| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 研究背景 | 第11-31页 |
| 1.1 朊病毒相关疾病和发病机制 | 第11-15页 |
| 1.1.1 神经退行性疾病简介 | 第11页 |
| 1.1.2 淀粉样病变蛋白质的错误折叠和聚集 | 第11-13页 |
| 1.1.3 朊病毒病与朊蛋白结构 | 第13-15页 |
| 1.2 朊蛋白相关研究 | 第15-17页 |
| 1.2.1 朊蛋白聚集的机理研究 | 第15-16页 |
| 1.2.2 阻断Prion蛋白构象错误转变的策略 | 第16-17页 |
| 1.3 生物实验原理介绍 | 第17-24页 |
| 1.3.1 蛋白质的变性和复性 | 第18-19页 |
| 1.3.2 蛋白质的内源性荧光 | 第19页 |
| 1.3.3 硫黄素T（Thioflavin T）的荧光特性 | 第19-20页 |
| 1.3.4 表面等离子体共振（SPR）简介 | 第20-22页 |
| 1.3.5 蛋白质热熔解（Protein Thermal Shift，PTS） | 第22-23页 |
| 1.3.6 蛋白质免疫印迹（Western Blotting, WB） | 第23-24页 |
| 1.3.7 透射电子显微镜（TEM）原理 | 第24页 |
| 1.4 计算机辅助药物分子设计概述 | 第24-29页 |
| 1.4.1 分子动力学模拟简介 | 第24-26页 |
| 1.4.2 分子对接、虚拟筛选概述 | 第26-28页 |
| 1.4.3 结合自由能计算 | 第28-29页 |
| 1.4.4 主成分分析 | 第29页 |
| 1.4.5 自由能全景（Free Energy Landscape，FEL） | 第29页 |
| 1.5 本论文的研究内容 | 第29-31页 |
| 第二章 稳定Prion细胞型构象小分子抑制剂的虚拟筛选及活性评价 | 第31-51页 |
| 2.1 研究背景 | 第31-32页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第32-39页 |
| 2.2.1 基于对接的虚拟筛选 | 第32页 |
| 2.2.2 moPrP117-231 的基因克隆、表达及纯化 | 第32-34页 |
| 2.2.3 朊蛋白的热熔解分析（Protein Thermal Shift） | 第34-35页 |
| 2.2.4 静态荧光淬灭分析 | 第35-36页 |
| 2.2.5 表面等离子体共振（SPR）实验 | 第36-37页 |
| 2.2.6 朊蛋白纤维形成实验 | 第37-38页 |
| 2.2.7 负染及透射电子显微镜（TEM） | 第38页 |
| 2.2.8 分子动力学模拟体系搭建 | 第38-39页 |
| 2.2.9 MM-GBSA自由能计算 | 第39页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第39-49页 |
| 2.3.1 高通量的虚拟筛选结果 | 第39-40页 |
| 2.3.2 moPrP117-231 蛋白表达纯化及稳定性分析 | 第40-41页 |
| 2.3.3 荧光滴定实验确定能与朊蛋白相互作用的化合物 | 第41-42页 |
| 2.3.4 表面等离子体共振测定小分子化合物的结合亲和力 | 第42-44页 |
| 2.3.5 朊蛋白纤维形态及 3253-0207 抑制朊蛋白纤维形成 | 第44-45页 |
| 2.3.6 化合物 3253-0207 与朊蛋白结合复合物的分子动力学模拟 | 第45-49页 |
| 2.4 本章小结 | 第49-51页 |
| 第三章 白藜芦醇及其衍生物抑制Prion聚集的实验和分子动力学模拟研究 | 第51-66页 |
| 3.1 研究背景 | 第51-52页 |
| 3.2 实验材料和方法 | 第52-55页 |
| 3.2.1 moPrP (117-231)的表达及纯化 | 第52页 |
| 3.2.2 静态荧光淬灭实验 | 第52页 |
| 3.2.3 白藜芦醇类化合物抑制朊蛋白纤维化实验 | 第52-53页 |
| 3.2.4 免疫印迹分析 | 第53页 |
| 3.2.5 朊蛋白纤维解聚实验 | 第53页 |
| 3.2.6 moPrP127-147 关键肽段的分子动力学模拟 | 第53-55页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第55-64页 |
| 3.3.1 白藜芦醇类化合物与朊蛋白相互作用 | 第55-56页 |
| 3.3.2 白藜芦醇类化合物能部分或完全阻断朊蛋白的纤维化过程 | 第56-58页 |
| 3.3.3 白藜芦醇通过稳定moPrP127-147关键片段抑制朊蛋白聚集 | 第58-64页 |
| 3.4 本章小结 | 第64-66页 |
| 第四章 EGCG类化合物与Prion相互作用机制的实验和分子动力学模拟研究 | 第66-81页 |
| 4.1 研究背景 | 第66-67页 |
| 4.2 实验材料和方法 | 第67-69页 |
| 4.2.1 moPrP (117-231)片段的表达、纯化 | 第67页 |
| 4.2.2 硫黄素T筛选实验 | 第67页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟 | 第67-69页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第69-80页 |
| 4.3.1 数据库中化合物抑制朊蛋白聚集初始筛选 | 第69-70页 |
| 4.3.2 浓度依赖性的纤维化抑制作用 | 第70-71页 |
| 4.3.3 阳性化合物与朊蛋白相互作用的MD研究 | 第71-80页 |
| 4.4 本章小结 | 第80-81页 |
| 第五章 总结和展望 | 第81-83页 |
| 5.1 主要结论 | 第81页 |
| 5.2 研究展望 | 第81-83页 |
| 参考文献 | 第83-103页 |
| 在学期间已发表的论文 | 第103-104页 |
| 附录 | 第104-119页 |
| 致谢 | 第119页 |
