| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 1 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 ABC 转运蛋白 | 第11-12页 |
| 1.2 TAP 结构与功能 | 第12-16页 |
| 1.2.1 NBD 结构域 | 第12-15页 |
| 1.2.2 TMD 结构域 | 第15-16页 |
| 1.3 TAP 转运机理 | 第16-20页 |
| 1.3.1 NBD-NBD 二聚化 | 第16-17页 |
| 1.3.2 ATP 水解机理 | 第17-18页 |
| 1.3.3 TMD-NBD 间的信号传导与 TAP 构象重排 | 第18-19页 |
| 1.3.4 TAP 转运机理 | 第19-20页 |
| 1.4 TAP 的底物选择特异性 | 第20-21页 |
| 1.5 本文的主要研究内容 | 第21-23页 |
| 2 原理和方法 | 第23-37页 |
| 2.1 抗原肽的结构表征 | 第23页 |
| 2.2 支持向量机与逐步回归 | 第23-24页 |
| 2.3 分子动力学模拟 | 第24-30页 |
| 2.3.1 基本思想 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基本算法 | 第25-26页 |
| 2.3.3 分子力场 | 第26-28页 |
| 2.3.4 一般步骤 | 第28-30页 |
| 2.4 同源模建 | 第30-33页 |
| 2.5 分子对接 | 第33-37页 |
| 2.5.1 分子对接原理 | 第33-34页 |
| 2.5.2 分子对接方法 | 第34页 |
| 2.5.3 Surflex-Dock 对接原理 | 第34-37页 |
| 3 TAP 亲和活性预测 | 第37-43页 |
| 3.1 数据来源与处理 | 第37页 |
| 3.2 结果分析与讨论 | 第37-41页 |
| 3.2.1 MSR-SVM 建模 | 第37-38页 |
| 3.2.2 TAP 对底物的选择特异性 | 第38-41页 |
| 3.3 结论 | 第41-43页 |
| 4 ATP 水解与 NBD 构象偶联关系研究 | 第43-57页 |
| 4.1 数据来源与处理 | 第43页 |
| 4.2 MD 模拟过程 | 第43-44页 |
| 4.3 结果分析与讨论 | 第44-56页 |
| 4.3.1 模拟过程中体系的温度和能量变化 | 第44-45页 |
| 4.3.2 NBD 二聚体初始构象的构建 | 第45-48页 |
| 4.3.3 ATP 水解与 NBD 构象变化的偶联关系 | 第48-53页 |
| 4.3.4 核苷酸与蛋白以及蛋白与蛋白相互作用 | 第53-55页 |
| 4.3.5 ATP 水解机理 | 第55-56页 |
| 4.4 结论 | 第56-57页 |
| 5 TAP 同源模建 | 第57-71页 |
| 5.1 数据来源与处理 | 第57页 |
| 5.2 同源模建过程及结果 | 第57-63页 |
| 5.2.1 搜索和选择模板 | 第57-59页 |
| 5.2.2 多序列比对 | 第59-60页 |
| 5.2.3 同源模建 | 第60-61页 |
| 5.2.4 模型质量评价 | 第61-63页 |
| 5.3 TAP 同源模型分析与讨论 | 第63-69页 |
| 5.3.1 NBD 结构域 | 第63-66页 |
| 5.3.2 TMD 结构域 | 第66-68页 |
| 5.3.3 底物结合位点 | 第68-69页 |
| 5.4 结论 | 第69-71页 |
| 6 TAP 同源模型与多肽的分子对接研究 | 第71-79页 |
| 6.1 数据来源与处理 | 第71页 |
| 6.2 结果分析与讨论 | 第71-77页 |
| 6.2.1 底物结合口袋 | 第71-74页 |
| 6.2.2 以 TM0287/0288 为模板的 TAP 对接结果 | 第74-75页 |
| 6.2.3 以 P-gp 为模板的 TAP 对接结果 | 第75-77页 |
| 6.2.4 底物多肽与 TAP 的结合模式 | 第77页 |
| 6.3 结论 | 第77-79页 |
| 7 结论与展望 | 第79-83页 |
| 7.1 研究结论 | 第79-80页 |
| 7.2 前景展望 | 第80-83页 |
| 致谢 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-95页 |
| 附录 | 第95-96页 |
| A. 分子动力学模拟输入文件 | 第95页 |
| B. 作者在攻读硕士学位期间发表的论文目录 | 第95-96页 |
| C. 作者在攻读学位期间参与的科研项目 | 第96页 |
