首页--数理科学和化学论文--化学论文--物理化学(理论化学)、化学物理学论文

分子动力学模拟在生物大分子体系中的应用

中文摘要第1-7页
Abstract第7-13页
第1章 绪论第13-23页
   ·引言第13-14页
   ·生物信息学与计算生物学介绍第14-16页
   ·蛋白质概述第16-19页
   ·RNA 概述第19-20页
   ·论文概要第20-23页
第2章 理论基础与计算方法第23-39页
   ·分子力场第23-25页
   ·分子力学第25-28页
     ·一级微商算法第25-26页
     ·二级微商算法第26-28页
   ·分子动力学第28-35页
     ·基本理论第29-30页
     ·积分算法第30-32页
     ·初始化第32-34页
     ·长程静电力第34-35页
   ·AMBER 介绍第35-39页
     ·AMBER 力场的介绍与发展第36-37页
     ·AMBER 主要模块介绍第37-39页
第3章 解旋酶 Mss116p 对双链 RNA 的识别机制第39-61页
   ·研究背景第39-41页
   ·计算细节第41-43页
     ·理论模型的建立第41页
     ·分子动力学模拟第41-42页
     ·MM-GBSA 计算第42-43页
   ·结果与讨论第43-58页
     ·结合口袋的稳定性及两个保守结构域的波动性第43-45页
     ·分子间相互作用第45-47页
     ·结合自由能的计算第47-49页
     ·strand 1 与 strand 2 不同的结合活性第49-50页
     ·结合过程中的重要核苷酸第50-51页
     ·关键氨基酸残基与结构域的贡献第51-52页
     ·提供主要结合活性的侧链反应第52-53页
     ·与突变体的对比第53-56页
     ·讨论第56-58页
   ·结论第58-61页
第4章 马尔堡病毒 VP35 蛋白质对双链 RNA 的识别机制第61-81页
   ·背景介绍第61-63页
   ·计算细节第63-64页
     ·理论模型的建立第63页
     ·分子动力学模拟第63-64页
     ·MM-GBSA 计算第64页
   ·结果与讨论第64-79页
     ·VP35 的稳定性第64-66页
     ·分子间相互作用分析第66-68页
     ·F228A 的局部结构变化第68-70页
     ·R271A 和 K298A 静电势的变化第70页
     ·结合自由能的计算第70-71页
     ·主要的结合驱动力第71-73页
     ·蛋白质-RNA 复合物中的重要核苷酸第73-74页
     ·蛋白质-RNA 复合物中的重要氨基酸残基第74-75页
     ·侧链相互作用是结合活性的主要来源第75-76页
     ·讨论第76-79页
   ·小结第79-81页
第5章 维生素 H 合成过程中 BioH 的底物特异性研究第81-97页
   ·背景介绍第81-83页
   ·计算方法第83-84页
     ·理论模型的建立第83页
     ·分子动力学模拟第83页
     ·MM-GBSA 计算第83-84页
   ·结果与讨论第84-96页
     ·晶体结构与包含催化三联体的 Me-pimeloyl-ACP-BioH 复合物的结构对比第84-86页
     ·壬二酰不会与 BioH 的疏水空穴发生空间位阻第86-88页
     ·伸长的碳链导致 ACP 与 BioH 接触面上的结构变化第88-90页
     ·长链 C9 减少了 ACP 与 BioH 的分子间相互作用第90-92页
     ·结合自由能的计算第92-96页
   ·小结第96-97页
第6章 突变及低 pH 环境对 Transthyretin 二聚体稳定性及去折叠机制的影响第97-115页
   ·背景介绍第97-98页
   ·计算方法第98-100页
     ·理论模型的建立第98页
     ·恒定 pH 动力学模拟(CpHMD)方法第98-99页
     ·轨迹的分析第99页
     ·相关性分析第99-100页
     ·主成分分析第100页
   ·结果与讨论第100-112页
     ·中性及酸性环境下 TTR 不同的稳定性第100-104页
     ·可滴定残基的 pKa 以及相应的结构变化第104-105页
     ·突变及酸性环境造成单体间氢键的减少第105-107页
     ·突变体造成的非天然单体间氢键第107-108页
     ·酸性环境以及突变造成的结构变化第108-110页
     ·四个体系中氨基酸残基的相关性分析第110页
     ·二聚体的运动及去折叠过程第110-112页
   ·小结第112-115页
参考文献第115-143页
个人简介及攻读博士学位期间所发表论文第143-147页
致谢第147页

论文共147页,点击 下载论文
上一篇:关于星际长碳链自由基l-CnH氧化反应机理的理论研究
下一篇:新型茂金属催化剂的合成、表征及催化烯烃聚合性质研究