| 摘要 | 第2-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-15页 |
| 1.1 石油污染概述 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第10-12页 |
| 1.3 研究目的及意义 | 第12-13页 |
| 1.4 研究区概况 | 第13-14页 |
| 1.5 研究思路与方案 | 第14-15页 |
| 第二章 材料与方法 | 第15-24页 |
| 2.1 实验试剂 | 第15页 |
| 2.2 实验仪器 | 第15-16页 |
| 2.3 样本采集 | 第16-17页 |
| 2.4 克隆文库分析 | 第17-18页 |
| 2.4.1 石油污染土壤基因组DNA提取 | 第17页 |
| 2.4.2 引物筛选 | 第17-18页 |
| 2.4.3 克隆文库构建 | 第18页 |
| 2.4.4 克隆文库分析 | 第18页 |
| 2.5 16SrRNA扩增子测序 | 第18-21页 |
| 2.5.1 扩增16SrRNA片段及测序 | 第19-20页 |
| 2.5.2 测序数据处理 | 第20页 |
| 2.5.3 OTU聚类和物种注释 | 第20页 |
| 2.5.4 α多样性分析 | 第20页 |
| 2.5.5 β多样性分析 | 第20-21页 |
| 2.6 土壤宏基因组测序 | 第21-24页 |
| 2.6.1 样本准备 | 第21页 |
| 2.6.2 测序 | 第21页 |
| 2.6.3 数据质量控制 | 第21页 |
| 2.6.4 序列拼接与基因预测 | 第21页 |
| 2.6.5 构建非冗余基因集 | 第21-22页 |
| 2.6.6 物种与功能注释 | 第22页 |
| 2.6.7 物种与功能组成分析 | 第22页 |
| 2.6.8 样本间比较分析 | 第22-24页 |
| 第三章 芳香烃双加氧酶基因多态性 | 第24-31页 |
| 3.1 引物筛选 | 第24页 |
| 3.2 芳香烃双加氧酶基因RFLP分型 | 第24-25页 |
| 3.3 稀释度曲线 | 第25-26页 |
| 3.4 芳香烃双加氧酶基因系统发育分析 | 第26-29页 |
| 3.5 小结 | 第29-31页 |
| 第四章 石油污染土壤及背景土16SrRNA扩增子分析 | 第31-45页 |
| 4.1 序列优化统计 | 第31-32页 |
| 4.2 OTU分析和物种注释 | 第32页 |
| 4.3 物种分布统计 | 第32-35页 |
| 4.4 α多样性分析 | 第35-38页 |
| 4.4.1 α多样性指数 | 第35-37页 |
| 4.4.2 物种多样性分析 | 第37-38页 |
| 4.5 β多样性分析 | 第38-43页 |
| 4.5.1 样本间距离分析 | 第38-39页 |
| 4.5.2 β多样性分析 | 第39-40页 |
| 4.5.3 NMDS分析 | 第40页 |
| 4.5.4 UPGMA分析 | 第40-41页 |
| 4.5.5 MetaStat分析 | 第41-42页 |
| 4.5.6 LefSe分析 | 第42-43页 |
| 4.6 小结 | 第43-45页 |
| 第五章 石油污染土壤宏基因组测序 | 第45-67页 |
| 5.1 数据优化结果统计 | 第45-47页 |
| 5.2 序列拼接与基因预测 | 第47-48页 |
| 5.2.1 拼接组装 | 第47页 |
| 5.2.2 基因预测 | 第47-48页 |
| 5.3 非冗余基因集构建 | 第48页 |
| 5.4 物种与功能注释 | 第48-60页 |
| 5.4.1 COG功能注释 | 第48-50页 |
| 5.4.2 Heatmap分析 | 第50-53页 |
| 5.4.3 多样本比较Venn图 | 第53-55页 |
| 5.4.4 物种与功能累计曲线 | 第55-56页 |
| 5.4.5 分类学树状图 | 第56-60页 |
| 5.5 样本间比较分析 | 第60-66页 |
| 5.5.1 样本间距离计算 | 第60-61页 |
| 5.5.2 Hcluster层次聚类树 | 第61-62页 |
| 5.5.3 主成分分析 | 第62-63页 |
| 5.5.4 KEGG代谢通路 | 第63-66页 |
| 5.6 小结 | 第66-67页 |
| 第六章 结论与展望 | 第67-69页 |
| 6.1 结论 | 第67-68页 |
| 6.2 展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-74页 |
| 在读期间发表论文 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |