| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 引言 | 第13-21页 |
| 1 香菇概述 | 第13-17页 |
| 1.1 香菇的生物学特性 | 第13-14页 |
| 1.2 香菇的栽培技术 | 第14-15页 |
| 1.3 香菇的育种技术 | 第15-16页 |
| 1.4 香菇的遗传多样性 | 第16-17页 |
| 2 香菇的基因组学研究 | 第17-20页 |
| 2.1 香菇基因组 | 第17页 |
| 2.2 全基因组关联分析 | 第17-18页 |
| 2.3 人工驯化 | 第18-19页 |
| 2.4 基因组结构变异 | 第19-20页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第一章 香菇群体演化与驯化分析 | 第21-53页 |
| 1 实验材料 | 第21-23页 |
| 2 数据收集 | 第23-25页 |
| 3 实验试剂和仪器 | 第25-26页 |
| 3.1 实验试剂 | 第25页 |
| 3.2 实验仪器 | 第25-26页 |
| 4 实验方法 | 第26-31页 |
| 4.1 子实体农艺性状测定 | 第26页 |
| 4.2 基因组DNA提取 | 第26-27页 |
| 4.3 香菇重测序样本DNA-seq文库的构建及测序 | 第27-28页 |
| 4.4 SNP变异检测 | 第28页 |
| 4.5 SNP质控 | 第28页 |
| 4.6 群体结构分析 | 第28-30页 |
| 4.7 香菇人工驯化分析 | 第30-31页 |
| 5 结果与讨论 | 第31-53页 |
| 5.1 DNA-seq建库结果 | 第31页 |
| 5.2 测序结果 | 第31-33页 |
| 5.3 变异检测结果 | 第33-34页 |
| 5.4 SNP质控 | 第34页 |
| 5.5 群体结构分析 | 第34-39页 |
| 5.6 群体遗传多样性分析 | 第39-41页 |
| 5.7 香菇的人工驯化分析 | 第41-45页 |
| 5.8 子实体性状结果分析 | 第45-49页 |
| 5.9 讨论与小结 | 第49-53页 |
| 第二章 香菇基因组结构变异分析 | 第53-64页 |
| 1 实验材料 | 第53页 |
| 2 实验试剂和仪器 | 第53-54页 |
| 2.1 实验试剂 | 第53页 |
| 2.2 实验仪器 | 第53-54页 |
| 3 实验方法 | 第54-56页 |
| 3.1 基因组DNA提取 | 第54-55页 |
| 3.2 香菇重测序样本DNA-seq文库的构建及测序 | 第55页 |
| 3.3 结构变异检测 | 第55-56页 |
| 3.4 比较野生型与栽培型结构变异 | 第56页 |
| 4 结果分析 | 第56-63页 |
| 4.1 DNA-seq建库结果 | 第56页 |
| 4.2 测序结果 | 第56页 |
| 4.3 结构变异检测结果 | 第56-60页 |
| 4.4 结构变异注释 | 第60页 |
| 4.5 结构变异相关基因的功能注释 | 第60-62页 |
| 4.6 野生型和栽培型香菇基因组变异程度分析 | 第62-63页 |
| 5 讨论与小结 | 第63-64页 |
| 展望 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 致谢 | 第71页 |