| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6页 |
| 一、蛋白质二聚体构象预测研究 | 第7-27页 |
| 1.1 研究背景 | 第7-10页 |
| 1.1.1 生物体内普遍存在蛋白质二聚体 | 第7-8页 |
| 1.1.2 分子对接是预测蛋白质二聚体构象的主要方法 | 第8页 |
| 1.1.3 全局性分子对接预测蛋白质二聚体构象的不足 | 第8-9页 |
| 1.1.4 预测二聚化界面位置对于预测二聚体构象有指导意义 | 第9-10页 |
| 1.1.5 本部分研究的目的与意义 | 第10页 |
| 1.2 流程与方法 | 第10-14页 |
| 1.2.1 蛋白质二聚化界面关键氨基酸预测 | 第10-11页 |
| 1.2.2 二聚化界面预测指导性分子对接 | 第11-12页 |
| 1.2.3 已知晶体结构同源二聚体/异源二聚体检验库 | 第12-14页 |
| 1.3 结果与分析 | 第14-24页 |
| 1.3.1 新流程可预测关键氨基酸与二聚化界面位置 | 第14-17页 |
| 1.3.2 新对接流程可准确预测二聚体构象 | 第17-19页 |
| 1.3.3 新流程优于HEX在线对接程序 | 第19-20页 |
| 1.3.4 新流程产生的三类结果分析 | 第20-23页 |
| 1.3.5 同源二聚体界面与异源二聚体界面存在较大差异 | 第23-24页 |
| 1.4 讨论 | 第24-26页 |
| 1.5 结论 | 第26-27页 |
| 二、HIV-1整合酶二聚体构象预测及抑制剂相关研究 | 第27-42页 |
| 2.1 研究背景 | 第27-29页 |
| 2.1.1 HIV-1 IN活性依赖二聚体的形成 | 第27-28页 |
| 2.1.2 纳米颗粒可能对HIV-1 IN二聚体有抑制作用 | 第28页 |
| 2.1.3 本部分研究的内容与意义 | 第28-29页 |
| 2.2 流程和方法 | 第29-31页 |
| 2.2.1 HIV-1 IN全长模型及CNT模型建立 | 第29页 |
| 2.2.2 HIV-1 IN二聚体分子对接研究 | 第29页 |
| 2.2.3 分子动力学模拟参数设置 | 第29-30页 |
| 2.2.4 轨迹分析 | 第30页 |
| 2.2.5 轨迹查看及图像处理 | 第30-31页 |
| 2.3 结果 | 第31-40页 |
| 2.3.1 HIV-1 IN全长模型及同源二聚体构象预测 | 第31-33页 |
| 2.3.2 HIV-1 IN CTD结构域可稳定结合CNT | 第33-35页 |
| 2.3.3 CNT能影响HIV-1 IN同源二聚体的空间构象 | 第35-38页 |
| 2.3.4 CNT可携带HIV-1 IN抑制剂分子 | 第38-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-41页 |
| 2.4.1 CNT可能成为HIV-1 IN双功能抑制剂 | 第40-41页 |
| 2.4.2 CNT作为HIV-1 IN给药系统未来研究方向 | 第41页 |
| 2.5 结论 | 第41-42页 |
| 三、参考文献 | 第42-47页 |
| 四、附录 | 第47-52页 |
| 综述：蛋白-蛋白互作界面的研究方法与进展 | 第52-60页 |
| Refernces | 第58-60页 |
| 硕士期间发表的论文与获得奖项 | 第60-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
