| 摘要 | 第4-5页 |
| abstract | 第5页 |
| 英文缩略表 | 第8-9页 |
| 引言 | 第9-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究现状 | 第11-15页 |
| 1.1.1 全基因组加倍 | 第11-12页 |
| 1.1.2 全基因组加倍对基因组进化的影响 | 第12-13页 |
| 1.1.3 基因组核型进化的历史与现状 | 第13-15页 |
| 1.2 应用前景 | 第15-17页 |
| 第2章 研究内容及方案 | 第17-22页 |
| 2.1 研究目标 | 第17页 |
| 2.2 研究内容 | 第17页 |
| 2.3 关键问题与创新点 | 第17-18页 |
| 2.3.1 关键问题 | 第17-18页 |
| 2.3.2 创新点 | 第18页 |
| 2.4 研究方案 | 第18-22页 |
| 2.4.1. 数据材料的获取与预处理 | 第18页 |
| 2.4.2 基因组内和基因组间的同源比对分析 | 第18-19页 |
| 2.4.3 建立基因组内和基因组间同源基因组结构点阵图 | 第19页 |
| 2.4.4 获得基因组间与基因组内的同源片段，并计算同源片段间的同义和非同义碱基替代速率（Ks和Ka值) | 第19页 |
| 2.4.5 结合基因组同源性点阵图和获取的同源片段作染色体的进化分析 | 第19页 |
| 2.4.6 获取共线性支持的基因同源性列表 | 第19-20页 |
| 2.4.7 对染色体核型进行推断，并研究染色体数量减少机制 | 第20-22页 |
| 第3章 酵母基因组结构同源比对分析 | 第22-29页 |
| 3.1 基因组数据材料及系统发育关系 | 第22页 |
| 3.2 酵母基因组同源比对及同源结构点阵图构建 | 第22-23页 |
| 3.2.1 酵母基因组同源比对方案设计 | 第22-23页 |
| 3.2.2 点阵图构建 | 第23页 |
| 3.3 基因组同源结构结果 | 第23-28页 |
| 3.3.1 基因组内同源结构 | 第23-25页 |
| 3.3.2 基因组间同源结构 | 第25-28页 |
| 3.4 小结 | 第28-29页 |
| 第4章 酵母多层级同源共线性基因列表构建 | 第29-37页 |
| 4.1 基因组同源共线性 | 第29-30页 |
| 4.1.1 基因组内同源共线性 | 第29页 |
| 4.1.2 基因组间同源共线性 | 第29-30页 |
| 4.2 酵母多层级同源共线列表构建 | 第30-33页 |
| 4.2.1 同源染色体片段分组 | 第30页 |
| 4.2.2 物种分化和加倍相关联的基因组同源 | 第30-33页 |
| 4.3 多基因组同源共线性列表 | 第33-35页 |
| 4.4 关键进化节点祖先基因含量 | 第35-36页 |
| 4.5 小结 | 第36-37页 |
| 第5章 酵母重复基因丢失规律的统计分析 | 第37-42页 |
| 5.1 多基因组为参考的基因丢失 | 第37-40页 |
| 5.2 基因丢失的随机性 | 第40-41页 |
| 5.3 小结 | 第41-42页 |
| 第6章 酵母全基因组加倍与染色体核型进化 | 第42-46页 |
| 6.1 酵母基因组间染色体同源呈现 | 第42-43页 |
| 6.2 酵母核型进化历程 | 第43-45页 |
| 6.3 小结 | 第45-46页 |
| 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-51页 |
| 附录A 酵母基因组内和基因组间同源共线性数据 | 第51-53页 |
| 附录B 选择酵母基因组内和之间同源共线性基因数量 | 第53-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 导师简介 | 第56-57页 |
| 作者简介 | 第57-58页 |
| 学位论文数据集 | 第58页 |
