拟南芥基因组结构变异与染色质空间组织关系的初步研究
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略语表 | 第9-10页 |
| 1 前言 | 第10-25页 |
| 1.1 基因组变异与进化 | 第10-11页 |
| 1.1.1 遗传变异与进化 | 第10页 |
| 1.1.2 基因组变异 | 第10-11页 |
| 1.2 结构变异 | 第11-16页 |
| 1.2.1 结构变异的研究历史 | 第11-12页 |
| 1.2.2 结构变异的类型 | 第12-13页 |
| 1.2.3 结构变异的影响 | 第13-16页 |
| 1.3 结构变异的相关研究进展 | 第16-20页 |
| 1.3.1 基于PCR的靶向性分析技术 | 第17页 |
| 1.3.2 基于芯片的高通量分析技术 | 第17-18页 |
| 1.3.3 基于测序的高通量分析技术 | 第18-20页 |
| 1.4 结构变异与染色质空间组织 | 第20-23页 |
| 1.5 研究的目的和意义 | 第23-25页 |
| 2 材料和方法 | 第25-35页 |
| 2.1 主要硬件及软件 | 第25页 |
| 2.2 工具和数据库 | 第25-26页 |
| 2.3 数据来源 | 第26-28页 |
| 2.3.1 拟南芥参考基因组 | 第26-27页 |
| 2.3.2 拟南芥染色质交互数据 | 第27页 |
| 2.3.3 结构变异数据 | 第27-28页 |
| 2.4 数据处理与分析 | 第28-35页 |
| 2.4.1 Hi-C数据的处理 | 第28-33页 |
| 2.4.2 T-DNA数据的分析 | 第33页 |
| 2.4.3 减数分裂交叉互换数据的分析 | 第33-34页 |
| 2.4.4 Ohnolog数据的分析 | 第34页 |
| 2.4.5 祖先相邻基因数据的分析 | 第34-35页 |
| 3 结果和分析 | 第35-52页 |
| 3.1 拟南芥全基因组交互矩阵的构建 | 第35-39页 |
| 3.1.1 原始测序数据比对的结果 | 第35页 |
| 3.1.2 原始测序数据过滤的结果 | 第35-36页 |
| 3.1.3 交互矩阵构建和校正的结果 | 第36-38页 |
| 3.1.4 相关性的检验结果 | 第38-39页 |
| 3.2 T-DNA插入数据结果 | 第39-44页 |
| 3.3 减数分裂交叉互换数据结果 | 第44-45页 |
| 3.4 Ohnolog数据结果 | 第45-49页 |
| 3.5 祖先相邻基因数据结果 | 第49-52页 |
| 4 总结和展望 | 第52-55页 |
| 4.1 总结 | 第52-53页 |
| 4.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录 | 第60-63页 |
| 附录A | 第60-62页 |
| 附录B | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
