延迟对系统定态稳定性的影响 | 第77-79页 |
| 3.4.2 时间延迟对振荡的影响 | 第79-82页 |
| 3.4.3 长延迟正反馈引起的大振幅振荡 | 第82-83页 |
| 3.4.4 极限情况下分析延迟正反馈对振荡调制的机制 | 第83-92页 |
| 3.4.5 强正反馈环诱导的鲁棒振荡 | 第92-96页 |
| 3.5 小结 | 第96-97页 |
| 第四章 总结与展望 | 第97-100页 |
| 参考文献 | 第100-112页 |
| 科研成果 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
