| 中英文缩略词 | 第9-10页 |
| 中文摘要 | 第10-14页 |
| 英文摘要 | 第14-18页 |
| 第一部分 原发性肝癌浸润性T淋巴细胞空间异质性分析 | 第19-114页 |
| 导论(含文献综述) | 第19-32页 |
| 1. 引言 | 第19页 |
| 2. TILs与肿瘤患者预后关系的研究 | 第19-26页 |
| 2.1 结直肠癌 | 第21-22页 |
| 2.2 肝癌 | 第22页 |
| 2.3 胰腺癌 | 第22-23页 |
| 2.4 食管癌 | 第23页 |
| 2.5 肺癌 | 第23-24页 |
| 2.6 乳腺癌 | 第24-25页 |
| 2.7 卵巢癌 | 第25页 |
| 2.8 前列腺癌 | 第25页 |
| 2.9 肾癌 | 第25-26页 |
| 3. TILs在肿瘤治疗中的应用 | 第26-28页 |
| 4. 肿瘤局部分子特征对免疫治疗的影响 | 第28-29页 |
| 5. 突变负荷、新抗原与免疫治疗 | 第29-32页 |
| 前言 | 第32-34页 |
| 材料和方法 | 第34-70页 |
| 1. 研究对像及样本采集 | 第34-35页 |
| 2. 主要的试剂与试剂盒 | 第35-36页 |
| 3. 主要仪器及耗材 | 第36-37页 |
| 4. 生物信息学分析软件 | 第37-38页 |
| 5. 组织样本的HE染色 | 第38页 |
| 6. 免疫组织化学验证肝癌组织中T淋巴细胞的浸润情况 | 第38-39页 |
| 7. 组织样本DNA及RNA提取(AllPrep DNA/RNA mini kit试剂盒法) | 第39-40页 |
| 8. 血液样本RNA提取(TRIzol法) | 第40-41页 |
| 9. 血液样本DNA提取(DNeasy Blood & Tissue kit试剂盒法) | 第41页 |
| 10. RNA浓度测定及完整性检测 | 第41-43页 |
| 11. DNA浓度测定及完整性检测 | 第43-44页 |
| 12. 肿瘤浸润T淋巴细胞的CDR3区高通量测序 | 第44-50页 |
| 12.1 文库构建 | 第45-50页 |
| 12.2 TCRβ组库测序 | 第50页 |
| 12.3 信息分析流程 | 第50页 |
| 13. 基因芯片检测mRNA表达谱 | 第50-54页 |
| 13.1 样品的准备 | 第50-51页 |
| 13.2 cDNA的合成 | 第51页 |
| 13.3 cRNA的合成和荧光标记 | 第51-52页 |
| 13.4 cRNA的纯化(RNeasy Mini Kit试剂盒法)和质控 | 第52页 |
| 13.5 芯片杂交 | 第52-53页 |
| 13.6 清洗芯片 | 第53页 |
| 13.7 芯片扫描和数据提取 | 第53-54页 |
| 13.8 数据预处理和标准化 | 第54页 |
| 14. 全外显子组测序 | 第54-56页 |
| 14.1 全外显子组建库测序 | 第54页 |
| 14.2 信息学分析 | 第54-55页 |
| 14.3 Sanger测序验证 | 第55-56页 |
| 15. 数据分析 | 第56-70页 |
| 15.1 评估两个样本间TCR组库重叠率 | 第56-67页 |
| 15.2 基于mRNA表达谱特定基因标识的功能变化分析 | 第67-70页 |
| 16. 统计分析及图片处理 | 第70页 |
| 17. 原始数据检索号 | 第70页 |
| 结果 | 第70-109页 |
| 1. 研究对象的临床资料 | 第70-72页 |
| 2. 免疫组织化学结果 | 第72-73页 |
| 3. TCR免疫组库测序结果统计 | 第73-80页 |
| 4. 肿瘤、癌旁组织及外周血免疫组库的差异 | 第80-83页 |
| 5. 肿瘤组织内免疫组库的空间异质性 | 第83-86页 |
| 6. 基于特定基因标识的功能变化及肿瘤微环境免疫浸润分析 | 第86-87页 |
| 7. 全外显子组测序及Sanger验证 | 第87-105页 |
| 8. T细胞群多样性与肿瘤局部生物学功能、TIS、 IIS及APM间的关系 | 第105-108页 |
| 9. 免疫浸润与基因组改变之间的关系 | 第108-109页 |
| 讨论 | 第109-113页 |
| 小结 | 第113-114页 |
| 第二部分 原发性肝癌患者循环肿瘤细胞检测与预后关系研究 | 第114-139页 |
| 导论(含文献综述) | 第114-120页 |
| 1. 概述 | 第114页 |
| 2. CTC检测技术 | 第114-118页 |
| 2.1 CTCs分离和富集方法 | 第115-116页 |
| 2.1.1 免疫学方法 | 第115页 |
| 2.1.2 以细胞物理学特点为基础 | 第115-116页 |
| 2.1.3 微型设备法 | 第116页 |
| 2.2 CTCs检测和鉴定系统 | 第116-118页 |
| 2.2.1 核酸分子的PCR检测法 | 第116-117页 |
| 2.2.2 免疫荧光计数法 | 第117页 |
| 2.2.3 光纤阵列扫描 | 第117-118页 |
| 3. CTCs检测的临床意义 | 第118-119页 |
| 3.1 微转移的早期发现 | 第118页 |
| 3.2 有效的预后评估 | 第118页 |
| 3.3 指导肿瘤个体化治疗 | 第118-119页 |
| 4. 展望 | 第119-120页 |
| 前言 | 第120-122页 |
| 材料与方法 | 第122-128页 |
| 1. 研究对像及样本采集 | 第122页 |
| 2. 病毒 | 第122页 |
| 3. 主要试剂 | 第122-123页 |
| 4. 主要溶液配制 | 第123页 |
| 5. 主要仪器及耗材 | 第123页 |
| 6. 研究对象 | 第123-125页 |
| 6.1 纳入标准 | 第124页 |
| 6.2 排除标准 | 第124页 |
| 6.3 临床资料 | 第124页 |
| 6.4 随访及复发监测 | 第124-125页 |
| 7. oHSVI-hTERT-GFP法检测CTCs | 第125页 |
| 8. 成像流式法验证外周血中CD45-/GFP+细胞为肝癌细胞 | 第125-127页 |
| 8.1 免疫组织化学验证肝癌组织中GPC3的表达 | 第125-126页 |
| 8.2 成像流式检测外周血中CD45-/GFP+/ GPC3+细胞 | 第126-127页 |
| 9. 统计学方法 | 第127-128页 |
| 结果 | 第128-135页 |
| 1. 成像流式法证实oHSVI-hTERT-GFP病毒捕获的靶细胞为肝癌细胞 | 第128-129页 |
| 2. 肝癌患者外周血中CTCs的检测情况 | 第129-130页 |
| 3. 肝癌患者外周血中CTCs的数量与患者临床病理参数的关系 | 第130-133页 |
| 4. 肝癌患者外周血中CTCs数量的变化与患者临床病理参数的关系 | 第133-135页 |
| 讨论 | 第135-138页 |
| 小结 | 第138-139页 |
| 参考文献 | 第139-155页 |
| 基金资助 | 第155-156页 |
| 已发表与学位论文相关的论文 | 第156-157页 |
| 致谢 | 第157-159页 |
