| 中文摘要 | 第10-14页 |
| ABSTRACT | 第14-18页 |
| 第一章 绪论 | 第19-28页 |
| 1.1 酶概论 | 第19-24页 |
| 1.1.1 酶的概念与化学本质 | 第19页 |
| 1.1.2 酶催化的特点 | 第19-20页 |
| 1.1.3 酶的分类和命名 | 第20-21页 |
| 1.1.4 酶催化的结构基础 | 第21-23页 |
| 1.1.5 酶催化作用机制 | 第23-24页 |
| 1.2 酶的应用及酶工程 | 第24-25页 |
| 1.3 本论文研究目的及内容 | 第25-26页 |
| 参考文献 | 第26-28页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第28-40页 |
| 2.1 分子对接方法 | 第28-29页 |
| 2.2 分子动力学模拟方法 | 第29-31页 |
| 2.3 量子化学方法 | 第31-33页 |
| 2.4 量子力学与分子动力学组合(QM/MM)方法 | 第33-36页 |
| 参考文献 | 第36-40页 |
| 第三章 AsqJ加双氧酶催化喹啉生物碱合成机理的理论研究 | 第40-62页 |
| 3.1 前言 | 第40-42页 |
| 3.2 计算细节 | 第42-45页 |
| 3.2.1 动力学模拟 | 第42-44页 |
| 3.2.2 QM/MM计算 | 第44-45页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第45-55页 |
| 3.3.1 Fe~Ⅳ=O异构化反应 | 第45-47页 |
| 3.3.2 底物去饱和化反应 | 第47-50页 |
| 3.3.3 环氧化反应 | 第50-53页 |
| 3.3.4 N-4甲基对去饱和化反应的影响 | 第53-55页 |
| 3.4 结论 | 第55页 |
| 参考文献 | 第55-62页 |
| 第四章 枯草芽孢杆菌中咪唑啉酮酸酶催化机理的理论研究 | 第62-83页 |
| 4.1 前言 | 第62-64页 |
| 4.2 计算细节 | 第64-68页 |
| 4.2.1 计算模型 | 第64-66页 |
| 4.2.2 QM/MM计算 | 第66-68页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第68-78页 |
| 4.3.1 Zn~(2+)配位的水分子的活化 | 第68-71页 |
| 4.3.2 底物的水解 | 第71-78页 |
| 4.4 结论 | 第78页 |
| 参考文献 | 第78-83页 |
| 第五章 枯草芽孢杆菌中氮-乙酰葡糖胺糖苷水解酶催化机理的理论研究 | 第83-105页 |
| 5.1 前言 | 第83-85页 |
| 5.2 计算方法 | 第85-89页 |
| 5.2.1 模型构建 | 第85-88页 |
| 5.2.2 QM/MM计算 | 第88-89页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第89-97页 |
| 5.3.1 酶-底物复合物的结构 | 第89页 |
| 5.3.2 反应路径 | 第89-96页 |
| 5.3.3 底物扭曲对催化反应的影响 | 第96-97页 |
| 5.4 结论 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-105页 |
| 第六章 龙须菜属红海藻中α-1,4-糖苷裂解酶催化机理的研究 | 第105-125页 |
| 6.1 前言 | 第105-107页 |
| 6.2 计算细节 | 第107-110页 |
| 6.2.1 计算模型 | 第107-109页 |
| 6.2.2 QM/MM计算 | 第109-110页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第110-118页 |
| 6.3.1 糖苷裂解酶与麦芽四糖的复合结构 | 第110-111页 |
| 6.3.2 反应路径 | 第111-118页 |
| 6.4 结论 | 第118页 |
| 参考文献 | 第118-125页 |
| 总结与结论 | 第125-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 博士期间发表的论文 | 第127-129页 |
| 附已发表论文 | 第129-162页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第162页 |
