| 中文摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第1章 绪论 | 第13-23页 |
| ·引言 | 第13-14页 |
| ·生物信息学与计算生物学介绍 | 第14-16页 |
| ·蛋白质概述 | 第16-19页 |
| ·RNA 概述 | 第19-20页 |
| ·论文概要 | 第20-23页 |
| 第2章 理论基础与计算方法 | 第23-39页 |
| ·分子力场 | 第23-25页 |
| ·分子力学 | 第25-28页 |
| ·一级微商算法 | 第25-26页 |
| ·二级微商算法 | 第26-28页 |
| ·分子动力学 | 第28-35页 |
| ·基本理论 | 第29-30页 |
| ·积分算法 | 第30-32页 |
| ·初始化 | 第32-34页 |
| ·长程静电力 | 第34-35页 |
| ·AMBER 介绍 | 第35-39页 |
| ·AMBER 力场的介绍与发展 | 第36-37页 |
| ·AMBER 主要模块介绍 | 第37-39页 |
| 第3章 解旋酶 Mss116p 对双链 RNA 的识别机制 | 第39-61页 |
| ·研究背景 | 第39-41页 |
| ·计算细节 | 第41-43页 |
| ·理论模型的建立 | 第41页 |
| ·分子动力学模拟 | 第41-42页 |
| ·MM-GBSA 计算 | 第42-43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-58页 |
| ·结合口袋的稳定性及两个保守结构域的波动性 | 第43-45页 |
| ·分子间相互作用 | 第45-47页 |
| ·结合自由能的计算 | 第47-49页 |
| ·strand 1 与 strand 2 不同的结合活性 | 第49-50页 |
| ·结合过程中的重要核苷酸 | 第50-51页 |
| ·关键氨基酸残基与结构域的贡献 | 第51-52页 |
| ·提供主要结合活性的侧链反应 | 第52-53页 |
| ·与突变体的对比 | 第53-56页 |
| ·讨论 | 第56-58页 |
| ·结论 | 第58-61页 |
| 第4章 马尔堡病毒 VP35 蛋白质对双链 RNA 的识别机制 | 第61-81页 |
| ·背景介绍 | 第61-63页 |
| ·计算细节 | 第63-64页 |
| ·理论模型的建立 | 第63页 |
| ·分子动力学模拟 | 第63-64页 |
| ·MM-GBSA 计算 | 第64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-79页 |
| ·VP35 的稳定性 | 第64-66页 |
| ·分子间相互作用分析 | 第66-68页 |
| ·F228A 的局部结构变化 | 第68-70页 |
| ·R271A 和 K298A 静电势的变化 | 第70页 |
| ·结合自由能的计算 | 第70-71页 |
| ·主要的结合驱动力 | 第71-73页 |
| ·蛋白质-RNA 复合物中的重要核苷酸 | 第73-74页 |
| ·蛋白质-RNA 复合物中的重要氨基酸残基 | 第74-75页 |
| ·侧链相互作用是结合活性的主要来源 | 第75-76页 |
| ·讨论 | 第76-79页 |
| ·小结 | 第79-81页 |
| 第5章 维生素 H 合成过程中 BioH 的底物特异性研究 | 第81-97页 |
| ·背景介绍 | 第81-83页 |
| ·计算方法 | 第83-84页 |
| ·理论模型的建立 | 第83页 |
| ·分子动力学模拟 | 第83页 |
| ·MM-GBSA 计算 | 第83-84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-96页 |
| ·晶体结构与包含催化三联体的 Me-pimeloyl-ACP-BioH 复合物的结构对比 | 第84-86页 |
| ·壬二酰不会与 BioH 的疏水空穴发生空间位阻 | 第86-88页 |
| ·伸长的碳链导致 ACP 与 BioH 接触面上的结构变化 | 第88-90页 |
| ·长链 C9 减少了 ACP 与 BioH 的分子间相互作用 | 第90-92页 |
| ·结合自由能的计算 | 第92-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 第6章 突变及低 pH 环境对 Transthyretin 二聚体稳定性及去折叠机制的影响 | 第97-115页 |
| ·背景介绍 | 第97-98页 |
| ·计算方法 | 第98-100页 |
| ·理论模型的建立 | 第98页 |
| ·恒定 pH 动力学模拟（CpHMD）方法 | 第98-99页 |
| ·轨迹的分析 | 第99页 |
| ·相关性分析 | 第99-100页 |
| ·主成分分析 | 第100页 |
| ·结果与讨论 | 第100-112页 |
| ·中性及酸性环境下 TTR 不同的稳定性 | 第100-104页 |
| ·可滴定残基的 pKa 以及相应的结构变化 | 第104-105页 |
| ·突变及酸性环境造成单体间氢键的减少 | 第105-107页 |
| ·突变体造成的非天然单体间氢键 | 第107-108页 |
| ·酸性环境以及突变造成的结构变化 | 第108-110页 |
| ·四个体系中氨基酸残基的相关性分析 | 第110页 |
| ·二聚体的运动及去折叠过程 | 第110-112页 |
| ·小结 | 第112-115页 |
| 参考文献 | 第115-143页 |
| 个人简介及攻读博士学位期间所发表论文 | 第143-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
