| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-16页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-14页 |
| 1.2.1 组织特异性 | 第10-11页 |
| 1.2.2 PPI网络的分析方法 | 第11-13页 |
| 1.2.3 子网查询算法 | 第13-14页 |
| 1.3 论文的研究内容 | 第14-15页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第15-16页 |
| 第二章 关键技术概述 | 第16-27页 |
| 2.1 PPI数据及其在线数据库 | 第16-17页 |
| 2.2 PPI网络分析中的关键技术 | 第17-20页 |
| 2.2.1 KO注释数据评估网络可靠性 | 第17-18页 |
| 2.2.2 GO相似性算法 | 第18-19页 |
| 2.2.3 GO富集度分析 | 第19-20页 |
| 2.3 Date Hub蛋白质的识别技术 | 第20-22页 |
| 2.3.1 基于avPCC的识别算法 | 第20页 |
| 2.3.2 基于网络拓扑属性Betweenness的识别算法 | 第20-22页 |
| 2.4 子网查询 | 第22-27页 |
| 2.4.1 IsoRank算法和RESQUE算法研究及存在的问题 | 第22-25页 |
| 2.4.2 最大权重偶图匹配算法 | 第25-27页 |
| 第三章 基于最短路径的强关联蛋白相互作用网络构建 | 第27-33页 |
| 3.1 基于最短路径算法的蛋白质数据筛选 | 第27-28页 |
| 3.2 组织特异性基因编码蛋白相互作用网络的构建 | 第28-29页 |
| 3.3 网络可靠性评价 | 第29-33页 |
| 3.3.1 从网络本身的拓扑属性角度评价网络 | 第29-30页 |
| 3.3.2 从生物意义（KEGG Pathway）角度评价网络 | 第30-33页 |
| 第四章 PPI网络中功能模块分析 | 第33-46页 |
| 4.1 基于节点中介度的DH蛋白质的识别方法 | 第33-35页 |
| 4.1.1 基于节点中介度的DH蛋白质的识别方法 | 第33页 |
| 4.1.2 实验及结果 | 第33-35页 |
| 4.2 DH的紧密生物功能模块的识别 | 第35-39页 |
| 4.3 DH及其紧密生物功能模块的生物功能分析和结果 | 第39-43页 |
| 4.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第五章 基于半马尔科夫随机游走的迭代加权子图查询算法 | 第46-60页 |
| 5.1 算法描述 | 第46-50页 |
| 5.1.1 计算蛋白质对的全局相似性得分 | 第46-48页 |
| 5.1.2 迭代递减目标网络 | 第48-49页 |
| 5.1.3 查询最优匹配子图 | 第49-50页 |
| 5.1.4 评价方法 | 第50页 |
| 5.2 算法实现及性能测试 | 第50-51页 |
| 5.2.1 算法实现 | 第50页 |
| 5.2.2 性能测试 | 第50-51页 |
| 5.3 结果分析 | 第51-55页 |
| 5.3.1 蛋白质复合物作为查询网络 | 第51-53页 |
| 5.3.2 已知通路（Pathway）的子网查询实例 | 第53-55页 |
| 5.4 讨论 | 第55-60页 |
| 5.4.1 全局相似性得分中的选取 | 第55-56页 |
| 5.4.2 计算复杂性分析 | 第56-60页 |
| 第六章 结论与展望 | 第60-62页 |
| 6.1 结论 | 第60-61页 |
| 6.2 展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
