| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 英文缩略词表 | 第14-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-23页 |
| 1.1 病毒宏基因组学概念 | 第16页 |
| 1.2 病毒宏基因组学的应用 | 第16-18页 |
| 1.3 病毒宏基因组学的研究方法 | 第18-20页 |
| 1.3.1 样品处理 | 第18页 |
| 1.3.2 DNA文库的构建 | 第18-19页 |
| 1.3.3 DNA文库的测序 | 第19页 |
| 1.3.4 文库测序结果分析 | 第19-20页 |
| 1.4 病毒宏基因组学的研究现状及发展趋势 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的总体技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 鼠类肠道病毒群落的组成 | 第23-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-32页 |
| 2.1.1 鼠类肠道内容物样品的采集 | 第23-24页 |
| 2.1.2 主要实验试剂及耗材 | 第24页 |
| 2.1.3 鼠肠道内容物样品的前处理 | 第24-25页 |
| 2.1.4 样品组合设计 | 第25页 |
| 2.1.5 鼠肠道内容物样品的核酸酶消化 | 第25-26页 |
| 2.1.6 病毒核酸的提取 | 第26页 |
| 2.1.7 逆转录及合成双链DNA | 第26-27页 |
| 2.1.8 高通量测序文库的构建 | 第27-29页 |
| 2.1.9 文库的扩增 | 第29-30页 |
| 2.1.10 文库的纯化 | 第30页 |
| 2.1.11 文库DNA片段长度筛选 | 第30-31页 |
| 2.1.12 病毒文库质量的检测 | 第31页 |
| 2.1.13 将文库的Miseq深度测序 | 第31-32页 |
| 2.1.14 文库测序结果的生物信息学分析 | 第32页 |
| 2.2 文库质量检测与结果分析 | 第32-41页 |
| 2.2.1 病毒宏基因组DNA文库的质量检测 | 第32-34页 |
| 2.2.2 Miseq测序质量 | 第34页 |
| 2.2.3 鼠类肠道内容物病毒宏基因组学分析结果 | 第34-41页 |
| 2.3 讨论 | 第41-43页 |
| 第三章 新型Gemycircularvirus的研究 | 第43-55页 |
| 3.1 材料和方法 | 第43-50页 |
| 3.1.1 实验鼠血液样品采集 | 第43页 |
| 3.1.2 病毒核酸的提取 | 第43-44页 |
| 3.1.3 引物设计及扩增 | 第44-46页 |
| 3.1.4 PCR产物的电泳检测 | 第46页 |
| 3.1.5 PCR产物目的条带的胶回收 | 第46-47页 |
| 3.1.6 病毒目的基因的T/A连接 | 第47页 |
| 3.1.7 感受态细胞的制备 | 第47页 |
| 3.1.8 连接产物转化感受态细菌及培养 | 第47-48页 |
| 3.1.9 gemycircularvirus全基因组的扩增 | 第48-50页 |
| 3.1.10 后续步骤 | 第50页 |
| 3.2 实验结果 | 第50-54页 |
| 3.2.1 实验鼠病毒检测结果 | 第50页 |
| 3.2.2 病毒基因组结构分析 | 第50-52页 |
| 3.2.3 基于病毒Rep氨基酸序列的系统进化分析 | 第52-54页 |
| 3.4 讨论 | 第54-55页 |
| 第四章 一种新型鼠Bufavirus的研究 | 第55-67页 |
| 4.1 材料和方法 | 第55-57页 |
| 4.1.1 Bufavirus近全基因组的扩增 | 第55-57页 |
| 4.2 Bufavirus的检测 | 第57-62页 |
| 4.2.1 病毒核酸提取 | 第57-58页 |
| 4.2.2 引物设计和PCR反应 | 第58-60页 |
| 4.2.3 PCR产物的电泳检测 | 第60页 |
| 4.2.4 PCR产物目的条带的胶回收 | 第60页 |
| 4.2.5 病毒目的基因的T/A连接 | 第60-61页 |
| 4.2.6 感受态细胞的制备 | 第61页 |
| 4.2.7 连接产物转化感受态细菌及培养 | 第61-62页 |
| 4.3 结果 | 第62-66页 |
| 4.3.1 病毒基因组结构分析 | 第62页 |
| 4.3.2 Bufavirus的系统进化分析 | 第62-66页 |
| 4.5 讨论 | 第66-67页 |
| 第五章 主要结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 在学期间发表的学术论文及其他科研成果 | 第74页 |
| 已发表学术论文 | 第74页 |
| 参与课题 | 第74页 |
| 获奖情况 | 第74页 |
