| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第10-34页 |
| 1.1 线粒体基因组研究 | 第10-16页 |
| 1.1.1 动物线粒体基因组的基本特征 | 第10-14页 |
| 1.1.2 线粒体基因组的分析方法 | 第14-16页 |
| 1.1.3 线粒体基因组的进化特征 | 第16页 |
| 1.2 分子系统发育分析 | 第16-20页 |
| 1.2.1 分子序列数据的特点 | 第17页 |
| 1.2.2 重建系统发育关系 | 第17-18页 |
| 1.2.3 系统发育分析的常用软件 | 第18-20页 |
| 1.3 适应性进化分析 | 第20-25页 |
| 1.3.1 分子进化的中性学说 | 第21页 |
| 1.3.2 适应性进化检测的原理和方法 | 第21-23页 |
| 1.3.3 基于密码子水平分析线粒体基因组的选择压力 | 第23-25页 |
| 1.3.4 适应性进化检测的常用软件-CODEML | 第25页 |
| 1.4 cDNA文库的构建及EST技术的应用 | 第25-29页 |
| 1.4.1 SMART cDNA文库 | 第26页 |
| 1.4.2 EST技术的应用 | 第26-28页 |
| 1.4.3 电子克隆技术及其应用 | 第28-29页 |
| 1.5 裂腹鱼类研究概述 | 第29-31页 |
| 1.5.1 裂腹鱼类的起源、分布、形态和分类 | 第29-30页 |
| 1.5.2 裂腹鱼类的演化与青藏高原环境变化的关系 | 第30页 |
| 1.5.3 裂腹鱼类线粒体基因的研究现状 | 第30-31页 |
| 1.5.4 本文研究的物种简介 | 第31页 |
| 1.6 本研究的目的和意义 | 第31-34页 |
| 第二章 拉萨裸裂尻鱼、异齿裂腹鱼和拉萨裂腹鱼线粒体全基因组的测定 | 第34-66页 |
| 2.1 材料与方法 | 第34-40页 |
| 2.1.1 样品采集 | 第34页 |
| 2.1.2 实验仪器与试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.3 实验方法 | 第35-40页 |
| 2.2 结果与分析 | 第40-64页 |
| 2.2.1 线粒体全基因组的结构特征 | 第40-46页 |
| 2.2.2 蛋白质编码基因 | 第46-49页 |
| 2.2.3 tRNA基因 | 第49-55页 |
| 2.2.4 rRNA基因 | 第55-56页 |
| 2.2.5 D-Loop区 | 第56-57页 |
| 2.2.6 密码子使用分析 | 第57-61页 |
| 2.2.7 与其它鲤科鱼类线粒体全基因组的比较 | 第61-64页 |
| 2.3 讨论 | 第64-66页 |
| 第三章 用线粒体基因组和RAG2探讨鲤科的系统发育关系并估算分歧时间 | 第66-104页 |
| 3.1 材料与方法 | 第66-76页 |
| 3.1.1 外类群的选择 | 第66页 |
| 3.1.2 数据来源 | 第66-70页 |
| 3.1.3 数据分析 | 第70页 |
| 3.1.4 系统发育树的构建 | 第70-71页 |
| 3.1.5 分歧时间估算 | 第71-76页 |
| 3.2 结果与分析 | 第76-98页 |
| 3.2.1 序列分析 | 第76-78页 |
| 3.2.2 系统发育分析 | 第78-93页 |
| 3.2.3 分歧时间估算 | 第93-98页 |
| 3.3 讨论 | 第98-104页 |
| 3.3.1 序列变异及其系统发育意义 | 第98页 |
| 3.3.2 不同构树方法的比较 | 第98-99页 |
| 3.3.3 亚科间的进化分析 | 第99-101页 |
| 3.3.4 裂腹鱼亚科的分支发生事件 | 第101-104页 |
| 第四章 用线粒体全基因组探讨裂腹鱼类的适应性进化 | 第104-114页 |
| 4.1 材料与方法 | 第104-105页 |
| 4.1.1 数据来源 | 第104-105页 |
| 4.1.2 dN/dS分析 | 第105页 |
| 4.1.3 正选择位点检测 | 第105页 |
| 4.2 结果与分析 | 第105-112页 |
| 4.2.1 鲤科rRNAs & PCGs联合基因的适应性进化检测 | 第105-109页 |
| 4.2.2 裂腹鱼亚科Cytb基因的适应性进化检测 | 第109-112页 |
| 4.3 讨论 | 第112-114页 |
| 第五章 拉萨裸裂尻鱼cDNA文库的构建、EST测序及生物信息学分析 | 第114-138页 |
| 5.1 材料与方法 | 第114-117页 |
| 5.1.1 实验材料 | 第114页 |
| 5.1.2 实验仪器与试剂 | 第114页 |
| 5.1.3 实验方法 | 第114-117页 |
| 5.2 结果与分析 | 第117-134页 |
| 5.2.1 总RNA提取和mRNA分离 | 第117-118页 |
| 5.2.2 拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的构建和鉴定 | 第118-121页 |
| 5.2.3 EST测定及生物信息学分析 | 第121-134页 |
| 5.3 讨论 | 第134-138页 |
| 5.3.1 拉萨裸裂尻鱼肝脏cDNA文库的构建 | 第134-135页 |
| 5.3.2 EST序列的生物信息学分析 | 第135-138页 |
| 第六章 总结与展望 | 第138-142页 |
| 6.1 本研究的主要结论 | 第138-139页 |
| 6.2 进一步的研究方向 | 第139-142页 |
| 参考文献 | 第142-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
