| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 课题研究背景及目的意义 | 第9-10页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第10-14页 |
| 1.2.1 细胞器通信的研究现状 | 第11-12页 |
| 1.2.2 频繁子图挖掘的研究现状 | 第12-13页 |
| 1.2.3 对当前研究现状的分析 | 第13-14页 |
| 1.3 本文的主要研究内容 | 第14-16页 |
| 1.4 论文组织结构 | 第16-18页 |
| 第2章 基因共表达网络的构建与分析方法 | 第18-30页 |
| 2.1 引言 | 第18页 |
| 2.2 网络的基本概念 | 第18-20页 |
| 2.3 基因共表达网络的构建 | 第20-24页 |
| 2.3.1 节点的相似性度量方法 | 第20-22页 |
| 2.3.2 边的阈值选取方法 | 第22-24页 |
| 2.4 基因共表达网络的分析方法 | 第24-26页 |
| 2.4.1 全局网络拓扑分析 | 第24-25页 |
| 2.4.2 网络中心性分析 | 第25-26页 |
| 2.5 基因共表达网络的模块识别算法 | 第26-29页 |
| 2.6 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 细胞器通信网络的构建 | 第30-48页 |
| 3.1 引言 | 第30-31页 |
| 3.2 数据预处理 | 第31页 |
| 3.3 基因的细胞器位置注释 | 第31-33页 |
| 3.4 基因共表达网络的构建 | 第33-35页 |
| 3.5 细胞器基因共表达网络的构建 | 第35-40页 |
| 3.5.1 基因共表达网络关于细胞器的划分 | 第35-36页 |
| 3.5.2 细胞器基因共表达网络的稀疏处理 | 第36-40页 |
| 3.6 细胞器基因共表达网络的模块识别 | 第40-41页 |
| 3.7 “细胞器-基因”相互作用关系网络构建与分析 | 第41-45页 |
| 3.7.1 “细胞器-基因”相互作用关系网络构建 | 第41-43页 |
| 3.7.2 “细胞器-基因”相互作用关系网络分析 | 第43-45页 |
| 3.8 细胞器通信网络构建系统的实现 | 第45-46页 |
| 3.9 本章小结 | 第46-48页 |
| 第4章 针对细胞器通信模式的频繁子图挖掘算法 | 第48-61页 |
| 4.1 引言 | 第48页 |
| 4.2 细胞器通信模式的模型假设 | 第48-49页 |
| 4.3 算法设计 | 第49-59页 |
| 4.3.1 枚举 | 第50-55页 |
| 4.3.2 分类 | 第55-58页 |
| 4.3.3 频繁子图的确定 | 第58-59页 |
| 4.4 系统实现 | 第59-60页 |
| 4.5 本章小结 | 第60-61页 |
| 第5章 实验结果与系统性能分析 | 第61-71页 |
| 5.1 引言 | 第61页 |
| 5.2 频繁子图挖掘结果及分析 | 第61-65页 |
| 5.3 潜在的细胞器通信模式挖掘与分析 | 第65-68页 |
| 5.4 系统性能分析 | 第68-71页 |
| 结论 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-78页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80页 |