| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第8-18页 |
| 1.1 我国土壤镉污染状况及危害 | 第8-11页 |
| 1.1.1 镉污染现状 | 第8-9页 |
| 1.1.2 镉污染特点与治理方法 | 第9-10页 |
| 1.1.3 水稻镉污染情况 | 第10-11页 |
| 1.2 水稻镉积累分子机理 | 第11-13页 |
| 1.3 数量性状位点定位及水稻中镉积累QTL的研究 | 第13-18页 |
| 1.3.1 传统数量性状位点定位 | 第14-15页 |
| 1.3.2 全基因组关联分析 | 第15-16页 |
| 1.3.3 水稻中镉积累的研究 | 第16-18页 |
| 第二章 材料与方法 | 第18-28页 |
| 2.1 实验田的设置 | 第18-20页 |
| 2.1.1 粤北地区实验田 | 第18-19页 |
| 2.1.2 中国科学院华南植物园内实验田 | 第19-20页 |
| 2.2 水稻品种的获取与种植 | 第20-23页 |
| 2.2.1 实验田种植情况 | 第20-22页 |
| 2.2.2 水稻种植流程 | 第22-23页 |
| 2.3 稻米中镉含量的检测 | 第23-24页 |
| 2.3.1 水稻的前处理 | 第24页 |
| 2.3.2 电感耦合等离子质谱检测 | 第24页 |
| 2.4 全基因组关联分析 | 第24-28页 |
| 2.4.1 全基因组重测序 | 第25页 |
| 2.4.2 分析流程 | 第25-28页 |
| 第三章 结果与分析 | 第28-38页 |
| 3.1 水稻收获与镉含量检测 | 第28-32页 |
| 3.1.1 水稻收获与检测镉样品数量 | 第28页 |
| 3.1.2 水稻中镉含量检测结果 | 第28-32页 |
| 3.2 全基因组关联分析结果 | 第32-38页 |
| 3.2.1 参考基因组统计 | 第32-33页 |
| 3.2.2 比对结果统计 | 第33页 |
| 3.2.3 变异检测 | 第33-34页 |
| 3.2.4 群体分层分析 | 第34页 |
| 3.2.5 全基因组关联分析 | 第34-36页 |
| 3.2.6 基于连锁不平衡原理的候选基因筛选及功能注释 | 第36-38页 |
| 第四章 结论与讨论 | 第38-44页 |
| 4.1 对水稻籽粒中镉累积的讨论 | 第38-40页 |
| 4.2 对全基因组关联分析的讨论 | 第40-42页 |
| 4.2.1 GWAS的局限性与可行性 | 第40-41页 |
| 4.2.2 对GWAS发展趋势的展望 | 第41-42页 |
| 4.3 本实验存在的缺憾与弥补策略 | 第42-44页 |
| 致谢 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-49页 |
| 附录A 水稻品种名称 | 第49-52页 |
| 附录B 2014年水稻籽粒中镉含量 | 第52-54页 |
| 附录C 2015年水稻籽粒中镉含量 | 第54-56页 |
| 附录D 2016年水稻籽粒中镉含量 | 第56-60页 |
| 附录E 比对结果统计 | 第60-68页 |
| 附录F 群体分层分析结果 | 第68-70页 |