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香菇群体演化与驯化分析

摘要第8-10页
ABSTRACT第10-12页
引言第13-21页
    1 香菇概述第13-17页
        1.1 香菇的生物学特性第13-14页
        1.2 香菇的栽培技术第14-15页
        1.3 香菇的育种技术第15-16页
        1.4 香菇的遗传多样性第16-17页
    2 香菇的基因组学研究第17-20页
        2.1 香菇基因组第17页
        2.2 全基因组关联分析第17-18页
        2.3 人工驯化第18-19页
        2.4 基因组结构变异第19-20页
    3 本研究的目的和意义第20-21页
第一章 香菇群体演化与驯化分析第21-53页
    1 实验材料第21-23页
    2 数据收集第23-25页
    3 实验试剂和仪器第25-26页
        3.1 实验试剂第25页
        3.2 实验仪器第25-26页
    4 实验方法第26-31页
        4.1 子实体农艺性状测定第26页
        4.2 基因组DNA提取第26-27页
        4.3 香菇重测序样本DNA-seq文库的构建及测序第27-28页
        4.4 SNP变异检测第28页
        4.5 SNP质控第28页
        4.6 群体结构分析第28-30页
        4.7 香菇人工驯化分析第30-31页
    5 结果与讨论第31-53页
        5.1 DNA-seq建库结果第31页
        5.2 测序结果第31-33页
        5.3 变异检测结果第33-34页
        5.4 SNP质控第34页
        5.5 群体结构分析第34-39页
        5.6 群体遗传多样性分析第39-41页
        5.7 香菇的人工驯化分析第41-45页
        5.8 子实体性状结果分析第45-49页
        5.9 讨论与小结第49-53页
第二章 香菇基因组结构变异分析第53-64页
    1 实验材料第53页
    2 实验试剂和仪器第53-54页
        2.1 实验试剂第53页
        2.2 实验仪器第53-54页
    3 实验方法第54-56页
        3.1 基因组DNA提取第54-55页
        3.2 香菇重测序样本DNA-seq文库的构建及测序第55页
        3.3 结构变异检测第55-56页
        3.4 比较野生型与栽培型结构变异第56页
    4 结果分析第56-63页
        4.1 DNA-seq建库结果第56页
        4.2 测序结果第56页
        4.3 结构变异检测结果第56-60页
        4.4 结构变异注释第60页
        4.5 结构变异相关基因的功能注释第60-62页
        4.6 野生型和栽培型香菇基因组变异程度分析第62-63页
    5 讨论与小结第63-64页
展望第64-65页
参考文献第65-71页
致谢第71页

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